內容提要

分子生物學的迅速發展，産生瞭大量的數據，而其間的關係也日趨復雜。計算分子生物學就是處理這些數據的新科學。

本書主要是介紹分子生物學中具有代錶性的計算問題以及某些求解這些問題的有效方法。具體包括：分子生物學的基本概念；兩個重要的數學對象，即串和圖，和算法的基本概念等；序列比較和經典的動態程序設計算法；DNA片段組裝技術；DNA的物理作圖問題和一種物理作圖的近似算法及啓發式；與種係發生樹構造有關的一些數學問題和某些由於構造特定類型種係發生樹的算法；用以研究DNA中序列差異的數學模型和用於RNA結構預測的動態程序設計法以及蛋白質比配方法；最後還介紹瞭DNA計算。

本書可供研究基因組學與分子生物學的生物學、數學、計算機科學等專業的科研人員、教師、研究生等參考。

譯者序

前言

全書概述

習題

錯誤

緻謝

第一章 分子生物學的基本概念

1.1 生命

1.2 蛋白質

1.3 核酸

1.4 分子遺傳學機製

1.5 基因組是如何被研究的

1.6 人類基因組計劃

1.7 序列數據庫

習題

文獻提要

第二章 串、圖和算法

2.1 串

2.2 圖

2.3 算法

習題

文獻提要

第三章 序列比較與數據庫搜索

3.1 生物學背景

3.2 比較兩個序列

3.3 基本算法的擴展

3.4 比較多個序列

3.5 數據庫搜索

3.6 其他問題

小結

習題

文獻提要

第四章 DNA片段組裝

4.1 生物學背景

4.2 模型

4.3 算法

4.4 啓發式

小結

習題

文獻提要

第五章 DNA物理作圖

5.1 生物學背景

5.2 模型

5.3 一個CIP問題的算法

5.4 帶錯雜交作圖的一種近似

5.5 雜交作圖的啓發式

小結

習題

文獻提要

第六章 種係發生樹

6.1 性狀狀態和完全種係發生問題

6.2 二值性狀狀態

6.3 兩個性狀

6.4 種係樹的簡約性和相容性

6.5 距離矩陣算法

6.6 種係數之間的一緻

小結

習題

文獻提要

第七章 基因組重排

7.1 生物學背景

7.2 有嚮塊

7.3 無嚮塊

小結

習題

文獻提要

第八章 分子結構預測

8.1 RNA二級結構預測

8.2 蛋白質摺疊問題

8.3 蛋白質比配

小結

習題

文獻提要

第九章 結語：DNA計算

9.1 曼哈頓通路問題

9.2 可滿足性

9.3 問題與展望

習題

文獻提要

習題選解

參考文獻

索引

巴西