Methods in Enzymology, Volume 483

Methods in Enzymology, Volume 483 pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:Academic Press
作者:Jensen, Grant J.
出品人:
页数:380
译者:
出版时间:2010-10-14
价格:USD 210.00
装帧:Hardcover
isbn号码:9780123849939
丛书系列:
图书标签:
  • 结构生物学
  • 生物物理
  • 生物化学
  • 生物
  • 物理
  • 化学
  • Enzymology
  • Biochemistry
  • Molecular Biology
  • Protein Chemistry
  • Enzyme Assays
  • Experimental Methods
  • Biological Research
  • Laboratory Techniques
  • Life Sciences
  • Biotechnology
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具体描述

This volume is dedicated to a description of the instruments, samples, protocols, and analyses that belong to cryo-EM. It emphasizes the relatedness of the ideas, intrumentation, and methods underlying all cryo-EM approaches which allow practictioners to easily move between them. Within each section, the articles are ordered according to the most common symmetry of the sample to which their methods are applied.

* Includestime-tested coremethods and new innovationsapplicable to any researcher * Methods included are useful to both establishedresearchers and newcomers to the field * Relevant background and reference information given for procedures can be used as a guide

《细胞信号转导前沿技术:从基础研究到临床应用》 图书简介 一、 概述与定位 《细胞信号转导前沿技术:从基础研究到临床应用》一书汇集了当前细胞信号传导领域最具创新性和实用价值的技术方法。本书并非聚焦于某一特定酶类或生化反应的详尽操作指南,而是致力于构建一个涵盖多维度、跨学科的实验技术平台,旨在帮助研究人员高效地解析复杂细胞网络中的信号转导路径。本书的定位是为生命科学、生物医学工程、药理学以及生物技术领域的科研人员、博士后、研究生提供一本全面、深入且高度实用的技术参考手册和实验指导。 全书结构清晰,分为四个核心模块:(一)高精度分子成像与示踪技术;(二)蛋白质组学与相互作用组学的高通量解析;(三)基因编辑与通路调控的精准干预;(四)功能性分析与体内外模型构建。 二、 核心内容模块详述 模块一:高精度分子成像与示踪技术 本模块深入探讨了如何实时、动态地观察细胞内信号分子的活动。我们摒弃了对传统固定样本分析的过度依赖,转而聚焦于那些能够提供时间、空间分辨率的先进成像技术。 1. 超分辨率显微技术(STED, PALM/STORM在信号动态研究中的应用): 详细介绍了如何利用这些技术突破光学衍射极限,观察信号分子在特定细胞器或微区结构(如突触后致密区、脂筏)上的瞬时聚集和运动轨迹。重点阐述了荧光探针的选择、染料淬灭与恢复的动力学分析方法,以及如何通过时间分辨成像来确定信号事件的先后顺序。 2. 活细胞荧光共振能量转移(FRET)与光谱荧光互作用探针(BRET): 提供了构建和优化 FRET/BRET 探针的详细设计原理,特别是针对膜蛋白、G蛋白偶联受体(GPCRs)内吞和信号脱敏过程中的构象变化监测。内容包括如何进行定量 FRET 效率计算、排除背景干扰的对照设计,以及利用特定波长激发和发射实现多重 FRET 分析的策略。 3. 光遗传学与化学遗传学驱动的信号激活: 详细介绍了光敏离子通道(如 Channelrhodopsin 变体)和诱导剂敏感域(如 CIB1/CRY2 或 FKBP/FRB 系统)在精确控制信号分子(如钙离子、特定激酶)激活时间点上的应用。内容涵盖了光遗传学工具的病毒载体构建、体内光照方案的优化,以及化学遗传学中诱导剂半衰期对信号瞬时性的影响分析。 模块二:蛋白质组学与相互作用组学的高通量解析 本模块着眼于如何在大规模、系统层面上解析信号通路中的所有参与者及其动态变化。 1. 靶向蛋白质组学与磷酸化蛋白质组学(TMT/iTRAQ 结合特异性富集): 提供了针对信号传导核心事件——蛋白质磷酸化的全面分析流程。详述了高效的磷酸肽富集策略(如 TiO2、IMAC),以及如何结合 TMT 或 iTRAQ 标记技术,在单次实验中定量分析数千个位点在不同处理条件下的丰度变化。特别讨论了对低丰度信号蛋白的深度挖掘和数据偏差校正。 2. 亲和纯化-质谱联用技术(AP-MS)及其改进型(BioID/TurboID): 专注于解析信号通路的瞬时和弱相互作用网络。详细介绍了如何设计有效的标签抗体或使用体内生物素化技术(BioID/TurboID)来捕获“邻近”或“瞬时结合”的蛋白质伙伴。内容包括亲和纯化条件的优化(裂解液盐浓度、洗脱缓冲液pH)、去除非特异性吸附的策略,以及质谱数据对网络构建的生物信息学解读。 3. 蛋白质稳定性和降解通路的分析(泛素化与蛋白酶体): 阐述了如何通过稳定同位素标记的氨基酸(SILAC)结合泛素化位点的特异性抗体或泛素化探针,来追踪信号激活后目标蛋白的周转率和泛素化修饰的动态过程。 模块三:基因编辑与通路调控的精准干预 本模块关注利用基因工程工具对信号通路进行定点、定时的功能性扰动。 1. CRISPR/Cas9 系统在信号转导中的高级应用: 超越传统的基因敲除,本章重点介绍 CRISPRi/a(干扰/激活)、Base Editing 和 Prime Editing 在精细调控信号通路中关键组分的表达水平或单碱基突变上的应用。具体案例分析了如何使用可诱导型 Cas9 系统(如 Tet-On/Off)来控制信号分子激活的时间窗口。 2. siRNA/shRNA 库筛选与信号通路去卷积: 提供了构建和使用高通量 RNA 干扰文库来筛选影响特定信号下游效应因子(如转录因子活性或细胞迁移能力)的方法学。内容包括实验设计中的孔间变异性控制、高效的转染方案,以及如何从海量数据中识别出具有生物学意义的信号调控因子。 3. 合成生物学方法构建信号感应与反馈回路: 介绍了如何利用 DNA 合成技术,设计具有特定信号响应元件(如特定激酶识别位点)的基因电路,并将其导入细胞内,以实现对信号活动的“报告”或“反向调控”。 模块四:功能性分析与体内外模型构建 本模块将技术方法与实际的生理/病理学问题相结合。 1. 高通量功能性筛选平台(FACS/高内涵成像系统): 阐述了如何利用这些自动化平台,结合荧光报告基因(如 CRE-LoxP 系统驱动的报告子),对特定信号通路在数百万细胞中进行定量功能评估。内容涵盖多参数流式细胞术(405nm到640nm激发组合)在免疫细胞信号分型中的应用。 2. 类器官(Organoids)与微流控芯片中的信号分析: 探讨了在更接近体内环境的模型中进行信号研究的策略。详细介绍了如何优化类器官的培养条件以维持信号通路的原位保真度,以及如何在微流控芯片上建立精确的梯度刺激系统,模拟生理环境下的信号波形(如脉冲式或梯度式刺激)对细胞反应的影响。 3. 体内(In Vivo)探针与示踪技术: 介绍了活体动物模型中非侵入性或微创性的信号监测技术,如使用 PET 或 MRI 兼容的信号报告分子来追踪体内特定疾病状态下的信号活动变化,为转化医学研究提供工具。 三、 技术深度与实用性 本书的每一章节都力求深入技术细节,而非停留在概念层面。它包含了: 关键试剂的制备与优化指南: 例如,特定缓冲液的配方、抗体批次间的差异分析。 数据处理与质量控制(QC)流程: 提供了大量用于识别和修正实验伪影(如光漂白、非特异性结合、批次效应)的实用算法和脚本思路。 常见问题的故障排除(Troubleshooting): 基于一线研究经验,针对在特定技术中常遇到的信号微弱、背景过高等问题,提供了系统性的解决方案。 《细胞信号转导前沿技术:从基础研究到临床应用》旨在成为研究人员工具箱中最可靠、最全面的技术集成册,推动信号转导领域的研究向更深、更快、更精的方向发展。

作者简介

目录信息

Analyses of Subnanometer Resolution Cryo-EM Density Maps
Matthew L. Baker, Mariah R. Baker Corey F. Hryc Frank DiMaio
Methods for Segmentation and interpretation of cryo-EM data
Niels Volkmann
Integration of Cryo-EM with atomic and protein: protein interaction data
Friedrich Forster
Unified Data Resource for CryoEM
Catherine L. Lawson
Electron crystallography and aquaporins
Thomas Walz, Andreas D. Schenk, Richard K. Hite, Andreas Engel, Yoshinori Fujiyoshi
Cryo-Electron Microscopy Applications in the Study of Tubulin Structure, Microtubule Architecture, Dynamics and Assemblies, and Interaction of Microtubules with Motors
Kenneth H. Downin and Eva Nogales
Helical crystallization of two example membrane proteins: MsbA and the Ca2+-ATPase
Howard S. Young, John Paul Glaves, Lauren Fisher, Andrew Ward
Multi-particle cryo-EM of ribosomes
Christian M.T. Spahn, Justus Loerke, Jan Giesebrecht
Single-particle electron microscopy of animal fatty acid synthase: Describing macromolecular rearrangements that enable catalysis
Francisco Asturias, Edward J. Brignole
Tomography of actin cytoskeletal networks
Dorit Hanein
Visual Proteomics
Friedrich Förster, Bong-Gyoon Han, and Martin Beck
Cryo-Electron Tomography of Eukaryotic Cells
Ohad Medalia, Asaf Mader , Nadav Elad
3d Visualization Of Hiv Virions By Cryo Electron Tomography
Jun Liu, Elizabeth R. Wright, Hanspeter Winkler
Automation in Single-Particle Electron Microscopy: Connecting the Pieces
· · · · · · (收起)

读后感

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用户评价

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《Methods in Enzymology, Volume 483》这本书,可以说是我近期在酶学研究领域里最得力的助手。其内容的深度和广度,远远超出了我之前的预期。我尤其被书中关于酶动力学分析的章节所震撼,作者们不仅列举了多种经典的动力学模型,还详细介绍了如何利用不同的实验数据来拟合这些模型,以及如何根据拟合结果来推断酶的催化机理和反应速率。这些内容对于理解酶的功能和优化酶反应条件至关重要。我曾尝试过使用一些通用的软件来分析我的酶动力学数据,但总觉得结果不够精准,解读不够深入。然而,在学习了这本书中的方法后,我发现自己能够更准确地计算出酶的Km和Vmax值,并且能够根据实验数据的变化趋势,更清晰地判断出竞争性、非竞争性抑制剂对酶活性的影响。此外,书中还穿插了一些关于酶工程和定向进化的讨论,这让我看到了利用这些方法来改造酶,以获得具有特定功能的酶的可能性。这本书的语言风格虽然偏学术,但逻辑清晰,条理分明,即使是面对一些晦涩难懂的概念,也能通过作者循序渐进的讲解,逐渐理解。

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我一直认为,一本好的科学书籍,应该能够激发读者的思考,而《Methods in Enzymology, Volume 483》无疑做到了这一点。这本书的内容不仅仅是罗列各种实验方法,更重要的是它引导读者去理解这些方法背后的科学原理,以及如何在实际研究中灵活运用。我最近在研究一种新型的酶抑制剂,我尝试了多种经典的抑制动力学分析方法,但总觉得结果不够直观。在阅读了本书中关于抑制剂作用机制分析的章节后,我才意识到,可能需要结合其他技术,例如表面等离子共振(SPR)或者质谱分析,来更全面地了解抑制剂与酶的结合模式以及对酶活性的影响。书中的这种跨技术整合的思路,对于我们解决复杂的研究难题非常有启发性。另外,书中还对计算酶学在酶功能预测和设计中的应用进行了探讨,这让我看到了利用计算工具来辅助实验研究的巨大潜力。它鼓励我跳出固有的思维模式,用更广阔的视角去审视我的研究问题。

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我认为《Methods in Enzymology, Volume 483》这本书,其价值在于它提供了一种系统性的研究框架。它不仅仅是关于“如何做”,更是关于“如何思考”。我最近在研究一种新发现的酶,我希望能够全面地了解它的功能和调控机制。通过阅读本书,我认识到,在进行一项新的酶学研究时,首先需要对目标酶进行系统的表征,包括其分子量、等电点、稳定性等。然后,再根据其潜在的功能,选择合适的活性测定方法,并进一步研究其底物特异性、动力学参数、激活剂和抑制剂。书中对于如何设计合理的对照实验,以及如何避免实验中的系统误差,都有非常细致的讲解。这对于我建立一个严谨的研究流程至关重要。此外,书中还对如何利用高通量筛选技术来加速酶的发现和优化进行了介绍,这让我看到了未来酶学研究的发展方向。这本书让我能够更清晰地规划我的研究项目,并有效地推进我的研究进展。

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坦白讲,《Methods in Enzymology, Volume 483》这本书的内容,对于我来说,更像是一本需要反复研读的工具书。它不是那种可以一目十行读完的书,而是需要我坐下来,仔细思考,反复揣摩。我最近在进行一项关于酶-底物复合物形成的研究,我尝试过使用多种光谱学方法来监测,但效果并不理想。后来,在书中关于动态光散射(DLS)和尺寸排阻色谱(SEC)的章节中,我找到了新的灵感。作者们详细阐述了如何利用这些技术来监测蛋白的聚集状态和分子大小的变化,这对于研究底物结合引起的构象变化以及蛋白复合物的形成非常有帮助。书中对于不同实验条件对结果的影响进行了细致的分析,例如缓冲液的离子强度、pH值以及温度等,这些细节对于实验的准确性至关重要。这本书的价值在于,它能够帮助我规避很多潜在的实验错误,并提供解决问题的有效方法。

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《Methods in Enzymology, Volume 483》这本书,对我而言,更像是一位经验丰富的向导,指引我在酶学研究的复杂迷宫中前行。我一直对酶的催化机理非常感兴趣,但又苦于缺乏有效的实验手段来深入研究。在阅读了书中关于同位素标记动力学和反应机理研究的章节后,我才真正领略到这些方法的威力。作者们详细介绍了如何利用不同同位素标记的底物来追踪反应过程中关键中间体的形成和转化,以及如何通过分析同位素效应来推断反应的决速步。我印象特别深刻的是,书中有一个章节专门讲述如何利用立体化学分析来揭示酶的催化过程中立体特异性,这为我理解酶的立体选择性提供了全新的视角。此外,书中还介绍了如何利用酶切割和质谱分析来确定酶的活性位点残基,这些都是理解酶催化机制的关键信息。

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对于我这样的新手研究者来说,《Methods in Enzymology, Volume 483》这本书无疑是一座知识的宝库。它如同一个经验丰富的导师,手把手地教导我如何在酶学研究的道路上前行。我最先接触的是关于酶的制备和纯化章节,书中对各种层析技术(如亲和层析、离子交换层析、凝胶过滤层析)的原理、操作步骤以及选择合适的层析介质都进行了详尽的阐述。我过去在纯化某种酶时,经常会遇到产率不高或者纯度不理想的问题,通过学习这本书,我才意识到自己可能在缓冲液的选择、上样量以及洗脱梯度的设计等方面存在不足。书中的建议非常具体,比如针对不同电荷的蛋白质,如何选择合适的离子交换介质;如何利用抗体与目标蛋白结合的特异性来进行亲和层析。这些细致入微的指导,极大地提高了我的实验成功率。同时,书中对于蛋白的定量和鉴定方法也进行了深入的介绍,让我能够更自信地评估我的纯化结果,并为后续的功能研究打下坚实的基础。这本书的价值在于,它将复杂的实验技术转化为了可操作的知识,让我能够更快速地掌握并应用到自己的研究中。

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我最近有幸拜读了《Methods in Enzymology, Volume 483》,这本书的厚重感和其在酶学研究领域中的地位,在我拿到它的时候就让我倍感期待。翻开第一页,我就被其中详尽的实验方案和精妙的论述深深吸引。这本书并非一本通俗易懂的科普读物,而是为真正投身于酶学研究的科学家们量身打造的宝典。它所涵盖的实验技术之广泛,从经典的层析技术到前沿的质谱分析,几乎囊括了现代酶学研究的方方面面。每个章节都由该领域的顶尖专家撰写,他们不仅提供了清晰的操作步骤,更深入剖析了每种方法的原理、优缺点以及适用范围。我尤其对其中关于蛋白质纯化和活性测定的章节印象深刻。作者们用极具条理性的语言,将复杂的操作流程分解成易于理解的步骤,并辅以大量的图表和实例,即使是初学者也能迅速掌握。更难能可贵的是,书中对于实验结果的解读和数据分析的方法也进行了详细阐述,这对于保证实验的可靠性和得出有意义的结论至关重要。我曾经在进行一项新的酶活性测定实验时遇到了瓶颈,查阅了大量文献却始终不得其法,直到翻到《Methods in Enzymology, Volume 483》中的相关章节,我才茅塞顿开。作者们对影响酶活性的各种因素进行了细致的分析,并给出了相应的解决方案,让我受益匪浅。这本书不仅仅是一本操作手册,更是一本思考的指南,它引导我深入理解实验背后的逻辑,培养严谨的科学态度。

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坦白说,当我第一次接触到《Methods in Enzymology, Volume 483》时,它的篇幅让我有些望而却步。然而,随着我逐步深入阅读,我越来越意识到,这种详尽程度是酶学研究领域所必需的。这本书更像是一本百科全书,囊括了种类繁多的实验技术和方法,其严谨性和权威性毋庸置疑。书中对于每种方法的介绍,都不仅仅停留在“怎么做”的层面,更是深入探讨了“为什么这么做”,以及在实际操作中可能遇到的各种问题和潜在的解决方案。例如,在处理一些对操作条件特别敏感的酶时,书中提供了多种细致入微的预处理和保护策略,这些都是通过无数次的实验摸索才总结出来的宝贵经验。我特别欣赏的是,书中对于一些新兴技术的介绍,它们不仅提供了基础的操作指南,还对这些技术在酶学研究中的应用前景进行了展望,这对于我们这些希望走在科研前沿的学者来说,无疑是极具启发性的。读完相关章节后,我感觉自己对酶的功能机制、调控网络以及在生物体内的作用有了更深层次的理解。这本书最大的价值在于,它提供了一种系统性的思维方式,帮助我们构建一套完整的实验设计和执行流程,从而更有效地解决复杂的生物化学问题。

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《Methods in Enzymology, Volume 483》这本书,当我拿到它的时候,就感觉它是一部沉甸甸的科学巨著。这本书的每一个章节都如同一个精美的盒子,里面装满了作者们多年研究的精华。我尤其被书中关于酶的三维结构解析技术的介绍所吸引,从X射线晶体学到核磁共振(NMR),再到冷冻电子显微镜(Cryo-EM),书中对这些技术的原理、样本制备、数据采集和解析流程都进行了详细的阐述。我曾经在尝试解析一种蛋白的晶体结构时遇到了很多困难,后来通过阅读本书,才了解到影响晶体质量的诸多因素,以及如何通过优化结晶条件来提高成功率。书中对于不同解析技术的优缺点和适用范围的对比分析,也非常具有参考价值。它让我能够根据自己的研究对象和目标,选择最合适的技术。更重要的是,书中对于如何从三维结构信息来推断酶的催化机制和底物识别过程的讲解,为我提供了新的研究思路。

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《Methods in Enzymology, Volume 483》这本书,我不得不说,它的内容简直可以用“包罗万象”来形容。我曾经花了很多时间在学习如何利用各种光谱技术来研究酶的构象变化,但总是不得其法。直到我翻阅了这本书,才发现书中对紫外-可见吸收光谱、荧光光谱以及圆二色谱在酶学研究中的应用有着非常深入的探讨。作者们不仅解释了每种光谱技术的基本原理,还详细介绍了如何利用它们来监测酶的活性、底物结合、构象改变以及与其他分子的相互作用。我印象特别深刻的是,书中有一个章节专门讲述如何利用荧光探针来研究酶的活性位点环境,这让我豁然开朗,找到了解决我之前研究中一个关键问题的思路。此外,书中还介绍了差示扫描量热法(DSC)和等温滴定微量热法(ITC)等热力学分析技术,这些技术能够帮助我们更全面地理解酶的稳定性和分子间的相互作用。这本书的严谨性和全面性,让我深刻体会到在现代酶学研究中,跨学科技术的融合是多么重要。

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