译者序前言和致谢第一章 引言 1.1 技术介绍 1.2 发展概况 1.3 简要概述 参考文献第二章 实验设计基础 2.1 生物芯片基因表达测量中的变异来源 2.2 对照和重复 2.3 实验设计 2.4 小结 参考文献第三章 生物芯片的设计和制备 3.1 探针的选择 3.2 cDNA和扩增产物探针 3.3 寡核苷酸探针 3.4 生物芯片的制备 3.5 小结 参考文献第四章 样本收集和标记 4.1 样本收集和RNA提取 4.2 RNA的质量评价 4.3 cDNA的合成 4.4 标记方法 4.5 信号放大 4.6 RNA扩增 4.7 扩增方法的比较 4.8 荧光标记样本的质量控制 4.9 小结 参考文献第五章 杂交和扫描 5.1 杂交 5.2 数据获取 5.3 信号点定位 5.4 方法比较 5.5 数据提取 5.6 质量控制基本要求 5.7 小结 参考文献第六章 数据预处理 6.1 预处理基本原理 6.2 系统误差的来源 6.3 背景校正 6.4 数据过滤、标记和加权 6.5 缺失值的处理 6.6 数据转换 6.7 空间效应的处理 6.8 Print-Tip Group Loess归一化 6.9 二维(2D)Loess 6.10 复合Loess归一化 6.11 加权Loess归一化 6.12 使用重复探针增强归一化效果 6.13 “片间”归一化 6.14 关于质控的其他注意事项 6.15 生物芯片质量控制协会(MAQC) 6.16 外源RNA对照协会(ERCC) 6.17 EMERALD协会 6.18 Affymetrix GeneChip数据的预处理 6.19 探针校正和整合 6.20 背景校正 6.21 归一化 6.22 小结 参考文献第七章 差异表达 7.1 引言 7.2 统计学推断 7.3 参数统计 7.4 生物芯片数据的线性模型(LIMMA) 7.5 非参数统计 7.6 基因-类别检验 7.7 小结 参考文献第八章 聚类和分类 8.1 引言 8.2 相似性度量 8.3 无监督分析方法：聚类和分区 8.4 评价聚类质量 8.5 维数减少 8.6 有监督的方法 8.7 模型质量评价 8.8 小结 参考文献第九章 生物芯片数据的存储和数据仓 9.1 引言 9.2 ArrayExpress数据库 9.3 Gene Expression Omnibus(GEO) 9.4 其他数据存储和数据仓 9.5 小结 参考文献第十章 基因组芯片分析 10.1 基因组芯片 10.2 外显子芯片 10.3 叠瓦芯片 10.4 扩增子及BAC芯片 10.5 寡核苷酸叠瓦芯片 10.6 叠瓦芯片的应用 10.7 叠瓦芯片的分析 10.8 小结 参考文献第十一章 生物芯片技术在医学中的应用 11.1 引言 11.2 病原体研究：疟疾 11.3 人类疾病表达谱研究 11.4 比较基因组杂交芯片 11.5 SNPS和基因分型 11.6 小结 参考文献第十二章 其他种类的生物芯片技术 12.1 蛋白质结合芯片 12.2 细胞和组织芯片 12.3 蛋白质芯片 12.4 小结 参考文献第十三章 生物芯片的未来与展望 13.1 生物芯片技术 13.2 标记和检测技术 13.3 成像技术 13.4 分析技术 参考文献索引
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