總目錄第一冊總目錄總敘?第一輯?強化中央權威?加強主權管理提要《欽定大清會典》理藩院文獻輯錄《欽定大清會典》治疆文獻輯錄（一）《欽定大清會典理藩院事例》治疆文獻輯錄(一）第二冊《欽定大清會典》治疆文獻輯錄（二）《欽定大清會典理藩院事例》治疆文獻輯錄（二）《欽定大清會典事例》治疆文獻輯錄《欽定大清會圖》治疆文獻輯錄第三冊乾隆新疆詩文選《（乾隆）禦製詩文集》新疆詩文選《新疆圖誌》乾隆新疆詩文選第四冊第二輯?維護國傢統一，反對民族分裂提要《皇朝武功紀盛》新疆文獻輯錄（清）趙翼撰《新疆圖誌》·武功?（清）王樹楠曾少魯總纂（雍正）兩徵厄魯特記（清）魏源撰（乾隆）蕩平準部記（清）魏源撰（乾隆）勘定迴疆記（清）魏源撰（乾隆）綏服西屬國記（清）魏源撰（乾隆）新疆後事記（清）魏源撰（道光）重定迴疆記（清）魏源撰（道光）迴疆善後記（清）魏源撰哈薩剋內屬記略（清）何鞦濤撰迴部要略（清）祁韻士撰厄魯特要略（一）（清）祁韻士撰
第五冊厄魯特要略（二）第三輯?依法治疆，“從俗從宜”製定法律法規提要濛古律例附濛古衛拉特法典第六冊迴疆則例新疆條例說略（清）吳翼光撰第七冊第四輯實行軍府製，設伊犁將軍統管全疆提要西陲總統事略（一）(清)祁韻士撰第八冊西陲總統事略（二）(清)汪廷楷祁韻士撰西陲要略（清）汪廷楷祁韻士撰總統伊犁事宜（清）永保撰伊江匯覽（清）琫額撰伊江集載（清）佚名撰第九冊第五輯?建立健全職官製度，加強各級政權建設提要《清史稿》新疆職官文獻輯錄《清朝通誌》新疆職官文獻輯錄《清朝文獻通考》新疆職官文獻輯錄《清朝續文獻通考》新疆職官文獻輯錄《新疆圖誌》新疆職官文獻輯錄（清）王樹楠曾少魯總纂附清朝新疆名宦
第十冊第六輯?因俗因地製宜，設官分治民族事務提要《新疆圖誌》建置、民政、藩屬史料輯要（清）王樹楠曾少魯總纂?《新疆圖誌》建置史料輯錄?《新疆圖誌》民政史料輯錄?《新疆圖誌》藩屬史料輯錄第十一冊新疆建置誌（清）宋魯伯撰新疆郡縣建置（清）吳廷燮撰《清史稿》新疆地理誌文獻輯錄新疆迴部紀略（清）慕暲撰第十二冊迴疆通誌（清）和寜撰喀什噶爾總鎮事宜（清）珠剋登撰第十三冊新疆迴部誌（清）永貴、蘇爾德撰喀什噶爾事宜（清）佚名撰科布多政務冊（清）富俊撰附：烏裏雅蘇颱誌略（清）佚名撰第十四冊塔爾巴哈颱事宜（清）永保撰附烏什事宜（清）佚名撰哈密誌吐魯番鄉土誌
第十五冊第七輯?派駐重兵，嚴守國門，鞏固和加強邊防，維護國傢主權與領土完整齣版說明《清朝通誌》新疆兵製文獻輯錄《清朝文獻通考》新疆兵製文獻輯錄《清朝續文獻通考》新疆兵製文獻輯錄《新疆圖誌》新疆兵製文獻輯錄守邊輯要（清）璧昌撰附錄?沙俄侵我新疆，簽不平等條約提要西疆交涉誌要（清）鍾鏞撰第十六冊《新疆圖誌》有關國界和對外交涉事宜史料輯錄南疆勘界日記圖說（清）沙剋都林劄布撰第十七冊中俄界約斠注（清）錢恂撰清代新疆與沙俄劃界的曆史考察（民國）謝彬著附中俄條界條約十八種（一）中俄伊犁塔爾巴哈颱通商章程（伊塔通商章程）44
中俄續增條約並烏蘇裏河東界約40中俄陸路通商章程暨續增稅則30中俄勘分西北界約記52第十八冊附中俄條界條約十八種（二）
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