具体描述
内容提要
本书系统地介绍了近一二十年来在数量遗传学领域的一些
新发展,尤其是混合线性模型的统计分析方法和广义遗传模型
的建模原理。所介绍的统计分析方法包括ANOVA法、ML和
REML法、MINQUE法,但是侧重于MINQUE方法的阐述。详
细地介绍了方差和协方差估算、遗传效应值预测的一些新的统
计方法。所介绍的遗传模型,不但包括常用的加性-显性模型和
上位性遗传模型,还包括了最近几年创立的动物性连锁模型和
种子遗传模型。在附录中介绍了各种遗传分析软件的使用方法。
本书所介绍的这些新遗传模型和分析方法,全然不同于国内外
数量遗传学专著所介绍的那些传统内容。
本书可作为遗传育种及数量遗传研究方向的硕士生和博士
生课程教材,也可供统计学、遗传学、数量遗传学以及遗传育
种的教学和科研工作者参考。
作者简介
朱军1949年5月生于上海。1976年
毕业于安徽农学院农学系,后在安徽省蒙城县
楚村区农技站从事农业技术推广和作物育种
工作。1982年在浙江农业大学农学系获作物遗
传育种硕士学位,毕业后留校任教。1986年赴
美国密西西比州立大学农学系攻读农学博士
学位,1987年转至美国北卡罗来纳州立大学统
计系,1989年6月获统计学和遗传学博士学
位。被美国荣誉学术组织ΦKΦ学会接收为会
员。攻读博士学位及做博士后研究期间,在应
用混合线性模型和蒙特卡罗模拟方法、发展数
量性状遗传模型、估算遗传方差方面做了大量
的理论研究工作。
1990年回国以后,在浙江农业大学农学系
从事数量遗传的教学和科研工作,现任教授、
博士生导师。已指导5名硕士生和4名博士生,
为硕士生和博士生新开设了3门学位课程。主
持了国家自然科学基金项目和国家教委跨世
纪优秀人才专项基金等5项科研项目,已发表
论文20余篇。所提出的一些新遗传模型和新统
计方法在国际上属首创,并研制开发了相应的
计算机软件,推动了数量遗传学发展。
目录信息
出版者的话
序一
序二
前言
第1章 数量性状的特征和统计
分析原理
第2章 近交系数和共同祖先系数
2.1亲缘关系的度量
2.2近交系数的计算
2.3遗传协方差的计算
第3章 广义遗传模型
3.1Cockerham的广义遗传模型
3.2分析种子性状的广义遗传模型
3.3.包括基因型与环境互作效应的
广义遗传模型
第4章 遗传模型的常用统计分析
方法
4.1遗传方差和协方差估算
1.ANOVA法
2.ML或REML法
3.MINQUE法
4.2基因效应分析
1.最小二乘估计法
2.线性无偏预测法
4.3几种蒙特卡罗模拟分析方法的效益
比较
1.方差分量估算效益的比较
2.遗传效应预测效益的比较
第5章 加性-显性遗传模型分析
5.1简单加性显性遗传模型
1.巢式交配设计的遗传分析方法
2.析因交配设计的遗传分析方法
3.双列杂交设计的遗传分析方法
5.2加性显性及与环境互作的遗传模型
1.巢式交配设计的遗传分析方法
2.析因交配设计的遗传分析方法
3.双列杂交设计的遗传分析方法
第6章 加性-显性-上位性遗传模型
分析
6.1简单加性-显性-上位性遗传模型
6.2加性显性-上位性及与环境互作的
遗传模型
第7章 包括母体效应的遗传模型分析
7.1加性-显性母体效应遗传模型
1.Griffing的双列杂交模型
2.Cockerham和Wei的生物模型(Bio-model)
3.两个遗传模型的蒙特卡罗模拟比较
4.加性显性-母体效应遗传模型(ADM模
型)
7.2包括性连锁效应和母体效应的动物模
型
1.ADLM模型
2.ADLAmDm模型
第8章 包括细胞质和母体效应的
遗传模型分析
8.1植物种子和动物幼畜的遗传模型
8.2二倍体胚和三倍体胚乳的种子遗传模
型
第9章 发育性状的遗传分析
9.1发育性状的净遗传效应及条件方差分
量
9.2发育性状的遗传分析方法
9.3发育性状的分析实例
第10章 杂种优势的遗传分析
10.1作物农艺性状的杂种优势分析
1.加性-显性遗传模型的分析方法
2.加性显性及环境互作的遗传模型分析方法
10.2种子品质性状的杂种优势分析
第11章 遗传率和遗传相关在育种上
的应用
11.1遗传率和选择响应
11.2遗传相关和间接选择
第12章 多年份、多试点品种区域试验
的分析方法
12.1单一性状的分析方法
12.2综合性状的分析方法
附录A 矩阵运算的原理和方法
A1矩阵的简单运算
A2线性独立性和矩阵的秩
A3矩阵求逆和广义逆矩阵
A4随机向量和矩阵
A5二次型的分布
附录B 数量遗传的统计分析软件
B1双列杂交和杂种优势的遗传分析软件
B2种子性状的遗传分析软件
B3发育数量性状的遗传分析软件
B4多年份 多试点品种区域试验的
统计分析软件
参考文献
· · · · · · (收起)
读后感
用户评价
这本书,说实话,拿到手的时候,我并没有抱太高的期望。市面上的“方法论”书籍汗牛充栋,大多是故作高深,或者把简单的东西复杂化,读完之后感觉收获甚微。但是,《遗传模型分析方法》这本书,却给了我一个不小的惊喜。它开篇并没有直接跳入那些晦涩难懂的数学公式,而是从一个非常宏观的角度,勾勒出了现代生物学研究中数据分析的整体框架。我特别欣赏作者那种娓娓道来的叙事方式,仿佛一位经验丰富的前辈,耐心地为你铺陈出一条清晰的求索之路。书中对实验设计和数据收集环节的重视程度,远超出了我以往阅读的许多同类书籍。很多时候,我们过于沉迷于复杂的模型构建,却忽略了“垃圾进,垃圾出”的基本原则。这本书恰恰强调了,一个好的模型源于扎实的实验基础和清晰的科学问题界定。它用大量的实际案例——从经典的孟德尔遗传学到更前沿的群体遗传学——来阐释理论,而不是空泛地堆砌概念,这让那些原本抽象的统计学概念变得触手可及,极大地降低了初学者的入门门槛。我用了整整一个周末才粗略读完前三章,但每读一页都感觉自己的知识边界在被拓宽,这种充实感,在近期的阅读体验中是相当难得的。
坦白讲,这本书的排版和图示处理,可以说是教科书级别的典范。在许多专业书籍中,图表往往是应付了事,数据可视化成了可有可无的装饰品,但这本《遗传模型分析方法》完全反其道而行之。每一张图表,无论是示意图还是复杂的拟合曲线,都经过了精心的设计,目的性极强,绝无冗余信息。我翻到关于贝叶斯推断的章节时,原本感到一阵眩晕,因为这部分内容本身就极其抽象。然而,作者通过一系列巧妙的图形化展示,将先验信息如何逐步被观测数据修正,直至形成后验分布的过程,清晰地呈现在眼前。那种感觉就像是透过一个高倍显微镜,清晰地看到了概率分布的动态演化。这种对细节的关注,体现了作者对读者学习体验的尊重。它使得那些本应是高难度的统计推断,在视觉上得到了极大的简化和消化,大大减少了读者在理解复杂数学逻辑时产生的认知负荷。可以说,这本书在形式和内容上都达到了高度的统一,是少有的能兼顾学术深度与可读性的著作。
从实用角度来看,这本书对于软件和计算工具的介绍,处理得非常成熟和平衡。它没有陷入特定软件版本的陷阱,而是聚焦于背后的算法思想。作者清楚地知道,工具会更新换代,但底层的数学原理和分析逻辑是永恒的。书中对R语言(或其他主流统计软件)中实现某些高级模型(例如层次模型或混合效应模型)时的通用逻辑进行了深入剖析,而不是仅仅罗列一堆代码片段。这种“授人以渔”的教学策略,让我能够将书中学到的理论知识,快速迁移到我正在进行的项目中,即便项目所使用的数据结构或模型参数与书中的示例略有不同。更难得的是,作者还专门开辟了一章,讨论了在计算资源有限或数据维度过高时,如何进行高效的数值优化和近似推断。这使得这本书既能满足理论研究者的需求,又能为实际操作中遇到性能瓶颈的分析人员提供及时的指导,其覆盖的广度和深度,在同类参考书中是极为罕见的。
这本书的叙述风格,我个人觉得非常“硬核”,但这种硬核并非让人望而却步的枯燥,而是一种深入骨髓的严谨和逻辑自洽。它似乎默认读者已经具备了一定的生物学基础,因此在一些基础概念的解释上采取了“点到为止”的策略,然后迅速将重点转移到分析工具和模型选择的权衡艺术上。我尤其对其中关于“模型选择中的偏差-方差权衡”那部分的论述印象深刻。作者没有简单地给出某个模型优于另一个模型的结论,而是详细分析了在不同数据规模、不同生物学假设下,每种模型所固有的系统性误差来源。这迫使我不得不停下来,反思自己过去在分析数据时,是不是过于迷信“最新”的模型,而忽略了模型适用性的本质问题。阅读这本书的过程,与其说是在学习知识,不如说是在进行一场高强度的思维体操训练。它要求读者必须保持高度的批判性思维,不断质疑前提,验证假设。对于那些希望从“数据使用者”跃升为“数据解释者”的研究人员来说,这本书提供了必要的工具箱和使用说明书,教会我们如何真正掌控数据背后的科学含义,而不是被数字牵着鼻子走。
这本书最让我感到受益匪浅的,是它对于“假设检验的哲学反思”这一块的论述。在很多实证科学中,我们习惯于将P值视为真理的判决书,但这本书却用一种近乎哲学的笔触,探讨了零假设的设定本身就包含的局限性。作者通过一系列历史上的经典争论案例,展示了科学进步往往并非是简单地“拒绝”旧模型,而是“构建”一个更能解释现有观测现象的新框架。这种对科学史和方法论的交叉探讨,极大地拓宽了我的视野。它不仅仅教我“如何做分析”,更重要的是教我“为何要这样分析”,以及“在不同的历史和理论背景下,分析的意义何在”。这种深层次的引导,对于那些在博士阶段或独立研究初期,感到迷茫的研究人员来说,是无价之宝。它培养的不是一个机械的计算者,而是一个具有深厚方法论素养的独立思考者。读完这部分,我感觉自己对实验结果的解读,多了一份敬畏和审慎,少了一份盲目的自信。