馬聯元字緻本，雲南新興州龍門村（玉溪大營）人，生於道光二十一年（1841年），賽典赤贍思丁後裔。他自幼跟隨父親學習伊斯蘭教經典和漢文，22歲受聘河西小迴村講席。同治年間，他伴隨舅父馬仁山前往麥加朝覲，留居海外，遊學數年，曾經嚮埃及著名伊斯蘭教學者研習古蘭經讀法（颱直威迪），嚮土耳其學者學習伊斯蘭教認主學（耐格施邦定記主詞），嚮印度學者求教伊斯蘭法學大典（沙米）。同治十三年（1874）歸國，被傢鄉聘為主講兼伊瑪姆，此時他33歲，父親馬學寬已經80高齡。

馬聯元繼承中國伊斯蘭教經學傳統，並做瞭不少革新。一是他對遠道求學、傢境貧寒的莘莘學子，不收學費，設法助學供養他們；二是讓高年級學生輔導低年級學生課程（穆爾林製度）；三是編寫簡明教材，選取簡明切要的略本講授，使學生易於理解，有傢庭貧睏者一旦輟學，不緻功虧一簣；四是采取中阿並授，學生不僅能夠講解阿拉伯語、波斯語的宗教經典，而且能夠直接閱讀伊斯蘭教漢文典籍。教學上，他由淺入深，循序漸進，循循善誘，數十年如一日，所授弟子二韆餘人，大都學有所成。當時雲南三迤開學阿訇和伊瑪姆，大緻齣其門下。

馬聯元著述達二十餘種：他用漢文寫的《辨理明證》，闡明瞭伊斯蘭教經訓的原理原則；《亥聽解譯》是中國最早的古蘭經漢譯本；《性理微言》是中國伊斯蘭教學者劉智《天方性理》本經的阿拉伯文譯注本；《教法簡注》為伊斯蘭教法學大全《偉嘎葉》簡注本，以適閤中國穆斯林宗教生活需要。此外，他編寫瞭不少阿拉伯語、波斯語語法、文法、修辭以及教義教律方麵的教材，校訂不少伊斯蘭教經籍，並主持刻闆。蜚聲中外的本刻版《古蘭經》，就是由他倡導刊刻的。經文為其高足、阿拉伯文書法傢田傢培（字植卿，雲南河西人）書寫，經他校閱，雕闆印刷，闆片1946片，今存昆明南城清真寺。這部古蘭經版本現已遍及雲南各地清真寺和穆斯林傢庭。

光緒二十六年（1900年），馬聯元決意離傢遠遊，“重朝天房，再朝聖陵”。他經由緬甸至印度時，完成瞭阿拉伯文巨著教法簡注《討最哈》（上冊在印度孟買石印，下冊在昆明齣版）。光緒二十九年（1903年）閏五月，他在印度乾補勒（坎普爾）去世，享年63歲。至今墳墓猶存。

馬聯元先祖皆世守一經的穆斯林阿林（學者），其後輩亦為雲南著名經師。長子安貞（義子，字靜之）曾任緬甸邦弄、寶石廠講席兼伊瑪姆，朝覲後歸國，在保山和昌寜開學，1930年去世。次子安義（字宜之），曾在廣州、上海任教，晚年就職昆明東門清真寺和玉溪大營，著有阿拉伯文《聚禮明證》、《明德實語》、《天方曆源注釋》、《討最哈》續集，1943年去世。三子安康（字健之），早年求學甘肅，曾任職個舊沙甸、昆明南城清真寺、玉溪北城、華寜盤溪、昆明永寜清真寺教長並主持講學，精通波斯語，著有《迴教要旨》，1955年去世。安康子玉龍（字瑞圖）為著名學者，精通阿拉伯語、波斯語、英語和漢語，曾在廣州濠畔街清真寺任教，主編《天方學理月刊》，譯有《迴教認一論》、《穆聖的啓示》等著作，1945年去世。玉龍長子雲從為雲南著名阿訇，現就職巍山小圍埂清真寺。馬聯元一傢被雲南穆斯林稱之為經學世傢。