基于WWW的生物信息学应用指南

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页数:325
译者:
出版时间:2004-4
价格:35.00元
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isbn号码:9787810618434
丛书系列:
图书标签:
  • 生物信息学
  • WWW应用
  • 指南
  • 生物学
  • 计算机科学
  • 网络技术
  • 数据分析
  • 数据库
  • 软件工具
  • 应用开发
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具体描述

《现代生物技术研究与实践:数据驱动的生命探索》 本书旨在为生物技术领域的科研人员、技术开发人员以及对前沿生命科学感兴趣的读者提供一个全面而深入的视角,聚焦于如何利用现代信息技术手段,特别是数据分析和计算方法,来推动生物学研究的边界,并将其转化为实际应用。我们将深入探讨一系列关键技术和方法,涵盖从分子生物学到系统生物学的广阔领域,并重点关注如何通过高效的数据处理和分析来解决复杂的生物学问题。 内容概述: 第一部分:现代生物学研究的计算基石 基因组学与生物信息学前沿: 下一代测序(NGS)技术及其数据分析: 详细介绍NGS技术的原理、不同平台的特点以及产生的大量数据如何进行质量控制、比对、组装和变异检测。我们将深入探讨基因组组装的策略,包括de novo组装和重测序,以及如何识别单核苷酸多态性(SNPs)、插入/缺失(Indels)和结构变异(SVs)。 转录组学: 阐述RNA测序(RNA-Seq)技术在基因表达分析中的核心作用,包括差异表达基因的鉴定、转录调控网络的构建以及非编码RNA的研究。我们将重点介绍用于RNA-Seq数据分析的常用工具和算法,以及如何解读转录组数据以揭示细胞功能和信号通路。 表观遗传组学: 涵盖DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质可及性等表观遗传调控机制的研究方法,以及如何利用ChIP-Seq、Bisulfite-Seq等技术分析这些数据。我们将讨论表观遗传标记与基因表达、疾病发生之间的关联。 蛋白质组学与代谢组学: 介绍质谱技术在蛋白质鉴定、定量和功能研究中的应用,以及代谢组学在分析细胞内代谢物组成和变化方面的价值。我们将探讨如何整合蛋白质组学和代谢组学数据以更全面地理解细胞活动。 生物数据管理与数据库: 通用核酸与蛋白质序列数据库: 深入介绍GenBank、EBI、NCBI等主要的核酸序列数据库,以及UniProt、PDB等蛋白质数据库的结构、内容和检索技巧。 特定领域数据库: 涵盖基因表达数据库(如GEO, ArrayExpress)、疾病数据库(如OMIM, ClinVar)、通路数据库(如KEGG, Reactome)以及生物分子相互作用数据库(如STRING, BioGRID)等,并讲解如何有效利用这些资源进行信息查询和整合。 数据标准化与互操作性: 讨论在生物信息学研究中数据标准化的重要性,以及如何实现不同数据库和工具之间的数据交换与共享。 第二部分:计算工具与数据分析策略 常用生物信息学工具箱: 命令行工具与脚本: 介绍Linux/Unix操作系统在生物信息学分析中的优势,以及awk, sed, grep等基础文本处理工具的实用技巧。 可视化工具: 讲解如何使用Genome Browser, IGV, Circos等工具进行基因组数据的可视化,以及Matplotlib, ggplot2等用于绘制生物学相关图表的库。 统计分析与机器学习: 介绍R, Python等编程语言在生物数据统计分析和机器学习模型构建中的应用,包括回归分析、分类、聚类以及深度学习在生物学问题中的前沿应用。 核心分析流程与案例研究: 基因功能注释与通路富集分析: 详细介绍如何通过GO、KEGG等工具对基因进行功能预测和分类,并分析特定基因集在生物学通路中的富集情况。 生物分子网络构建与分析: 探讨如何构建蛋白质-蛋白质相互作用网络、基因调控网络等,并利用网络分析算法来识别关键节点和模块。 比较基因组学: 介绍同源基因搜索、基因家族分析、物种间基因组比较以及进化树构建等方法。 群体遗传学分析: 涵盖群体基因组学数据的分析,包括群体分化、遗传漂变、自然选择和群体结构推断。 第三部分:现代生物技术在实际应用中的挑战与机遇 疾病诊断与治疗: 癌症基因组学: 探讨如何利用基因组和转录组数据来识别癌症驱动基因、预测治疗反应以及开发靶向疗法。 个性化医疗: 分析个体基因组信息如何指导临床用药和疾病风险评估。 微生物组学: 介绍人类微生物组的研究进展及其与健康、疾病的关系,以及如何利用测序技术分析微生物群落。 农业生物技术与环境保护: 作物改良: 探讨基因组学和分子标记辅助育种在提高作物产量、抗病性和营养价值方面的应用。 环境监测与生物修复: 介绍如何利用宏基因组学等技术研究环境微生物群落,以及其在污染治理中的应用。 合成生物学与生物工程: 基因编辑技术(CRISPR-Cas9): 深入讲解基因编辑技术的原理、应用及其在基因功能研究和生物制造中的潜力。 设计与构建生物系统: 介绍如何利用计算工具设计和构建新的生物部件、设备和系统,以实现特定功能。 本书将通过丰富的案例分析和实践指导,帮助读者掌握将计算思维和技术方法应用于解决复杂的生物学问题。我们鼓励读者积极探索新兴技术,并将其转化为推动生命科学进步的强大动力。

作者简介

目录信息

读后感

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用户评价

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这本书给我最深刻的感受是,它不仅仅是一本技术指南,更像是一次关于“互联网+生物学”的奇妙旅程。我之前对生物信息学领域的了解,大多停留在一些学术报告或者科普文章的片段,总觉得它是一个高度专业化的学科,离普通人的生活很遥远。但是,《基于WWW的生物信息学应用指南》这本书,通过将互联网这个我们日常生活中不可或缺的一部分,作为探索生物信息学的平台,极大地拉近了我和这个领域的距离。 我尤其欣赏书中对于各种在线工具的介绍,它们操作界面友好,而且大部分是免费提供给科研人员和学生使用的。我曾尝试按照书中的指示,去利用一些主流的生物信息学网站进行数据分析,比如,查询某个疾病相关的基因表达谱,或者分析某个蛋白质的二级结构。在这个过程中,我发现自己不仅学会了如何使用这些工具,更重要的是,我开始理解了这些工具背后所蕴含的生物学原理。例如,在学习如何进行基因序列比对时,我理解了同源性搜索在生物学研究中的重要性,也看到了不同物种之间基因的相似性如何反映它们的进化关系。

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这本书就像是一扇窗,让我得以窥见生物信息学这片浩瀚海洋的广阔前景,并通过 WWW 这个我们日常生活中最熟悉的媒介,以一种前所未有的直观和易懂的方式进行探索。在阅读之前,我对于生物信息学仅仅停留在一些模糊的概念,比如基因测序、蛋白质结构预测之类,感觉它们距离我的实际工作和学习非常遥远。然而,《基于WWW的生物信息学应用指南》这本书巧妙地将这些看似高深的知识与互联网应用紧密结合,让原本枯燥的理论变得生动有趣,也让那些对生物学和计算机科学都有一定基础,但又想跨界学习的人,找到了一个绝佳的切入点。 书中最让我印象深刻的是它对于各种在线生物信息学数据库和工具的详细介绍。我原以为这些工具的使用门槛会很高,需要深厚的编程功底或者复杂的命令行操作,但作者通过大量的实例分析和图文并茂的讲解,让我一步步学会了如何利用这些资源来解决实际的生物学问题。比如,我曾经对某个特定基因的功能感到好奇,但苦于不知道从何下手。通过书中介绍的NCBI、EBI等主流数据库,我不仅学会了如何检索和下载基因序列,还了解到如何利用BLAST等比对工具来查找同源序列,甚至进一步分析其潜在的生物学功能。这种“授人以渔”的教学方式,让我觉得这本书不仅仅是在传授知识,更是在培养一种独立解决问题的能力,这对于未来的科研或者工作来说,无疑是弥足珍贵的。

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这本书就像是一本“生物信息学互联网应用实操手册”,它彻底颠覆了我之前对生物信息学学习的认知。我一直认为,生物信息学是一门与代码、算法紧密相关的学科,学习起来需要扎实的计算机科学基础。然而,《基于WWW的生物信息学应用指南》这本书,却巧妙地将WWW这个我们日常生活中最熟悉的平台,作为探索生物信息学应用的核心。它让我意识到,原来我们每天使用的互联网,竟然蕴含着如此强大的生物学研究潜力。 书中对于各种在线数据库和分析工具的介绍,是我最看重的一部分。作者用非常清晰、易懂的语言,结合大量的实例,一步步地教我如何利用这些Web资源来解决实际的生物学问题。比如,我曾尝试着按照书中的指引,去NCBI网站上查找某个基因的详细信息,并学习如何利用BLAST工具进行序列比对,以了解其同源性。这种“跟着做”的学习过程,让我觉得非常受用,也极大地提升了我对生物信息学应用的信心。

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从一个完全没有接触过生物信息学领域的普通读者角度来说,《基于WWW的生物信息学应用指南》这本书的出现,简直像是在茫茫知识海洋中的一座灯塔,指引了我前行的方向。我之前对生物学领域虽然有浓厚的兴趣,但总觉得那些庞杂的基因组数据、复杂的分子相互作用网络,是遥不可及的科学前沿,与我的日常生活相去甚远。然而,这本书将“WWW”这个我们最熟悉的网络工具与生物信息学这样看似专业的领域巧妙地连接起来,让我发现,原来我们每天使用的互联网,竟然蕴含着如此强大的生物学研究潜力。 书中对于各种在线数据库和分析工具的介绍,我尤其觉得受益匪浅。作者用一种非常平实易懂的语言,结合生动的案例,为我一一揭示了如何利用这些网络资源来探究生命的奥秘。例如,当我对某种疾病的基因背景感到困惑时,通过书中介绍的NCBI基因数据库,我能够轻松地查找相关基因的信息,了解其在人体内的功能;通过PDB数据库,我还能直观地看到蛋白质的三维结构,理解它如何与靶点分子结合,从而产生特定的生物学效应。这些原本听起来高深莫测的概念,在作者的引导下,变得触手可及,仿佛我也可以成为一名“数字生物学家”,通过网络的力量来解读生命的密码。

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作为一名对生命科学抱有浓厚兴趣,但缺乏专业背景的读者,《基于WWW的生物信息学应用指南》这本书,对我来说,无疑打开了一扇全新的大门。我之前总是觉得生物信息学是一个非常高深且技术门槛很高的领域,需要掌握复杂的编程语言和统计学知识,这让我有些望而却步。然而,这本书以WWW作为切入点,将生物信息学的应用变得简单易懂,让我看到了通过互联网平台,也能深入了解和应用生物信息学的可能性。 书中详细介绍了各种在线生物信息学资源的使用方法,并且提供了大量的案例分析,让我能够一步步地学习如何去操作。我尝试着按照书中的指引,去访问那些著名的生物信息学数据库,比如NCBI、EMBL-EBI等,并学习如何进行基因序列的检索、比对,以及蛋白质结构的查询和分析。这些实践性的操作,让我对生物信息学有了更直观的认识,也让我体会到了通过互联网进行科学研究的乐趣。

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《基于WWW的生物信息学应用指南》这本书,简直就是为我量身定做的。我一直对生物学领域怀有浓厚的兴趣,但苦于自身编程和统计学基础的薄弱,难以深入接触到生物信息学这个前沿领域。然而,这本书巧妙地将“WWW”这个我们再熟悉不过的工具,作为学习生物信息学的切入点,让我看到了另一条学习路径。它告诉我,即使没有深厚的编程功底,我们依然可以通过网络上的各种便捷工具,来探索生命的奥秘。 书中最令我印象深刻的是,作者非常细致地介绍了各种在线生物信息学资源的使用方法,并且提供了大量的实例操作。我曾尝试着按照书中提供的链接,去访问一些著名的生物信息学数据库,比如NCBI的GenBank,以及EMBL-EBI的UniProt。通过书中的讲解,我学会了如何有效地进行关键词搜索,如何解读数据库返回的海量信息,甚至如何下载基因序列数据,并利用在线工具进行简单的分析。这种“跟着做”的学习方式,让我觉得非常亲切和有效,仿佛身边就有一位经验丰富的老师在指导我。

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阅读《基于WWW的生物信息学应用指南》,我仿佛获得了一把解锁生命科学秘密的钥匙,而这把钥匙就握在我们每天都在使用的互联网之中。过去,提起生物信息学,我脑海中浮现的是复杂的代码、庞大的数据库和难以理解的算法,感觉是一个只属于科研专家的小众领域。但是,这本书以一种极其友好的姿态,将生物信息学与WWW这个我们最熟悉的平台相结合,让我看到了普通人也能通过网络的力量,参与到生命科学的研究和探索中来。 书中最令我赞叹的是,它没有仅仅停留在理论的介绍,而是通过大量的实例,引导读者实际操作。比如,书中对于如何利用在线的基因数据库来查找特定基因的功能,如何利用蛋白质结构数据库来可视化蛋白质的三维结构,都进行了非常细致的讲解。我跟着书中的步骤,尝试着去搜索我感兴趣的基因,并学习如何解读其功能注释信息,甚至尝试着去下载相关的蛋白质文件,并在PyMOL等在线工具中进行观察。这些实践性的学习过程,让我对生物信息学有了更直观、更深刻的理解,也让我体验到了通过互联网解决生物学问题的乐趣。

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这本书的出现,让生物信息学这个曾经遥不可及的领域,变得触手可及。我一直认为,要学习生物信息学,必须精通编程,理解复杂的算法,这让我望而却步。然而,《基于WWW的生物信息学应用指南》这本书,却以一种全新的视角,将WWW这个我们每天都在使用的平台,作为学习生物信息学的桥梁。它让我发现,原来我们可以通过网络,就能够进行如此多样的生物信息学分析。 书中对于各种在线工具和数据库的介绍,简直就是一本“生物信息学应用宝典”。我尝试着按照书中的指引,去访问那些提到的网站,比如NCBI、EBI等,并学习如何使用它们来查找基因信息、蛋白质结构,甚至进行序列比对。我尤其对书中关于如何利用在线可视化工具来展示生物数据的部分印象深刻,比如,如何使用在线的蛋白质结构可视化工具来观察蛋白质的三维形状,这让我对抽象的分子结构有了更直观的认识。这种“寓教于乐”的学习方式,极大地激发了我对生物信息学的学习兴趣。

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这本书给我的第一印象是,它真的将“应用”二字做到了极致。我之前接触过一些生物信息学的入门书籍,大多侧重于理论的讲解,对于如何将这些理论转化为实际的分析工具和应用场景,介绍得相对较少,以至于我学完后仍然不知道该如何上手。然而,《基于WWW的生物信息学应用指南》则完全不同,它以WWW为媒介,将生物信息学的核心内容,通过一系列的在线资源和工具,以一种非常实用和直观的方式呈现出来。 我特别喜欢书中关于如何利用各种公共数据库进行数据检索和分析的部分。例如,书中详细介绍了NCBI、EBI等主流生物信息学数据库的功能和使用方法,并提供了具体的案例,教我们如何查找基因序列、蛋白质信息,甚至是比较基因组的差异。我尝试着按照书中的指引,去查询一些我感兴趣的基因,学习如何理解这些数据库返回的结果,并从中提取有用的信息。这种“动手实践”的学习方式,让我觉得非常受用,也极大地增强了我对生物信息学应用的信心。

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这本书的封面设计简洁而专业,但真正吸引我的是它所承诺的“基于WWW”的学习路径,这对于我这种长期以来依赖互联网获取信息的人来说,有着天然的吸引力。我一直认为,生物信息学虽然在科学研究中扮演着越来越重要的角色,但其学习门槛相对较高,很多时候需要专业的软件和技术支持。然而,《基于WWW的生物信息学应用指南》这本书却打破了我的这种固有观念,它通过Web浏览器这个最普及的工具,将生物信息学的应用场景展现在我的面前,让我领略到了互联网在生命科学领域的神奇力量。 书中对于各种在线生物信息学资源的介绍,简直就是一本“数字生物学家”的工具手册。我尝试着按照书中的步骤,去访问那些提到的数据库和分析平台,惊喜地发现,原来如此复杂的生物学数据,竟然可以通过如此便捷的方式进行检索、分析和可视化。比如,书中详细介绍了如何利用Ensembl数据库来查询基因组信息,如何使用MEGA X这样的在线工具来构建系统发育树。我之前对这种树状结构只是有概念性的理解,但通过书中的操作指导,我能够亲手构建一棵属于自己的系统发育树,去探索不同物种之间的进化关系,这种成就感是难以言喻的。

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