係統生物學

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出版者:
作者:雷錦誌
出品人:
頁數:196
译者:
出版時間:2010-9
價格:50.00元
裝幀:
isbn號碼:9787547804872
叢書系列:
圖書標籤:
  • 係統生物學
  • 生物
  • 生物學
  • 生物信息
  • 動力學
  • 科學
  • 生態
  • 動力係統
  • 係統生物學
  • 生物信息學
  • 計算生物學
  • 建模
  • 網絡分析
  • 代謝組學
  • 基因組學
  • 蛋白質組學
  • 生物化學
  • 分子生物學
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具體描述

係統生物學是綜閤瞭生物、物理和數學等學科在內的交叉學科。本書是係統生物學的入門教材,結閤作者近年的研究工作和國外一些新的研究進展,介紹係統生物學這門新興學科的研究對象和方法,盡量去繁就簡,重點介紹對復雜的生物過程建立數學模型的方法,並介紹相關的分析和模擬方法,涉及基因錶達、基因調控、生物振蕩、狀態切換、形態發生素梯度濃度、造血係統和霍奇金-赫胥黎方程(Hodgkin-Huxley equation)等生物學知識和隨機過程、常微分方程、偏微分方程、時滯微分方程、隨機微分方程、分岔分析等數學內容。

適用於生物、醫學、數學、物理、化學、生物信息學、生物物理學等方嚮的學生、教師和相關研究人員。

《生命脈絡:解碼遺傳密碼的奧秘》 本書並非關於宏觀係統生物學理論的探討,而是深入微觀世界,聚焦於構成生命基石的遺傳物質——DNA及其操控生命的精妙機製。我們並非審視龐大的細胞工廠如何協同運作,而是將其中的關鍵角色,一個個蛋白質分子,以及它們之間錯綜復雜的相互作用,進行細緻入微的解析。 第一部分:基因的低語——DNA的結構與復製 首先,我們將帶您進入DNA的雙螺鏇結構,這不是一個抽象的理論模型,而是具體到每一個堿基對(腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鳥嘌呤)的排列方式,以及它們如何通過氫鍵維係著生命的藍圖。我們會詳細闡述DNA聚閤酶如何以驚人的準確性和速度,復製這條復雜的遺傳信息鏈,確保生命世代相傳的連續性。我們將深入探討復製起始點、復製叉的形成、滯後鏈的閤成等關鍵過程,瞭解DNA損傷如何被識彆和修復,維持基因組的穩定。 第二部分:信息的傳遞——轉錄與翻譯的精密協作 DNA的遺傳信息並非一成不變,它需要被轉化為能夠執行生命功能的分子。本書將詳細揭示轉錄的過程,即RNA聚閤酶如何以DNA為模闆,閤成不同種類的RNA(mRNA、tRNA、rRNA)。我們將關注啓動子、終止子等關鍵調控區域的作用,以及轉錄因子如何精確地決定哪些基因在何時何地被錶達。 隨後,我們將深入轉錄後的加工過程,包括mRNA的剪接,即內含子被移除、外顯子被連接起來,形成成熟的mRNA。我們將探討可變剪接的機製,它如何通過不同的剪接模式産生多種蛋白質,極大地拓展瞭基因的功能多樣性。 最後,本書將重點闡述翻譯的過程,核糖體如何作為分子機器,讀取mRNA上的密碼子,並招募攜帶相應氨基酸的tRNA,將其一一連接,最終閤成具有特定序列的蛋白質。我們將詳細解析核糖體的結構、mRNA的讀取框、起始密碼子和終止密碼子的作用,以及tRNA的氨酰化過程。你將瞭解到,每一個氨基酸的插入都不是隨機的,而是遵循著嚴謹的遺傳密碼。 第三部分:蛋白質的職能——結構、摺疊與修飾 閤成的蛋白質並非就能立即投入工作,它們需要經過精確的摺疊,纔能形成具有特定三維結構和功能的蛋白質。本書將深入探討蛋白質摺疊的“分子伴侶”機製,它們如何在細胞內引導蛋白質正確摺疊,避免錯誤摺疊導緻的疾病。 我們還將解析蛋白質翻譯後修飾的重要性。例如,磷酸化、糖基化、乙酰化等修飾是如何改變蛋白質的活性、穩定性、定位和與其他分子的相互作用的。你將看到,氨基酸序列隻是故事的開始,後續的修飾纔賦予蛋白質真正的生命力。 第四部分:基因錶達的調控——開關的藝術 生命並非一股腦地錶達所有基因,而是根據細胞類型、發育階段、環境信號等因素,精確地調控基因的開啓與關閉。本書將聚焦於基因錶達調控的多個層麵,從染色質重塑到轉錄後調控。 我們將探討組蛋白的修飾,如乙酰化和甲基化,如何影響DNA的開放程度,從而調控轉錄的發生。我們將深入研究各種轉錄因子,包括激活因子和阻遏因子,它們如何結閤到DNA上的特定序列,精確地控製基因的開啓或關閉。 此外,我們還將介紹非編碼RNA(如microRNA和siRNA)在基因錶達調控中的重要作用。這些RNA分子並不編碼蛋白質,但它們能夠通過與mRNA結閤,沉默基因的錶達,為基因調控網絡增添瞭更多復雜性和精妙性。 第五部分:異常的信號——基因突變與疾病 當DNA序列發生改變,即基因突變時,可能會導緻蛋白質功能的異常,從而引發各種疾病。本書將通過具體的案例,闡述不同類型的基因突變(點突變、插入、缺失)如何影響蛋白質的結構和功能。 我們將以常見的遺傳性疾病為例,如囊性縴維化、鐮狀細胞貧血等,詳細解析其背後的分子機製。你將瞭解到,一個微小的基因改變,可能對整個身體産生巨大的影響。本書將展示,對基因突變機製的理解,是診斷和治療許多疾病的關鍵。 《生命脈絡:解碼遺傳密碼的奧秘》 並非提供一套放之四海而皆準的理論框架,而是通過對DNA、RNA、蛋白質分子層麵運作機製的細緻剖析,引導讀者理解生命信息傳遞與調控的內在邏輯。它將幫助你撥開層層迷霧,看見生命最根本的運行密碼,感受分子世界中蘊含的嚴謹與神奇。本書緻力於為您呈現一個清晰、準確、引人入勝的遺傳信息世界,讓您能夠真正理解“生命如何成為生命”的微觀奧秘。

作者簡介

清華教授

目錄資訊

第1章 生物化學反應的數學描述
§1.1 生化反應係統
§1.2 化學主方程
1.2.1 方程的建立
1.2.2 方程的性質
1.2.3 吉菜斯皮算法
§1.3 化學速率方程
1.3.1 方程的建立
1.3.2 漲落耗散定理
§1.4 化學朗之萬方程
1.4.1 方程的建立
1.4.2 隨機積分的簡單討論
1.4.3 τ跳躍算法
§1.5 福剋爾-普朗剋方程
§1.6 反應速率隨時間變化的生化反應係統
1.6.1 外部噪聲乾擾下的反應速率
1.6.2 推廣的化學朗之萬方程
1.6.3 伊藤積分與斯特拉托諾維奇積分
1.6.4 有色噪聲
§1.7 小結
習題
第2章 基因錶達的數學描述
§2.1 遺傳信息的傳遞與基因錶達
§2.2 基因錶達的內蘊隨機性
2.2.1 模型的建立
2.2.2 平衡態
2.2.3 靜態漲落
2.2.4 內蘊隨機效應
§2.3 基因錶達中的外部噪聲
2.3.1 模型的建立
2.3.2 平衡態
2.3.3 靜態漲落
2.3.4 外部噪聲對基因錶達的影響
§2.4 小結
習題
第3章 基因調控的數學模型
§3.1 數學基礎
3.1.1 尺度分析
3.1.2 米氏函數和希爾函數
3.1.3 洛姆周期圖
§3.2 正反饋調控與雙穩態
3.2.1 乳糖操縱子
3.2.2 數學模型
3.2.3 平衡態分析
§3.3 噪聲與細胞狀態的切換
3.3.1 乳糖操縱子基因的狀態切換
3.3.2 入噬菌體阻抑物基因的錶達調控
3.3.3 內部噪聲誘導的狀態切換
§3.4 負反饋調控和生物振蕩
3.4.1 阿特金森振子
3.4.2 隨機激勵振子
3.4.3 帶時滯的負反饋調控
3.4.4 節律振蕩
§3.5 小結
習題
第4章 信號分子濃度梯度形成的數學模型
§4.1 反應擴散方程的建立和模擬
4.1.1 一維守恒率方程
4.1.2 流的不同形式
4.1.3 初邊值條件
4.1.4 高維守恒率方程
4.1.5 反應擴散方程的數值解
§4.2 形態發生素與胚胎的發育
4.2.1 形態發生素
4.2.2 Decapentaplegic與果蠅翅膀的發育
§4.3 形態發生素的擴散與數學模型的建立
4.3.1 模型A:自由擴散和與受體的結閤
4.3.2 模型B:自由擴散,與受體結閤,信號分子的降解
4.3.3 模型C:配體與受體的結閤和離解,通過復閤體的擴散
§4.4 小結
習題
第5章 造血係統的數學模型
§5.1 一些數據
§5.2 造血乾細胞數量變化的數學模型
5.2.1 細胞周期與休眠期
5.2.2 數學模型的建立
5.2.3 反饋調控函數
5.2.4 參數估計
§5.3 乾細胞模型的動力學分析
5.3.1 無量綱化方程
5.3.2 平衡態分析
§5.4 周期性白細胞減少癥的動力學模型
5.4.1 模型介紹
5.4.2 參數估計
5.4.3 平衡點的存在性
5.4.4 平衡點穩定性與分岔分析
5.4.5 粒細胞集落刺激因子治療
§5.5 小結
習題
第6章 霍奇金-赫胥黎方程
§6.1 離子通道與能斯特方程
§6.2 細胞膜模型
§6.3 離子通道的門控機製
6.3.1 門控機製的數學描述
6.3.2 莫裏斯-萊卡爾模型
§6.4 霍奇金-赫胥黎方程
6.4.1 實驗結果
6.4.2 離子通道的門控假設
6.4.3 方程的建立
§6.5 電纜方程和神經網絡動力學方程
6.5.1 電纜方程
6.5.2 神經網絡動力學方程
§6.6 小結
習題
附錄A 常微分方程
§1.1 常微分方程模型
§1.2 二階微分方程
§1.3 二階常微分方程邊值問題的數學基礎
附錄B 隨機微分方程
§2.1 隨機微分方程與隨機積分
§2.2 伊藤公式
§2.3 福剋爾一普朗剋方程
§2.4 隨機微分方程數值方法
2.4.1 1.0階差分格式
2.4.2 瑪爾薩利亞隨機數發生器
附錄C XPPAUT軟件使用介紹
§3.1 建立ODE文件
§3.2 運行和退齣程序
§3.3 保存結果
§3.4 相平麵分析
§3.5 分岔分析
§3.6 通過腳本語言運行XPPAUT
參考文獻
索引
· · · · · · (收起)

讀後感

評分☆☆☆☆☆

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評分☆☆☆☆☆

評分☆☆☆☆☆

用戶評價

评分☆☆☆☆☆

這本書的敘事風格,用一個詞來形容就是“沉穩而富有洞察力”。它不是那種追求速度和轟動效應的暢銷書,它更像是一位經驗豐富、學識淵博的導師,耐心地引導你走過一條布滿荊棘但最終通往真理的道路。作者的語氣始終保持著一種客觀和中立,即使在討論那些前沿且充滿爭議的研究方嚮時,也隻是客觀呈現各方的證據和觀點,很少帶有強烈的個人偏嚮。這使得閱讀過程非常舒適,讓人能夠保持批判性思維,自己去權衡和判斷。我尤其喜歡作者在迴顧曆史發展脈絡時所展現齣的那種人文關懷,他會花篇幅去介紹那些奠基性的研究是如何一步步被挑戰、被修正的,這種對科學探索曆程的尊重,讓這本書讀起來不僅是知識的積纍,更像是一次精神上的洗禮,讓人體會到科學的麯摺美感。

评分☆☆☆☆☆

這本書的章節組織結構,展現瞭極高的匠心。它沒有采用傳統的“概念A、概念B、概念C”的綫性堆砌模式,而是圍繞著幾個核心的“問題”來展開討論,比如“係統如何産生湧現性”、“信息如何在噪音中編碼和解碼”等。這種以問題驅動的結構,極大地激發瞭讀者的好奇心。每一章的結尾,作者都會設置一個“延伸思考”的小欄目,裏麵往往會提齣一些尚未完全解決的前沿科學難題,並引導讀者思考基於本書已有知識,可以如何嘗試去構建初步的解釋模型。這不僅僅是知識的傳授,更是一種思維方式的訓練。它成功地將讀者從一個被動的知識接收者,轉化為一個主動的探索者,讓我深刻體會到,學習一個復雜係統領域的真正意義,不在於記住所有的定律,而在於學會如何提齣正確的問題。

评分☆☆☆☆☆

這本書的內容深度,絕對不是市麵上那些淺嘗輒止的科普讀物可以比擬的。我尤其欣賞作者在構建理論框架時的那種嚴謹和邏輯的滴水不漏。例如,在介紹網絡拓撲結構的那一章,作者深入剖析瞭不同網絡模型的數學特性,並且沒有迴避那些復雜的概率分布和矩陣運算,但處理手法卻異常高明——他總能在介紹完嚴謹的數學推導後,立刻緊接著用一個極其貼閤實際生物學案例來進行印證和解釋,這種“理論與實踐”的無縫銜接,讓那些原本可能讓人望而卻步的公式,瞬間變得有血有肉、可理解、可應用。我用瞭好幾天的時間來消化其中關於信號通路動態平衡的部分,裏麵的微分方程組簡直讓人頭皮發麻,但作者通過模擬實驗的截圖和對穩態、振蕩等現象的細緻討論,硬是把冰冷的數學模型,轉化成瞭關於生命決策過程的生動故事。讀完這一部分,我感覺自己對“穩態”這個概念的理解,已經超越瞭高中生物課本上簡單的定義,上升到瞭一個完全不同的層次。

评分☆☆☆☆☆

裝幀和印刷質量方麵,這本書的錶現完全對得起它的定價。紙張的質感非常厚實,拿在手裏有分量感,這對於一本需要經常翻閱和做筆記的參考書來說至關重要。我注意到書脊的粘閤技術非常齣色,即便是反復打開到中間部分進行對照學習,書頁也沒有齣現任何鬆動的跡象,這在很多同類書籍中是很難得的。更值得稱贊的是,書中引用的那些復雜的基因調控網絡圖譜,色彩的還原度極高,墨跡清晰銳利,即便是最細微的連接綫和標注,也絲毫沒有模糊不清的情況,這對於需要精確識彆圖中元素的讀者來說,簡直是福音。我甚至忍不住拿它和幾本我珍藏的英文原版經典教材做瞭對比,就從物理製作的精良程度上來說,這本書完全可以躋身頂級行列,體現瞭齣版方對學術質量的極緻追求。

评分☆☆☆☆☆

這本書的封麵設計簡直是一場視覺盛宴,那種深邃的藍色調搭配著錯綜復雜的綫條圖案,初看之下讓人感覺像是在凝視一片浩瀚的星空,又似乎能從中窺見生命分子層麵的精妙結構。我翻開扉頁,首先被吸引的是它引言部分那種近乎詩意的筆觸,作者並沒有直接拋齣晦澀的術語,而是用一種非常引人入勝的方式,勾勒齣瞭生命作為一個復雜係統的宏偉藍圖。我記得其中有一段描述,將細胞比作一座永不停歇的微型城市,不同“部門”各司其職,信息流如同交通網絡般繁忙運轉,那種畫麵感極強,瞬間就點燃瞭我對後續內容的期待。整本書的排版也非常考究,字體大小適中,段落之間的留白處理得當,長時間閱讀下來眼睛也不會感到疲勞,這對於一本內容密度如此之高的學術著作來說,無疑是一個巨大的加分項。而且,隨處可見的精美插圖和圖錶,都不是那種乾巴巴的示意圖,它們仿佛被賦予瞭生命力,用色彩和結構清晰地闡釋瞭復雜的概念,讓人在理解抽象理論時,能有一個堅實的視覺錨點。

评分☆☆☆☆☆

就是太貴瞭點。這個老師倒是很好。

评分☆☆☆☆☆

很推薦啊,都是作者自己的心得體會

评分☆☆☆☆☆

就是太貴瞭點。這個老師倒是很好。

评分☆☆☆☆☆

就是太貴瞭點。這個老師倒是很好。

评分☆☆☆☆☆

就是太貴瞭點。這個老師倒是很好。

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