马联元字致本，云南新兴州龙门村（玉溪大营）人，生于道光二十一年（1841年），赛典赤赡思丁后裔。他自幼跟随父亲学习伊斯兰教经典和汉文，22岁受聘河西小回村讲席。同治年间，他伴随舅父马仁山前往麦加朝觐，留居海外，游学数年，曾经向埃及著名伊斯兰教学者研习古兰经读法（台直威迪），向土耳其学者学习伊斯兰教认主学（耐格施邦定记主词），向印度学者求教伊斯兰法学大典（沙米）。同治十三年（1874）归国，被家乡聘为主讲兼伊玛姆，此时他33岁，父亲马学宽已经80高龄。

马联元继承中国伊斯兰教经学传统，并做了不少革新。一是他对远道求学、家境贫寒的莘莘学子，不收学费，设法助学供养他们；二是让高年级学生辅导低年级学生课程（穆尔林制度）；三是编写简明教材，选取简明切要的略本讲授，使学生易于理解，有家庭贫困者一旦辍学，不致功亏一篑；四是采取中阿并授，学生不仅能够讲解阿拉伯语、波斯语的宗教经典，而且能够直接阅读伊斯兰教汉文典籍。教学上，他由浅入深，循序渐进，循循善诱，数十年如一日，所授弟子二千余人，大都学有所成。当时云南三迤开学阿訇和伊玛姆，大致出其门下。

马联元著述达二十余种：他用汉文写的《辨理明证》，阐明了伊斯兰教经训的原理原则；《亥听解译》是中国最早的古兰经汉译本；《性理微言》是中国伊斯兰教学者刘智《天方性理》本经的阿拉伯文译注本；《教法简注》为伊斯兰教法学大全《伟嘎叶》简注本，以适合中国穆斯林宗教生活需要。此外，他编写了不少阿拉伯语、波斯语语法、文法、修辞以及教义教律方面的教材，校订不少伊斯兰教经籍，并主持刻板。蜚声中外的本刻版《古兰经》，就是由他倡导刊刻的。经文为其高足、阿拉伯文书法家田家培（字植卿，云南河西人）书写，经他校阅，雕板印刷，板片1946片，今存昆明南城清真寺。这部古兰经版本现已遍及云南各地清真寺和穆斯林家庭。

光绪二十六年（1900年），马联元决意离家远游，“重朝天房，再朝圣陵”。他经由缅甸至印度时，完成了阿拉伯文巨著教法简注《讨最哈》（上册在印度孟买石印，下册在昆明出版）。光绪二十九年（1903年）闰五月，他在印度干补勒（坎普尔）去世，享年63岁。至今坟墓犹存。

马联元先祖皆世守一经的穆斯林阿林（学者），其后辈亦为云南著名经师。长子安贞（义子，字静之）曾任缅甸邦弄、宝石厂讲席兼伊玛姆，朝觐后归国，在保山和昌宁开学，1930年去世。次子安义（字宜之），曾在广州、上海任教，晚年就职昆明东门清真寺和玉溪大营，著有阿拉伯文《聚礼明证》、《明德实语》、《天方历源注释》、《讨最哈》续集，1943年去世。三子安康（字健之），早年求学甘肃，曾任职个旧沙甸、昆明南城清真寺、玉溪北城、华宁盘溪、昆明永宁清真寺教长并主持讲学，精通波斯语，著有《回教要旨》，1955年去世。安康子玉龙（字瑞图）为著名学者，精通阿拉伯语、波斯语、英语和汉语，曾在广州濠畔街清真寺任教，主编《天方学理月刊》，译有《回教认一论》、《穆圣的启示》等著作，1945年去世。玉龙长子云从为云南著名阿訇，现就职巍山小围埂清真寺。马联元一家被云南穆斯林称之为经学世家。