《社会主义市场经济理论体系创新研究》在总结社会主义市场经济的建设实践与社会主义市场经济理论创新实践的基础上，提炼出了社会主义市场经济学的理论框架与结构。《社会主义市场经济理论体系创新研究》共分三篇，第一篇的内容是社会主义市场经济体制的形成与建立，包含四个方面的内容，分四章进行介绍：第一章，市场经济的理论与体制，主要介绍了经济学的主要任务，资源配置的重要性，市场机制在市场经济中的作用；第二章，计划经济的理论与体制，主要介绍了计划经济体制形成的原因，计划经济体制的制度构成，计划经济在资源配置中的作用，计划经济体制存在的问题以及计划经济向市场经济转变的必然性；第三章，经济体制转轨，也可以称为经济体制改革，由于我国主要是从计划经济体制向市场经济体制转变，因此，可以认为是整个体制的变化，因而使用了经济体制转轨这一概念，根据制度变迁理论，在这一章里提出了转轨的必要性，制度变迁的模式，我国经济体制转轨所采取的方式，渐进式转轨的成功经验以及我国在经济体制转轨过程中的具体实践方式；第四章，社会主义市场经济的理论与体制，对于我们来说社会主义市场经济体制，是一个全新的概念，它既不同于西方的市场经济体制，也不同于我们传统的计划经济体制，因此，这一章对社会主义市场经济体制进行了理论创新与制度解构，构建了完善的社会主义市场经济体制。通过这一篇的学习，我们可以理解，市场经济体制具有哪些优越性，计划经济体制具有哪些弊端；如何实现由计划经济体制向市场经济体制转轨；经济体制转轨完成后，如何建立和完善社会主义市场经济体制，更好地发挥市场在资源配置中的作用，并最终实现资源的合理有效配置。第二篇的内容是社会主义市场经济体制的制度构成。根据党的十四届三中全会《关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》提出的社会主义市场经济体制框架的要求，在这一篇安排了五章的内容，分别是：第五章，社会主义市场经济体制下的所有制结构，需要指出的是，在《关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》中关于社会主义市场经济体制的框架要求是自主的市场主体，而我们安排社会主义所有制结构的内容有着特殊的情况，主要是因为，在社会主义条件下培育市场主体，既要考虑传统计划经济体制下的特殊情况，又要考虑培育市场主体的客观要求，只有二者兼顾才能培育出社会主义市场经济体制下的市场主体，因此，本章内容的安排，正是综合考虑了传统体制的历史影响与现代市场经济体制的要求，分析了如何在所有制结构的调整与优化过程中培育出社会主义市场经济体制所要求的市场主体；第六章，社会主义市场经济体制下的市场体系，完备的市场体系既是市场经济发挥资源配置基础作用的条件，也是体现市场配置资源有效性的保障，因而是建立和完善社会主义市场经济体制的重要基础；第七章，社会主义市场经济体制下的收入分配制度，安排这一章内容是由于虽然市场经济是效率型经济，但是对经济发展的评价既要考虑效率，也应注重公平，因此，我们应在效率优先的基础上，充分考虑公平在社会经济发展中的重要性与作用；第八章，社会主义市场经济体制下的社会保障制度，市场经济是竞争经济，竞争是公正的、平等的，但也更是无情的，市场的无情会影响到一些基本权益的保障，非公平性会阻碍市场效率的发挥，为此需要健全、完备的社会保障体系，以便使市场在资源配置中更好地发挥基础性地位与作用；第九章，社会主义市场经济体制下的政府经济职能与宏观调控，我们建立的社会主义市场经济体制，是由政府宏观调控的现代市场经济体制，由于市场机制在资源配置中存在一些缺陷与不足，因此，政府的宏观经济调控是很有必要的。第三篇的内容是社会主义市场经济体制下的科学发展观，这一篇共安排了四章的内容，分别是：第十章，农村经济改革与发展的理论与实践，我国是一个农业大国，有着约70％的农业人口，在农业和农村在为我国工业化建设作出重大贡献之后的今天，在农业和农村自主发展的同时，为体现公平的市场环境，我们有责任为农业和农村提供基本的机会；第十一章，经济增长与经济发展；第十二章，科学发展观与经济社会协调发展；第十三章，经济全球化与我国的对外开放。