清代前期中日之间尽管始终未曾建立最高层面的官方正式往来，但两国政府借由长崎贸易这一民间层面的直接关系，仍然产生了一系列政治外交上的间接关系。在此关系的基础上，再连同两国以朝鲜、琉球为中介产生的各种间接关系，则共同构成了这一时期中日两国政治外交关系的总体形态。

1637年“丙子之役”后，清在议和条款中要求朝鲜引导日本使者赴沈阳朝见，此举最初可能同时包含有将日本纳为朝贡国和同其建立以互通货物为目的的平等往来这样两种内涵截然不同的意图。但通过朝鲜史料中相关记载来分析，清在入关前实际推行的是后一种意图。也就是说，这一时期它对待日本的态度多出自现实的考虑，在对日本的威胁性保持警惕的同时，又希望同对方建立贸易往来以获取所需物资等。另一方面，由于朝鲜坚持采取不合作策略，而清对此亦缺乏一以贯之的强硬态度，从未强令朝鲜执行，最后加之时势的种种变化，该条款最终未能实现。

而在日本一方，亦早就通过朝鲜关注到满族在中国东北崛起的事实。皇太极1627年第一次侵朝战争（丁卯之役）后，负责日本对朝交涉事务的对马藩就曾立即派遣使节前往探询相关情况。1644年中国“明清鼎革”以后，江户幕府又长期借助“朝鲜——对马藩”这一管道及时获取了中国军事、政治、经济以及文化各领域的大量情报。相对地，清政权虽早在崇德年间即借由朝鲜的“倭情咨文”得以获取日本情报，但这一管道在它入关以后便很快流于形式。

清在入关后，未曾重演蒙元武力征伐之故事，强令日本前来朝贡。此后直至1871年两国订约建交，清与日本的直接关系只是在长崎一地的民间贸易关系，而日本则始终游离于清的朝贡体系之外。不仅如此，清在平定台湾郑氏势力并解除“海禁”后，为解决其在台官用问题，康熙帝甚至还亲自谋划赴日贸易事宜。康熙中叶以后，来自日本的重要商品——铜更是直接关系到中国货币经济的稳定。康熙朝后期，康熙帝本人对由日本“正德新例”引发的信牌纷争，亦持宽容态度，且在其晚年颁布的新“海禁”令中，独未将日本列入。可以说在近代以前，以康熙帝为代表的清最高统治者未拘泥于朝贡制度来对待日本，而是对后者抱一种相对实用主义的态度，将之视作一个可以获取重要资源的特殊国家。清的这一态度，同其入关之前所形成的对日认识是有一定程度的关联的，甚至可以说是一脉相承的。

另一方面，日本虽然最初将清政权视为“鞑靼（蛮夷）”，但随着清在平定“三藩之乱”后统治地位的日益巩固，尤其是“康雍乾盛世”下清代社会出现的长达百余年的繁荣，使得无论是最高统治者幕府将军，还是普通士人，对清认识都发生重大转变，不仅在事实上认可了清政权在中国的正统地位，还极为仰慕同时期清代的中国政治、文化。

日本江户幕府在面对清初中、琉朝贡关系重建之际，其高层虽一度有所谓“日本之瑕”的强硬表态，但为避免与清发生正面的军事冲突，最终采取了“不治而治”的不干涉立场。而幕府的这一立场，又正符合旨在通过琉球间接获取朝贡贸易利润的萨摩藩的利益。

另一方面，对于在制度和人事上基本承袭明代的清政权而言，不可能对1609年后琉球与日本间的特殊关系一无所知。但与明代中国不同的是，清在此问题上一开始便采取了默认的态度。但历史的吊诡是，在明末一直采取积极主动甚至强势态度的萨摩藩，却在琉球归顺清廷之后，开始变得小心谨慎。此种转变的最大标志，即萨摩藩开始逐步在琉球推行对华隐蔽日、琉关系的政策。此后，清廷历任册封使于琉球逗留期间，在琉球王府的各种应对接待措施背后，实际都有萨摩藩的暗中指挥和操控。