生物软件选择与使用指南

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出版者:
作者:李军
出品人:
页数:249
译者:
出版时间:2008-4
价格:29.80元
装帧:
isbn号码:9787122023179
丛书系列:
图书标签:
  • 生物软件
  • 生物
  • 生物信息
  • 数据分析
  • Bioinformatics
  • 生物信息学
  • 生物软件
  • 软件选择
  • 数据分析
  • 计算生物学
  • 基因组学
  • 蛋白质组学
  • 生物统计
  • 实验设计
  • 科研工具
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具体描述

《生物软件选择与使用指南》提供了生物软件的选择、获取和使用建议,旨在为生命科学工作者更好地开展自己的研究工作打开方便之门。《生物软件选择与使用指南》主要内容包括:生物软件选择指南、综合序列分析、用BLAST进行序列相似形搜索、用Clustal(X/W)进行多序列比对、进化树构建、序列格式转换、序列信息递交、引物设计、质粒绘图、用ANTHEPROT进行蛋白质序列分析、用同源建模服务器SWISS-MODEL进行蛋白质三维结构预测、蛋白质结构比对、用RasMol/PyMOL/Swiss-PdbViewer/进行生物分析三维结构显示和分析、计算机辅助基因识别、计算机辅助疫苗设计。

探索宇宙的奥秘:深空探测与前沿物理 第一部分:宇宙的广袤与我们的探索历程 第一章:人类仰望星空:从神话到科学的飞跃 自古以来,星空便是人类文明中最深邃的谜题。本章将回顾人类历史上对宇宙的认知演变。我们将追溯古代文明,如巴比伦、古埃及和玛雅,他们如何通过肉眼观测建立起初步的宇宙模型,以及亚里士多德和托勒密的“地心说”如何主导了近两千年的天文学思维。随后,聚焦于文艺复兴时期,哥白尼的日心说如何引发了科学革命的序幕,以及伽利略利用望远镜所带来的颠覆性证据。本章将深入探讨开普勒对行星运动定律的精确描述,以及牛顿的万有引力定律如何为我们理解宇宙的宏观结构奠定了坚实的数学基础。我们将着重分析这些早期发现如何激发了人类走出地球摇篮的原始冲动。 第二章:火箭的诞生与冷战时期的太空竞赛 进入20世纪,火箭技术的发展成为人类探索太空的关键。本章将详细剖析康斯坦丁·齐奥尔科夫斯基和罗伯特·戈达德等先驱者在理论和实践上对液体燃料火箭的贡献。随后,我们将重点回顾第二次世界大战期间V-2火箭的发展,以及战后美苏两国如何将军事火箭技术迅速转化为太空探索的工具。太空竞赛是冷战地缘政治的缩影,本章将细致描绘“斯普特尼克”号的升空所带来的冲击,人类首次进入太空的激动人心的时刻,以及阿波罗计划如何一步步将宇航员送上月球。这不仅是技术的胜利,更是人类意志力的集中体现。 第三章:无人深空探测器的辉煌时代 相较于载人航天的高成本和高风险,无人探测器成为了我们了解太阳系和更远宇宙的主要力量。本章将按目标区域进行分类阐述: 1. 行星际先驱: 聚焦“先驱者”和“旅行者”系列探测器,它们如何穿越小行星带,揭示木星和土星大气层的复杂性,并最终踏入星际空间,向我们传回关于太阳系边缘的宝贵数据。 2. 火星探索: 详述“海盗号”的初步着陆尝试,以及“勇气号”、“机遇号”、“好奇号”和“毅力号”火星车对火星地质历史、水流证据和潜在生命迹象的系统性考察。我们将分析这些任务对“火星宜居性”这一概念的修正与深化。 3. 外太阳系任务: 重点分析“卡西尼号”对土星及其卫星(尤其是土卫二恩克拉多斯和土卫六泰坦)的革命性发现,以及“伽利略号”对木星系统的深入剖析,包括对冰冷卫星地下海洋的初步探测。 4. 太阳系边缘与超越: 探讨“新视野号”如何成功飞越冥王星,揭示柯伊伯带天体的复杂性,并展望未来飞向更遥远奥尔特云的设想。 第二部分:理解宇宙的结构与基本定律 第四章:恒星的生命周期与星系演化 要理解宇宙,必须理解其基本构建块——恒星的诞生、生活与死亡。本章从分子云的引力坍缩开始,解释恒星如何通过核聚变维持生命。我们将详细阐述主序星、红巨星、白矮星、中子星乃至黑洞的不同结局,并对比质量对恒星命运的决定性影响。在此基础上,本章将扩展到星系层面,探讨银河系等螺旋星系的形成机制,以及星系团的结构。通过分析不同形态星系(椭圆星系、不规则星系)的统计分布,我们得以推断宇宙在数十亿年间的结构演化路径。 第五章:宇宙学:从大爆炸到暗能量 宇宙学是研究宇宙起源、结构、演化和最终命运的科学。本章将系统梳理支撑现代宇宙学模型的两大基石:宇宙微波背景辐射(CMB)的发现及其温度涨落的意义,以及哈勃定律所揭示的宇宙加速膨胀现象。我们将深入探讨大爆炸理论的标准模型,包括暴胀理论如何解决视界问题和磁单极子问题。随后,引入宇宙学中的两大未解之谜——暗物质和暗能量。本章将阐述我们如何通过引力透镜效应、星系旋转曲线等间接证据推断暗物质的存在,并讨论暗能量对驱动宇宙加速膨胀的驱动力模型(如兰姆达-CDM模型)。 第六章:引力波天文学的黎明 引力波,作为时空本身的涟漪,在爱因斯坦广义相对论中被预言了一个世纪。本章将详细介绍引力波的物理本质,并聚焦于激光干涉引力波天文台(LIGO)和欧洲的Virgo等地面探测器的精密设计和工作原理。引力波天文学的突破性在于,它使我们能够“聆听”宇宙中剧烈的事件,如双黑洞合并、双中子星并合。我们将分析首次探测到的GW150914事件的意义,以及多信使天文学(结合引力波和电磁波)如何为我们提供了研究致密天体物理的全新窗口。 第三部分:人类的未来:深空定居与技术前沿 第七章:地外生命搜寻(Astrobiology) 我们是否孤独?这是人类永恒的追问。本章探讨地外生命的搜寻策略。我们将首先界定“宜居带”的概念,并评估地球生命所需的关键要素(液态水、有机分子、能量来源)。随后,本章将介绍生命搜寻的两种主要路径: 1. 太阳系内搜寻: 重点分析火星地下冰层、木卫二的海洋和土卫二的羽流中可能存在的微生物生命迹象。 2. 系外行星探测: 探讨开普勒和TESS等任务发现的数千颗系外行星,以及詹姆斯·韦伯空间望远镜(JWST)如何通过分析系外行星大气光谱,寻找生物标志物(如氧气、甲烷等)。 第八章:迈向星际:技术挑战与未来展望 载人深空任务的下一步,无疑是火星定居和最终的星际旅行。本章将全面评估当前制约载人任务的关键工程挑战: 1. 生命支持系统: 探讨闭环生态生命支持系统(CELSS)的开发,以实现物资的再循环利用。 2. 辐射防护: 分析深空辐射(银河宇宙射线和太阳粒子事件)对宇航员健康的威胁,以及磁场屏蔽或水墙屏蔽等主动/被动防护技术的潜力。 3. 推进技术: 评估现有化学火箭的局限性,并详细考察未来推进系统的前景,包括核热推进(NTP)、核电推进(NEP)乃至更具前瞻性的反物质推进和光帆技术。 第九章:空间经济学与人类的星际遗产 随着商业航天公司的崛起,太空探索已不再是纯粹的政府行为。本章将分析太空经济的兴起,包括卫星星座的部署、近地轨道旅游的潜力,以及小行星采矿(资源获取)在理论和实践上的可行性。最后,我们将探讨人类文明如何从地球扩展到太阳系,建立起可持续的多行星物种地位,以及这对于人类文明长期生存与发展的终极意义。本书旨在为所有对浩瀚宇宙心怀敬畏、渴望了解人类如何超越自身局限的读者,提供一份全面、深入的认知蓝图。

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读后感

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用户评价

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我是一名经验丰富的生物信息学分析师,但我仍然从这本书中获益良多。在多年的工作中,我积累了大量的经验,但技术的更新换代速度太快,我总感觉自己需要不断地学习新的工具和方法。这本书为我提供了一个很好的平台,让我能够系统地回顾和梳理现有的生物软件资源,并且了解一些最新的发展趋势。特别是关于云计算和大数据处理的部分,让我对如何在更高效地利用计算资源有了新的认识。我一直在寻找一款能够自动化处理大规模基因组数据的流程,这本书介绍的Snakemake和Nextflow等工作流管理系统,正是我所需要的。

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对于一名独立研究者来说,资金和技术支持往往是有限的。我经常需要在有限的资源下完成复杂的生物信息学分析。这本书推荐了大量免费且开源的生物软件,并且详细介绍了它们的安装和使用方法,这对我来说简直是福音。我之前一直为找不到合适的免费蛋白质结构预测软件而发愁,这本书中推荐的AlphaFold2等工具,不仅免费,而且性能非常强大,让我能够完成一些原本无法完成的研究。

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这本《生物软件选择与使用指南》简直就是我科研道路上的“及时雨”!我之前花了多少时间在寻找合适的工具上?那简直是一段血泪史。从最基础的序列比对,到复杂的基因组组装,再到宏基因组分析,每一步都像是在迷宫里摸索。我记得有一次,我为了找一个能处理大规模蛋白质结构预测的软件,硬是翻遍了国内外各大论坛,还请教了无数前辈,结果信息碎片化严重,很多软件都有各种兼容性问题,或者根本不适合我的特定研究方向。最让人沮丧的是,很多“神器”的教程要么晦涩难懂,要么根本不存在,我常常对着一大堆命令行和参数一筹莫展,感觉自己像个初学编程的小白。

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这本书的语言风格非常接地气,一点也不枯燥。我之前读过一些生物信息学方面的书籍,很多都写得像教科书一样,晦涩难懂,让人望而却步。这本书的作者用非常通俗易懂的语言,结合生动的案例,将复杂的概念讲解清楚,让我能够轻松地理解和掌握。我之前对生物信息学一直存在一种畏难情绪,但读完这本书后,我发现生物信息学分析并没有想象中那么难,而且充满了趣味性,让我对这个领域充满了好奇和热情。

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这本书的内容编排非常合理,循序渐进,适合不同水平的读者。我之前在学习RNA-seq数据分析时,总是被各种复杂的概念和参数弄得头晕脑胀,常常是在网上搜索零散的教程,效果并不理想。这本书中,作者为RNA-seq分析提供了一个完整的流程,从原始数据的质量控制,到基因表达差异分析,再到功能富集分析,每一个步骤都讲得非常透彻。我跟着书中的指导,一步步地操作,并且对每一个关键参数都有了清晰的理解。

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这本书的实用性真的让我印象深刻。我一直对机器学习在生物学领域的应用很感兴趣,但苦于没有系统的学习路径,总是无法深入。这本书中专门开辟了一个章节,详细介绍了常用的机器学习算法在生物数据分析中的应用,并且推荐了几款优秀的开源机器学习库,如Scikit-learn和TensorFlow。我按照书中的指导,搭建了自己的第一个机器学习模型,用于预测蛋白质功能。虽然过程中遇到了不少技术难题,但通过参考书中的故障排除建议,我最终成功地完成了模型训练和评估,这让我对未来的研究充满了信心。

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读完这本《生物软件选择与使用指南》,我才发现原来有这么多优秀且易于上手的工具,而且作者还很贴心地为不同研究阶段的科研人员提供了详细的选型建议。我之前一直纠结于数据可视化,总觉得别人的图表那么漂亮,而我的却显得十分业余。这本书里详细介绍了几个主流的可视化软件,从基础的散点图、柱状图,到更复杂的网络图、热图,甚至还有动态可视化工具,都给出了清晰的操作步骤和示例。我跟着书中的指引,很快就学会了如何利用这些软件制作出令人眼前一亮的图表,极大地提升了我论文的展示效果。

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在进行疾病基因定位的研究过程中,我经常需要处理大量的GWAS(全基因组关联研究)数据。之前,我主要依赖一些零散的脚本和工具,效率不高,而且容易出错。这本书中详细介绍了多款GWAS分析软件,并且对比了它们的优缺点,让我能够根据我的数据特点选择最合适的工具。我跟着书中的教程,利用PLINK和GCTA等软件,对我的GWAS数据进行了初步的分析,并且得到了非常有价值的结果。

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作为一名刚刚踏入生物信息学领域的研究生,我常常感到力不从心,面对海量的生物数据和层出不穷的分析工具,我感觉自己像置身于一片汪洋大海,不知所措。幸好,我发现了这本《生物软件选择与使用指南》。它就像一盏指路明灯,为我点亮了前行的道路。书中深入浅出地讲解了各种生物软件的原理、功能和适用范围,并且提供了大量的实例操作,让我能够快速掌握各种分析方法。我之前在进行基因表达差异分析时,总是在不同的软件之间摇摆不定,对结果的可信度也缺乏信心。

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我是一名微生物学家,对宏基因组学分析有着浓厚的兴趣。我之前一直在寻找一款能够高效处理宏基因组数据的软件,并且能够进行物种鉴定和功能预测。这本书中专门有一章介绍宏基因组学分析,推荐了MetaPhlAn、QIIME2等一系列强大的工具,并且提供了详细的使用教程。我跟着书中的指导,对我的样本进行了宏基因组数据分析,并且得到了丰富的信息,让我对微生物群落有了更深入的了解。

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通过介绍软件来介绍生物信息学的基础知识,比较通俗,是生物信息学的入门书籍。当然想学生物信息,光看这本书是不够的。

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基本款的书,写得比较简单,可以了解生物软件的轮廓,但如果某一句话正好解决了困扰你一段时间的难题,那就是非常有用的,哈哈。

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基本款的书,写得比较简单,可以了解生物软件的轮廓,但如果某一句话正好解决了困扰你一段时间的难题,那就是非常有用的,哈哈。

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基本款的书,写得比较简单,可以了解生物软件的轮廓,但如果某一句话正好解决了困扰你一段时间的难题,那就是非常有用的,哈哈。

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通过介绍软件来介绍生物信息学的基础知识,比较通俗,是生物信息学的入门书籍。当然想学生物信息,光看这本书是不够的。

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