為紀念在侵華目軍南京大屠殺中遇難的同胞，南京市人民政府決定在江東門遇難同胞“萬人坑”遺址建造紀念館。1984年，在建館過程中，曾發掘齣大量的遺骨，當時由於條件所限。未能就地按原貌陳列，隻將部分遺骨移往室內安放．供人瞻仰。多年來，日本右翼人士不斷地對這件事進行攻擊誣衊，說這批遺骨是中國方麵製造的假象，並非當年遺存。1998～1999年，紀念館又在該遺址上，陸續清理發掘齣208具受難者遺骨。這些遺骨，經過考古學者、曆史學傢、法醫和醫學專傢，從不同的角度進行瞭科學的勘察、技術鑒定和化學分析，確認這些遺骨是當年遭日軍殺害者無疑。特彆是從埋葬現場觀察和考證，遺骨埋葬密集，交錯重疊，男女老幼無序群葬；遺骨扭麯變形、頭顱分離移位，並有刀槍刺傷痕跡，這些情況均證明其非正常死亡的性質。

日本侵略軍在南京犯下的滔天罪行，本是國際上公認的事實，早在1948年11月4日遠東國際軍事法庭在東京進行判決時，即指齣：“南京及其附近被屠殺的平民和俘虜，總數達20萬人以上。這種估計並不誇張，這由掩埋隊及其他團體所埋屍體達15萬5韆具的事實就可以證明瞭。……這個數字還沒有將被日軍所燒棄瞭的屍體，投入到長江，或以其他方法處分的人們計算在內。”其強奸、搶劫、焚燒等罪行，亦鐵證如山。可是，在戰後，尤其是70年代以來，日本右翼政界的保守勢力，不斷地拋齣翻案言論，或進行翻案活動。他們不僅否認南京大屠殺．說它是中國方麵“虛構”的，而且進一步全麵否定日本軍國主義者發動的侵略戰爭。前幾年，日本“曆史研究委員會”根據該機構組織的講演和問答記錄匯編成的《大東亞戰爭的總結》一書，係統地反映瞭日本右翼妄圖篡改曆史、美化侵略戰爭的各種錯誤觀點。最近，因曆史教科書問題，而掀起的政治濃煙，更進一步說明日本社會在90年代後期以來，政治傾嚮右轉的嚴重性。這一切都不能不引起曾經遭受過日本軍國主義無數災難的亞洲各國人民的嚴重關切。

中國人民一嚮是酷愛和平的，因而不會揪住曆史問題不放，但是正確對待曆史是中日兩國發展友好關係的政治基礎。而承認或不承認日本侵華戰爭給中國人民造成的深重災難，是一個重大的原則問題。今天。中日關係麵臨嚴峻考驗，我們並不幻想或期望日本右翼和保守勢力改變曆史觀或承認錯誤，但是，我們應該嚮不明曆史真相或受到右翼誤導的日本人民，或懷有正義感的日本廣大群眾，特彆是年青一代，揭露日本軍國主義侵略暴行，以使他們勇於麵對曆史真實，以史為鑒，堅持走和平發展道路．並取得亞洲各國人民的信任。這也是侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館發掘並陳列展示受難者遺骨的初衷。