Waves and Patterns in Chemical and Biological Media (Special Issues of Physica D)

Waves and Patterns in Chemical and Biological Media (Special Issues of Physica D) pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:The MIT Press
作者:Swinney, Harry L.; Krinsky, Valentin I.;
出品人:
页数:264
译者:
出版时间:1991-12-26
价格:USD 35.00
装帧:Paperback
isbn号码:9780262691505
丛书系列:The MIT Press Classics Series
图书标签:
  • 非线性动力学
  • 化学动力学
  • 生物物理学
  • 模式形成
  • 扩散动力学
  • 波传播
  • 反应扩散系统
  • 复杂系统
  • 自组织
  • 数学建模
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具体描述

These 28 contributions by leading researchers - from such diverse disciplines as chemistry, biology, physics, mathematics, and physiology - describe recent experiments, numerical simulations, and theoretical analyses of the formation of spatial patterns in chemical and biological systems.Chemical patterns have been systematically studied since the field was established by Alan Turing's landmark 1952 paper, "The chemical basis for morphogenesis," yet only recently have new experimental techniques and numerical analyses of reaction-diffusion equations opened the way to understanding stationary and traveling wave patterns.This collection summarizes the exciting developments in this rapidly growing field. It shows that some biological patterns have been found to be strikingly similar to patterns found in simple, well-controlled laboratory chemical systems, that new chemical reactor designs make it possible to sustain chemical patterns and to study transitions between different kinds of patterns, and that nearly 40 years after Turing's paper, the patterns predicted by Turing have finally been observed in laboratory experiments.Harry L. Swinney is Sid Richardson Foundation Regents Chair, Department of Physics, and Director of the Center for Nonlinear Dynamics at the University of Texas at Austin. Valentin I. Krinsky is Head of the Autowave Laboratory, Institute of Biological Physics, Academy of Sciences, Pushchino, USSR.Chapters cover: Spiral, Ring, and Scroll Patterns: Experiments. Spiral, Ring, and Scroll Patterns: Theory and Simulations. Fronts and Turing Patterns. Waves and Patterns in Biological Systems.

物质世界的涌动与结构:化学与生物介质中的波动与图案 一本深入探索复杂动态系统的权威著作 本书汇集了近年来在化学和生物系统中观察到的、与波动和图案形成密切相关的尖端研究成果。它不仅仅是对现有知识的简单罗列,更是一部旨在揭示这些复杂现象背后统一物理和数学原理的深度解析之作。我们将目光投向那些在看似均匀的介质中自发出现的宏观有序结构——从微观分子反应网络到宏观生物组织发育——探讨驱动这些复杂行为的根本机制。 第一部分:反应-扩散系统的基石与扩展 本部分奠定了理解化学和生物波动与图案形成的基础——反应-扩散方程。我们将从经典的FitzHugh-Nagumo模型和Turing模型出发,系统地梳理如何通过非线性化学反应与物质的扩散过程相结合,产生时空结构。 1. 经典图灵机制的深化:深入探讨了产生稳定空间图案(如斑点和条纹)所需的激活剂-抑制剂动力学条件。我们详细分析了参数空间中稳定性和不稳定性之间的临界点,并辅以详细的数学推导,阐明了快慢变量分离在理解这些系统中的关键作用。 2. 波动现象的起源与传播:重点分析了行波解(traveling waves)的性质,包括其速度的确定性以及波前加速或减速的物理根源。研究涵盖了单稳态系统和双稳态系统中的激发波和稳态波,并引入了波阵面(wavefront)动力学的几何光学方法来处理复杂的传播边界问题。 3. 扩散异质性的影响:超越了均匀介质的假设,本章考察了空间依赖性扩散系数对图案形成的影响。我们展示了非均匀扩散率如何导致图案的畸变、分裂甚至抑制,这在实际的生物组织(如受损的神经元网络或受限的细胞群体)中尤为重要。 第二部分:生物介质中的自组织现象 化学反应与生命过程的紧密耦合,使得生物系统成为波动与图案形成最丰富、最迷人的实验平台。本部分聚焦于细胞尺度和组织尺度上的生物自组织。 4. 细胞信号转导中的振荡与耦合:深入探讨了细胞内钙离子($ ext{Ca}^{2+}$)动态。我们分析了$ ext{IP}_3$介导的钙释放中的$ ext{Ca}^{2+}$振荡机制,包括其周期性和对外部刺激的响应。随后,我们将焦点转向细胞间的耦合,研究钙波如何跨细胞传播,形成大规模的同步活动,以及这种同步性在胚胎发育和神经元集群放电中的功能性意义。 5. 形态发生中的空间定位:本章聚焦于形态发生素(morphogen)梯度的建立和解读。详细分析了Birkhoff-Lewis模型和Fisher-Turing模型在解释诸如Hox基因调控区域边界的精确形成过程中的优缺点。重点阐述了梯度信息的精确解码如何通过基于激活和抑制的敏感性差异来实现,即使在存在分子噪声的情况下也能保持高精度。 6. 微观层面的细胞迁移与集群动力学:研究了细胞极性和牵引力如何驱动非平衡的物质输运,从而导致细胞群体在二维和三维基质中的集体迁移和图案化。我们利用活性物质理论(Active Matter Theory)的框架,将细胞视为具有内部驱动力的粒子,分析了细胞边界相互作用、黏附力以及细胞骨架重排如何共同决定群体运动的速度和形态稳定性。 第三部分:超越经典框架的复杂动力学 当系统复杂度增加,线性化的分析和简单的反应-扩散模型往往不足以捕捉全部的物理现实。本部分探索了更具挑战性的非平衡、非局部和噪声驱动的系统。 7. 非局部相互作用的效应:传统的反应-扩散模型假设相互作用是局域的(依赖于相邻点的浓度)。本章研究了非局部核(non-local kernel)对系统动力学的影响。例如,在某些免疫反应或长程信号分子扩散的系统中,非局部项可以稳定本应不稳定的图案,或者反过来,诱导出在局域模型中不可能出现的复杂多稳态行为。 8. 介质黏弹性和应力场的作用:在活体组织中,机械力与化学信号的交互是不可或缺的。我们考察了应力(stress)如何作为一种“虚拟反应物”参与到自组织过程中。特别关注了固-流体转变(solid-fluid transitions)与化学不稳定性之间的反馈回路,例如在伤口愈合过程中基质重塑与生长因子释放的协同作用。 9. 随机性和噪声在图案形成中的角色:现实世界的化学和生物过程受到分子热运动和有限体积效应的限制。本章分析了化学噪声(chemical noise)如何影响亚临界区域的图案形成,以及环境噪声如何通过随机共振机制(stochastic resonance)增强对微弱信号的响应。我们采用随机偏微分方程(SPDEs)的方法,评估了噪声对波速度和图案波长分布的影响。 第四部分:实验技术与模型验证 理论模型必须经受住精确实验数据的检验。本部分回顾了当前用于可视化和量化这些复杂时空动态的最先进技术。 10. 高分辨率时空成像技术:探讨了光片显微镜(Light-sheet microscopy)、多光子显微镜以及新型活体荧光探针在捕捉跨越数小时至数天尺度的三维波动行为中的应用。强调了如何从海量图像数据中提取出准确的扩散系数和反应速率参数。 11. 数据驱动的参数辨识:介绍了计算方法,如基于卡尔曼滤波和贝叶斯推断的方法,用于从受噪声污染的实验数据中反演出潜在的动力学方程。这包括如何识别出非线性的反应项结构,以及如何处理模型简化带来的误差。 本书的读者对象包括理论化学家、生物物理学家、应用数学家以及研究生和研究人员,他们对理解自然界中非平衡热力学驱动下的复杂结构如何涌现感兴趣。它提供了一个跨学科的视角,连接了抽象的数学框架与具体的物理观察,旨在激发对复杂动态系统更深层次的探索。

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读后感

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用户评价

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这本书的参考文献列表本身就是一座宝库。我注意到许多早期的、甚至有些已经“失传”的经典论文被清晰地引用和梳理,这显示出编撰者深厚的学术功底和对该领域历史脉络的清晰把握。很多时候,我们只知道一个理论的最终形式,却不了解它是如何一步步发展演变而来的。这本书通过精妙的引用网络,不仅展示了当前的研究热点,更勾勒出了一个完整的知识图谱,让读者能够追溯到每一个关键发现的源头。对于需要撰写综述或进行系统性文献回顾的学者来说,这本书提供的参考结构可以极大地节省时间和精力,它不是简单地罗列文献,而是将这些文献有机地编织进了对科学问题的阐述之中,使得阅读过程本身就成为了一次高效的学术溯源之旅。

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我尤其欣赏书中对实验结果展示的详尽程度。很多学术专著在描述实验现象时总是过于简略,让读者难以复现或深入探究。然而,这本书中对于一些标志性实验(比如Belousov-Zhabotinsky反应的螺旋波形成过程)的描述,细致到了试剂浓度梯度、温度控制甚至光学观测方法的程度。附带的那些插图和照片,质量高得惊人,很多细节即便放大来看也依然保持了极高的分辨率,这对于需要进行对比分析的同行来说简直是福音。更难得的是,作者们并没有回避实验中的“噪声”和“不完美性”,反而经常在脚注或正文中讨论实验条件微小变化如何导致完全不同的模式转变,这种坦诚的态度极大地增强了可信度。可以说,这本书不仅是理论的殿堂,更是一本高水平的实验操作指南的精粹汇编。

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对于非线性动力学初学者而言,这本书的入门门槛可能略高,但对于有一定基础、希望深入研究特定领域的专业人士来说,它的价值是无可估量的。它成功地平衡了深度与广度。在深入探讨了经典反应扩散模型的基础上,它还引入了最新的计算方法和数值模拟结果,这部分内容对于验证理论预测的有效性至关重要。例如,关于拓扑缺陷演化和湮灭的讨论,不仅引用了经典的Veselov的分析,还结合了最新的GPU加速模拟数据,让读者能直观地感受到这些抽象数学概念在真实物理世界中的动态表现。我个人觉得,这本书更像是为那些已经掌握了基本工具,正准备攀登学术高峰的研究生和青年学者准备的“进阶阶梯”,它提供的洞察力是教科书往往无法触及的“前沿视角”。

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从内容结构的角度来看,这本书的章节组织逻辑性极强,仿佛是精心编排的一部宏大交响乐。它并非简单地堆砌零散的论文集,而是通过一系列精心设计的过渡,将看似不相关的化学振荡、生物形态发生、以及流体力学中的非线性现象串联起来。初读时,我感觉自己被引领进入了一个由非线性动力学主导的奇妙世界。作者们似乎花了大量的篇幅来构建理论框架的统一性,例如在讨论斑点-反斑点系统时,如何巧妙地引入了与宏观流体不稳定性的相似数学描述。这种跨学科的视野令人耳目一新,它迫使你跳出单一学科的思维定式,去寻找潜藏在自然界所有复杂自组织现象背后的普适规律。阅读过程中,我时不时会停下来,沉思作者如何构建起从微观反应动力学到宏观空间图案演化的桥梁,这种思维上的挑战和满足感是阅读普通教材难以比拟的。

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这本书的装帧设计给我留下了非常深刻的印象。封面采用了深邃的蓝色调,隐约可见一些流动的、类似波纹的抽象图案,视觉效果既专业又引人入胜。纸张的质感相当不错,厚实且不易反光,即使在强光下阅读,眼睛也不会感到疲劳。装订工艺看起来非常扎实,我将它放在书架上,感觉它能经受住时间的考验。内页的排版布局清晰明了,大段的公式推导和实验数据图表都得到了很好的平衡,没有出现拥挤或难以辨认的情况。特别是那些复杂的数学模型,印刷得非常清晰锐利,这一点对于需要精读的科研人员来说至关重要。整体而言,这本书的实体制作水平无疑是顶级水准,体现了出版方对内容的尊重和对读者的负责态度。随便翻开任何一页,都能感受到这不仅仅是一本学术资料,更像是一件精美的工艺品,让人愿意长期保留和时常翻阅。

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