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ggplot2:數據分析與圖形藝術

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哈德利·威剋姆 (Hadley Wickham)
西安交通大學齣版社
統計之都
2013-5-1
230
CNY 46.00
平裝
R語言應用係列
9787560549699

圖書標籤: R  數據分析  可視化  ggplot2  R語言  統計學  統計  圖形化   


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发表于2024-05-15

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圖書描述

中譯本序

每當我們看到一個新的軟件,第一反應會是:為什麼又要發明一個新軟件?ggplot2是R世界裏相對還比較年輕的一個包,在它之前,官方R已經有自己的基礎圖形係統(graphics包)和網格圖形係統(grid包),並且Deepayan Sarkar也開發瞭lattice包,看起來R的世界對圖形的支持已經足夠強大瞭。那麼我們不禁要問,為什麼還要發明一套新的係統?

設計理念

打個比方,想想我們小時候怎樣學中文的。最開始的時候我們要識字,不認識字就沒法閱讀和寫作,但我們並不是一直按照一個個漢字學習的,而是通過句子和具體的場景故事學習的。為什麼不在小學時背六年字典呢?那樣可能認識所有的漢字。原因很簡單,光有單字,我們不會說話,也無法閱讀和寫作。缺的是什麼?答案是對文字的組織能力,或者說語法。

R的基礎圖形係統基本上是一個“紙筆模型”,即:一塊畫布擺在麵前,你可以在這裏畫幾個點,在那裏畫幾條綫,指哪兒畫哪兒。後來lattice包的齣現稍微改善瞭這種情況,你可以說,我要畫散點圖或直方圖,並且按照某個分類變量給圖中的元素上色,此時數據纔在畫圖中扮演瞭一定的中心角色,我們不用去想具體這個點要用什麼顔色(顔色會根據變量自動生成)。然而,lattice繼承瞭R語言的一個糟糕特徵,就是參數設置鋪天蓋地,足以讓人窒息,光是一份xyplot()函數的幫助文檔,恐怕就夠我們消磨一天時間瞭,更重要的是,lattice仍然麵嚮特定的統計圖形,像基礎圖形係統一樣,有直方圖、箱綫圖、條形圖等等,它沒有一套可以讓數據分析者說話的語法。

那麼數據分析者是怎樣說話的呢?他們從來不會說這條綫用#FE09BE顔色,那個點用三角形狀,他們隻會說,把圖中的綫用數據中的職業類型變量上色,或圖中點的形狀對應性彆變量。有時候他們畫瞭一幅散點圖,但馬上他們發現這幅圖太擁擠,最好是能具體看一下裏麵不同收入階層的特徵,所以他們會說,把這幅圖拆成七幅小圖,每幅圖對應一個收入階層。然後發現散點圖的趨勢不明顯,最好加上迴歸直綫,看看迴歸模型反映的趨勢是什麼,或者發現圖中離群點太多,最好做一下對數變換,減少大數值對圖形的主導性。

從始至終,數據分析者都在數據層麵上思考問題,而不是拿著水彩筆和調色闆在那裏一筆一劃作圖,而計算機程序員則傾嚮於畫點畫綫。Leland Wilkinson的著作在理論上改善瞭這種狀況,他提齣瞭一套圖形語法,讓我們在考慮如何構建一幅圖形的時候不再陷在具體的圖形元素裏麵,而是把圖形拆分為一些互相獨立並且可以自由組閤的成分。這套語法提齣來之後他自己也做瞭一套軟件,但顯然這套軟件沒有被廣泛采用;幸運的是,Hadley Wickham在R語言中把這套想法巧妙地實現瞭。

為瞭說明這種語法的想法,我們考慮圖形中的一個成分:坐標係。常見的坐標係有兩種:笛卡爾坐標係和極坐標係。在語法中,它們屬於一個成分,可自由拆卸替換。笛卡爾坐標係下的條形圖實際上可以對應極坐標係下的餅圖,因為條形圖的高可以對應餅圖的角度,本質上沒什麼區彆。因此在ggplot2中,從一幅條形圖過渡到餅圖,隻需要加極少量的代碼,把坐標係換一下就可以瞭。如果我們用紙筆模型,則可以想象,這完全是不同的兩幅圖,一幅圖裏麵要畫的是矩形,另一幅圖要畫扇形。

更多的細節在本書中會介紹,這裏我們隻是簡略說明用語法畫圖對用紙筆畫圖來說在思維上的優越性;前者是說話,後者是說字。

發展曆程

ggplot2是Hadley在愛荷華州立大學博士期間的作品,也是他博士論文的主題之一,實際上ggplot2還有個前身ggplot,但後來廢棄瞭,某種程度上這也是Hadley寫軟件的特徵,熟悉他的人就知道這不是他第一個“2”版本的包瞭(還有reshape2)。帶2的包和原來的包在語法上會有很大的改動,基本上不兼容。盡管如此,他的R代碼風格在R社區可謂獨樹一幟,尤其是他的代碼結構很好,可讀性很高,ggplot2是R代碼抽象的一個傑作。讀者若感興趣,可以在GitHub網站上瀏覽他的包:https://github.com/hadley。在用法方麵,ggplot2也開創瞭一種奇特而絕妙的語法,那就是加號:一幅圖形從背後的設計來說,是若乾圖形語法的疊加,從外在的代碼來看,也是若乾R對象的相加。這一點精妙盡管隻是ggplot2係統的很小一部分,但我個人認為沒有任何程序語言可比擬,它對作為泛型函數的加號的擴展隻能用兩個字形容:絕瞭。

至2013年2月26日,ggplot2的郵件列錶(http://groups.google.com/group/ggplot2 )訂閱成員已達3394人,郵件總數為15185封,已經成為一個豐富、活躍的用戶社區。未來ggplot2的發展也將越來越依賴於用戶的貢獻,這也是很多開源軟件最終的走嚮。

關於版本更新

原書麵世之時,ggplot2的版本號是0.8.3,譯者開始翻譯此書時是0.9.0版本;該版本較之0.8.3,內部做瞭一些大改動。此後,ggplot2頻繁升級,目前版本號是0.9.3,當然這也給本書的翻譯過程帶來瞭相當大的麻煩。因為譯者不但要修正原書中大量過時的代碼、重新畫圖,還要修正過時的理念,以及處理數次版本更新的影響。所幸,在翻譯過程中,譯者得到瞭本書審校殷騰飛博士、ggplot2開發者Hadley Wickham和Wistong Chang的大力幫助。

如果你是老用戶,那麼可能需要閱讀下麵的小節。之後ggplot2有過多次更新,尤其是0.9.0之後,ggplot2的繪圖速度和幫助文檔有瞭質的飛躍。關於0.9的更新,讀者可以從https://github.com/downloads/hadley/ggplot2/guide-col.pdf下載一份細緻的說明文檔,但原文檔比較長,而且有些內部更新問題我們也不一定需要瞭解,因此這裏給一段概述。

ggplot2的幫助文檔大大擴充瞭,過去頭疼的問題之一就是一個函數裏麵不知道有哪些可能的參數,例如theme()函數,現在已經有瞭詳細說明。

新增圖例嚮導函數guide_legend()和guide_colorbar(),前者可以用來指導圖例的排版,例如可以安排圖例中元素排為n行m列;後者增強瞭連續變量圖例的展示,例如當我們把顔色映射到一個連續變量上時,過去生成的圖例是離散的,現在可以用這個函數生成連續顔色的圖例(漸變色)。

新增幾何對象函數geom_map()(讓地圖語法變得更簡單),geom_raster()(更高效的geom_tile()),geom_dotplot()(一維點圖,展示變量密度分布)和geom_violin()(小提琴,實為密度麯綫)。

新增統計變換函數stat_summary2d()(在二維網格上計算數據密度),stat_summary_hex()(在六邊形“蜂巢”上計算數據密度),stat_bindot()(一維點圖密度),stat_ydensity()(密度麯綫,用於小提琴圖)。

facet_grid()支持X軸和Y軸其中一者可以有自由的刻度(根據數據範圍而定),以往要麼所有切片使用同樣的坐標軸刻度,要麼所有都自由。

geom_boxplot()開始支持畫箱綫圖的凹槽(notch),就像R基礎圖形係統中的boxplot()函數。

新增函數ggmissing()用來展示缺失值的分布,ggorder()按照數據觀察順序先後畫摺綫圖,ggstructure()展示數據熱圖。

另外這次更新涉及到一些函數參數名稱的變化,如果舊代碼在這個版本中報錯說有未使用的參數,那麼用戶需要再次查看幫助文檔,確保輸入的參數在函數中存在。在所有這些錶麵的更新背後,實際上ggplot2很大程度上被重寫瞭,例如開始使用R自帶的S3泛型函數設計,以及將過去ggplot2的功能繼續模塊化為一些獨立的包,一個典型的例子就是標度部分的功能被抽象到scales包中,從數據映射到顔色、大小等外觀屬性可以由這個包直接完成。這種分拆也使得其他開發者可使用過去ggplot2內部的一些功能函數。

0.9.1版本主要解決瞭0.9.0版本中的一些漏洞。ggplot2在2012年9月4日發布瞭新的版本0.9.2,其中一些特性和更新有必要提及:

采用瞭全新的主題(theme)係統,opts()函數已被標記為“不推薦使用”(deprecated),將在未來版本中被取消,取而代之的是theme()函數,主題元素(theme element)由屬性列錶構成,支持繼承,主題之間可以直接進行閤並等操作。詳情參見wiki頁麵:https://github.com/wch/ggplot2/wiki/New-theme-system 。

依賴於新的gtable包。 用來更方便地調整修改ggplot2圖形中的圖元,ggplotGrob()會返迴一個gtable類,這個對象可以利用gtable包中提供的函數和接口進行操作。

所有“模闆”類型的圖形函數,比如plotmatrix(),ggorder()等等,已被標記為“不推薦使用”(deprecated),將在未來版本中取消。

在本書齣版之際,ggplot2更新到瞭版本0.9.3,修復瞭0.9.2的一些漏洞,其主要更新包括

不再支持plotmatrix()函數。

geom_polygon()提速,比如世界地圖的繪製快瞭12倍左右。

新增部分主題,比如theme_minimal(),theme_classic()。

本書的所有代碼和圖片都是針對新版本0.9.3的,在內容方麵也根據版本更新對原文做瞭適當的增刪填補,以滿足讀者的需求。

本書把影響正文閱讀的彩圖集中放在附錄後麵,讀者可以隨時翻閱。

緻謝

在聽說我們翻譯完這本書之後,本書原著Hadley很高興,給我們發郵件說:

I am excited and honoured to have my book translated to Chinese. ggplot2 has become far more popular than I ever imagined, and I'm excited that this translation will allow many more people to learn ggplot2. I'm very grateful that Yihui and his team of translators (Nan Xiao, Tao Gao, Yixuan Qiu, Weicheng Zhu, Taiyun Wei and Lanfeng Pan) made this possible.

One of the biggest improvements to ggplot2 since the book was first written is the ggplot2 mailing list. This is a very friendly environment where you can get help with your visualisations, and improve your own knowledge of ggplot2 by helping others solve their problems. I'd strongly encourage you to join the mailing list, even if you think your English is not very good -- we are very friendly people.

我們感謝這本書的譯者,包括邱怡軒(第1~2章)、主偉呈(第3~4章)、肖楠(第5~6章)、高濤(第7~8章)、潘嵐鋒(第9章)、魏太雲(第10章、附錄以及翻譯過程的協調安排和全書的LaTeX排版工作)。所有譯者均來自於統計之都(http://cos.name )。

愛荷華州立大學的殷騰飛博士、中國人民大學統計學院的孟生旺教授、浙江大學的張政同學通讀瞭譯稿,提齣瞭很多有用的建議,殷騰飛博士還提供瞭大多數新版本中的解決方案,並擔任本書的審校。肖凱老師和餘光創博士分彆對第1~4章、第8~10章以及附錄提齣瞭很多修改意見,此外,中國人民大學的陳妍、李曉矛、謝漫錡三位同學、中國再保險公司的李皞先生、百度公司的韓帥先生、eBay公司的陳麗雲女士、Mango Solutions公司的李艦先生、京東商城的劉思喆先生、首鋼總公司的鄧一碩先生、新華社的陳堰平先生在此書的翻譯過程中也曾提過不少寶貴的建議,在此一並錶示感謝。

為瞭更好地服務社區,我們還建立瞭翻譯主頁:https://github.com/cosname/ggplot2-translation ,讀者可以在這裏得到最新的勘誤和書中的代碼,也可以隨時提齣任何問題。

謝益輝

2013年2月26日

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著者簡介

Hadley Wickham,RStudio首席科學傢,美國萊斯大學統計學助理教授,畢業於愛荷華州立大學統計係。Hadley是R社區最活躍的人之一,代碼風格獨樹一幟,緻力於開發用於數據處理、分析、成像的工具,截至2012年已經開發瞭超過30個高質量的R軟件包,比如ggplot2, lubridate,plyr, reshape2, stringr, httr等。


圖書目錄


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用戶評價

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快速入門,係統講解。

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最重要的告訴瞭各個數學圖的錶達的意義。統計圖形就是從數據到幾何對象(點 綫 條形等)的圖形屬性(顔色 形狀 大小)的一個映射。圖形還包含數據的統計變換 繪製在某個特定的坐標係中,而分麵(就是條件作圖,將繪圖串口劃分為若乾子窗口)則可以用來生成數據不同子集的圖形。數據 幾何對象 統計變換 標度 坐標係幾個概念的組閤。顔色和形狀適閤分類變量 大小適閤連續變量。幾何對象 描述瞭應該用何種對象對數據展示 其中有些幾何對象 關聯的瞭相應的統計變換 直方圖就是分組計數再加上條形的幾何對象。具體的圖的組成和基本部件高於三維變量作圖不可能:或者高維的點映射到平麵的圖形,或者減少變量降維數到二維平麵作圖:聚類分析,主成分分析,因子分析。圖形對象就是一個包含數據 映射 圖層 標度 坐標 分麵的列錶

評分

這本書一點也不給力。大傢都是用ggplot反復堆圖層,這本書一直用qplot,根本沒有理解ggplot語法的精髓。

評分

喜歡這種講的很係統的書

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一入紅顔深似海…

讀後感

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