第一部分入門
第1章Python shell
1.1本章知識點
1.2案例： 計算ATP水解的ΔG
1.2.1問題描述
1.2.2Python會話示例
1.3命令的含義
1.3.1如何在電腦上運行這個例子
1.3.2變量
1.3.3導入模塊
1.3.4計算
1.4示例
1.5自測題
第2章第一個Python程序
2.1本章知識點
2.2案例： 如何計算胰島素序列中的氨基酸頻率
2.2.1問題描述
2.2.2Python會話示例
2.3命令的含義
2.3.1如何執行程序
2.3.2程序如何工作
2.3.3注釋
2.3.4字符串變量
2.3.5用for進行循環
2.3.6縮進
2.3.7打印至屏幕
2.4示例
2.5自測題
第一部分小結
第二部分數 據 管 理
第3章分析數據列
3.1本章知識點
3.2案例： 樹突長度
3.2.1問題描述
3.2.2Python會話示例
3.3命令的含義
3.3.1讀取文本文件
3.3.2寫入文本文件
3.3.3將數據收入列錶
3.3.4將文本轉換為數字
3.3.5將數字轉換為文本
3.3.6將數據列寫入文本文件
3.3.7計算數值列錶
3.4示例
3.5自測題
第4章解析數據記錄
4.1本章知識點
4.2案例： 整閤質譜數據， 轉化到代謝通路中
4.2.1問題描述
4.2.2Python會話示例
4.3命令的含義
4.3.1if/elif/else語句
4.3.2列錶數據結構
4.3.3簡潔列錶創建方式
4.4示例
4.5自測題
第5章搜索數據
5.1本章知識點
5.2案例： 將RNA序列翻譯為相應的蛋白質序列
5.2.1問題描述
5.2.2Python會話示例
5.3命令的含義
5.3.1字典
5.3.2while語句
5.3.3用while循環搜索
5.3.4字典搜索
5.3.5列錶搜索
5.4示例
5.5自測題
第6章過濾數據
6.1本章知識點
6.2案例： 使用RNAseq輸齣數據
6.2.1問題描述
6.2.2Python會話示例
6.3命令的含義
6.3.1用簡單的for...if組閤過濾
6.3.2閤並兩個數據集
6.3.3兩組數據之間的差異
6.3.4從列錶、 字典和文件中刪除元素
6.3.5保持或不保持順序地刪除重復
6.3.6集閤
6.4示例
6.5自測題
第7章管理錶數據
7.1本章知識點
7.2案例： 確定蛋白濃度
7.2.1問題描述
7.2.2Python會話示例
7.3命令的含義
7.3.1二維錶的錶示方法
7.3.2訪問行和單元格
7.3.3插入和刪除行
7.3.4訪問列
7.3.5插入和刪除列
7.4示例
7.5自測題
第8章數據排序
8.1本章知識點
8.2案例： 數據錶排序
8.2.1問題描述
8.2.2Python會話示例
8.3命令的含義
8.3.1Python列錶有利於排序
8.3.2內置函數sorted()
8.3.3用itemgetter排序
8.3.4按升序/降序排序
8.3.5數據結構（元組、 字典）排序
8.3.6按長度對字符串排序
8.4示例
8.5自測題
第9章模式匹配和文本挖掘
9.1本章知識點
9.2案例： 在蛋白質序列中搜索磷酸化模體
9.2.1問題描述
9.2.2Python會話示例
9.3命令的含義
9.3.1編譯正則錶達式
9.3.2模式匹配
9.3.3分組
9.3.4修改字符串
9.4示例
9.5自測題
第二部分小結
第三部分模塊化編程
第10章將程序劃分為函數
10.1本章知識點
10.2案例： 處理三維坐標文件
10.2.1問題描述
10.2.2Python會話示例
10.3命令的含義
10.3.1如何定義和調用函數
10.3.2函數參數
10.3.3struct模塊
10.4示例
10.5自測題
第11章用類化繁為簡
11.1本章知識點
11.2案例： 孟德爾遺傳
11.2.1問題描述
11.2.2Python會話示例
11.3命令的含義
11.3.1用類創建實例
11.3.2類以屬性的形式包含數據
11.3.3類包含的方法
11.3.4__repr__方法可打印類和實例
11.3.5使用類有助於把握復雜程序
11.4示例
11.5自測題
第12章調試
12.1本章知識點
12.2案例： 程序無法運行時應該怎樣處理
12.2.1問題描述
12.2.2Python會話示例
12.3命令的含義
12.3.1語法錯誤
12.3.2運行時錯誤
12.3.3處理異常情況
12.3.4未報告齣錯信息
12.4示例
12.5自測題
第13章使用外部模塊： R語言的Python調用接口
13.1本章知識點
13.2案例： 從文件中讀取數據， 並通過Python使用R計算其平均值
13.2.1問題描述
13.2.2Python會話示例
13.3命令的含義
13.3.1rpy2和r實例的robjects對象
13.3.2從Python中讀取R對象
13.3.3創建嚮量
13.3.4創建矩陣
13.3.5將Python對象轉換成R對象
13.3.6如何處理包含點的函數參數
13.4示例
13.5自測題
第14章構建程序流程
14.1本章知識點
14.2案例： 構建NGS流程
14.2.1問題描述
14.2.2Python會話示例
14.3命令的含義
14.3.1如何使用TopHat和Cufflinks
14.3.2什麼是程序流程
14.3.3在程序中交換文件名和數據
14.3.4編寫程序包裝器
14.3.5關閉文件時的延遲
14.3.6使用命令行參數
14.3.7測試模塊： if__name__==＇__main__＇
14.3.8處理文件和路徑
14.4示例
14.5自測題
第15章編寫良好的程序
15.1本章知識點
15.2問題描述： 不確定性
15.2.1程序編寫存在不確定性
15.2.2程序項目實例
15.3軟件工程
15.3.1將編程項目分成小任務
15.3.2將程序分為函數和類
15.3.3編寫格式良好的代碼
15.3.4使用存儲庫控製程序版本
15.3.5如何將自己的程序分發給其他人
15.3.6軟件開發的周期
15.4示例
15.5自測題
第三部分小結
第四部分數據可視化
第16章創建科學圖錶
16.1本章知識點
16.2案例： 核糖體的核苷酸頻率
16.2.1問題描述
16.2.2Python會話示例
16.3命令的含義
16.3.1matplotlib庫
16.3.2繪製竪的柱狀圖
16.3.3為x軸和y軸添加標注
16.3.4添加刻度
16.3.5添加一個圖例框
16.3.6添加圖的標題
16.3.7設置圖錶的邊界
16.3.8以低分辨率和高分辨率導齣一個圖像文件
16.4示例
16.5自測題
第17章使用PyMOL創建分子圖像
17.1本章知識點
17.2示例： 鋅指
17.2.1什麼是PyMOL
17.2.2PyMOL會話示例
17.3用七個步驟來創建高分辨率的圖像
17.3.1創建一個PyMOL腳本文件
17.3.2加載和保存分子
17.3.3選取分子的局部
17.3.4為每個選取選擇展現形式
17.3.5設置顔色
17.3.6設置攝影位置
17.3.7導齣高分辨率圖像
17.4示例
17.5自測題
第18章處理圖像
18.1本章知識點
18.2案例： 畫一個質粒
18.2.1問題描述
18.2.2Python會話示例
18.3命令的含義
18.3.1創建一個圖像
18.3.2讀和寫圖像
18.3.3坐標
18.3.4繪製幾何形狀
18.3.5鏇轉圖像
18.3.6添加文本標記
18.3.7顔色
18.3.8輔助變量
18.4示例
18.5自測題
第四部分小結
第五部分Biopython
第19章使用序列數據
19.1本章知識點
19.2案例： 如何將一條DNA編碼序列翻譯成對應的蛋白質序列， 並把它寫入
FASTA文件
19.2.1問題描述
19.2.2Python會話示例
19.3命令的含義
19.3.1Seq對象
19.3.2把序列當成字符串工作
19.3.3MutableSeq對象
19.3.4SeqRecord對象
19.3.5SeqIO模塊
19.4示例
19.5自測題
第20章從網絡資源中檢索數據
20.1本章知識點
20.2案例： 在PubMed中用關鍵詞搜索文獻， 下載並解析對應的記錄
20.2.1問題描述
20.2.2Python會話示例
20.3命令的含義
20.3.1Entrez模塊
20.3.2Medline模塊
20.4示例
20.5自測題
第21章使用三維結構數據
21.1本章知識點
21.2案例： 從PDB文件中提取原子名及其三維坐標
21.2.1問題描述
21.2.2Python會話示例
21.3命令的含義
21.3.1Bio.PDB模塊
21.3.2SMCRA結構層次
21.4示例
21.5自測題
第五部分小結
第六部分編 程 秘 笈
編程秘笈1: PyCogent庫
編程秘笈2： 反嚮互補和隨機化序列
編程秘笈3： 用概率創建隨機序列
編程秘笈4： 用Biopython解析多序列聯配
編程秘笈5： 從多序列聯配中計算共有序列
編程秘笈6： 計算係統發生樹的節點間的距離
編程秘笈7： 核苷酸序列的密碼子頻率
編程秘笈8： 解析Vienna格式的RNA二級結構
編程秘笈9： 解析BLAST的XML輸齣
編程秘笈10： 解析SBML文件
編程秘笈11： 運行BLAST
編程秘笈12： 訪問、 下載和讀取網頁
編程秘笈13： 解析HTML文件
編程秘笈14： 將PDB文件分割成PDB鏈文件
編程秘笈15： 在PDB結構上找到兩個最靠近的Cα原子
編程秘笈16： 提取兩個PDB鏈間的界麵
編程秘笈17： 用Modeller建立同源模型
編程秘笈18： 用ModeRNA分析RNA三維同源模型
編程秘笈19: 從三級結構計算RNA堿基配對
編程秘笈20： 結構重疊的真實實例： 絲氨酸蛋白酶催化三分子
附錄
附錄A命令概覽
附錄BPython資源
附錄C記錄樣闆
附錄D處理目錄和用UNIX編程
· · · · · · (收起)