Biophysical Labeling Methods in Molecular Biology

Biophysical Labeling Methods in Molecular Biology pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:
作者:Likhtenshtein, Gertz I.
出品人:
页数:320
译者:
出版时间:1993-3
价格:$ 187.58
装帧:
isbn号码:9780521431323
丛书系列:
图书标签:
  • 生物物理学
  • 分子生物学
  • 标记技术
  • 生物标记
  • 蛋白质组学
  • 生物化学
  • 细胞生物学
  • 生物传感器
  • 荧光技术
  • 显微镜技术
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具体描述

Physical labels such as stable nitroxide radicals, luminescent and photochromic chromophores, so-called Mossbauer atoms and electron-dense assemblies of heavy atoms have proved to be effective tools in solving many problems at the molecular level in biological systems. These physical labels are used as 'molecular rulers' to measure the distances between chosen groups and to measure the size, form and microrelief of objects. By providing information about these factors, the label provides information that can help the scientist to understand the structure of membranes, nucleic acids, enzymes and proteins and how they function. This 1993 volume covers all aspects of this field: the theoretical bases, the experimental techniques, and it also shows how to interpret the resulting data. It also critically discusses some recent results obtained with these techniques and gives an analysis of likely developments in the future.

生物物理标记技术在分子生物学中的应用 一、 导论:分子生物学前沿的视角 在当代生命科学研究领域,对生命过程的深入理解越来越依赖于对分子层面的精确观测与操纵。分子生物学正以前所未有的速度发展,而理解蛋白质、核酸及其复合物在活细胞环境中的动态行为,成为了解析生命奥秘的关键。传统的生化分析手段往往需要破坏细胞结构,使得我们对活体事件的观察存在局限性。因此,开发和应用先进的“标记”技术,以无创或微创的方式实时追踪、可视化和量化这些分子事件,成为推动学科进步的迫切需求。 本书并非专注于物理化学层面的标记原理,而是聚焦于如何将这些先进的标记技术——例如荧光团的引入、同位素的标记或特定探针的应用——系统地整合到分子生物学的实验流程中,以解决特定的生物学问题。我们的目标是提供一个实用且全面的指南,阐述这些技术如何从概念转化为可操作的实验方案,从而揭示复杂的生物学机制。 二、 细胞成像与活细胞追踪:可视化分子动态 活细胞成像技术是分子生物学研究中最为直观和强大的工具之一。本书将详细探讨如何利用不同类型的生物物理标记物,在保持细胞生理状态的前提下,对细胞内的关键过程进行实时监控。 2.1 荧光成像技术及其生物学应用 荧光标记是分子生物学中最常用的可视化手段。本书将深入剖析各种荧光探针的特性、选择标准及优化使用方法,重点关注如何将其应用于特定的生物学系统: 蛋白质定位与动态: 介绍如何通过基因工程手段将内源性蛋白与荧光蛋白(如GFP及其变体)融合,以追踪蛋白质在细胞膜、细胞核或细胞骨架上的动态迁移。讨论光漂白、光毒性对长期活细胞成像的影响,并提供规避策略。 分子间相互作用的可视化: 重点介绍Förster共振能量转移 (FRET) 和接近性诱导淬灭 (BRET) 技术。阐述如何设计合适的实验系统,利用荧光寿命成像(FLIM)或强度测量来量化蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸等关键相互作用的发生频率和强度。 膜电位与离子流的标记: 探讨电压敏感染料和钙离子指示剂的使用。这些标记物能够实时反映细胞兴奋性状态的变化,对于神经生物学和信号转导研究至关重要。 2.2 超分辨率成像 (Super-Resolution Microscopy, SRM) 的整合 传统荧光显微镜的分辨率受限于光的衍射极限。为了解决这一瓶颈,本书将阐述如何将SRM技术(如STED, PALM/STORM)与生物分子标记相结合,实现纳米尺度的分子结构解析。讨论如何选择合适的叠层方法(如dSTORM)和光开关分子,以精确绘制蛋白质复合物的三维空间排列。 三、 单分子分析:解构机器的运行细节 许多重要的生物学过程,如DNA复制、转录或分子马达的运动,本质上是单个分子机器协同作用的结果。为了避免群体效应的平均化,需要采用单分子实验技术。 3.1 光镊与磁力学工具在生物力学中的应用 本书将介绍如何使用光镊(Optical Tweezers)或磁力镊(Magnetic Tweezers)技术,对被特定生物物理探针标记的分子进行捕获、拉伸和力反馈测量。重点讨论如何标记DNA或单条肌动蛋白丝,并通过精确控制施加的力,研究分子马达(如解旋酶、聚合酶)在不同负荷下的运行速度、步长和失活机制。 3.2 单分子荧光追踪技术 (Single Molecule Tracking, SMT) SMT允许研究人员在活细胞或体外体系中追踪单个分子的扩散系数和运动模式。详细阐述如何通过高灵敏度检测器和精密的样本制备技术,将单个标记分子从背景中分离出来。讨论扩散模型(如粘滞扩散、受限扩散、跳跃扩散)的建立和验证,以揭示分子在细胞质基质或核内受到的微环境限制。 四、 质谱与核磁共振:分子结构与环境信息的获取 虽然这些技术本身是物理化学方法,但其在分子生物学中的应用高度依赖于有效的“标记”策略,以便将分析信号归属于特定的生物分子或结构域。 4.1 稳定同位素标记在结构生物学中的地位 对于核磁共振(NMR)和冷冻电镜(Cryo-EM)研究,目标分子的稳定同位素标记(如$^{13} ext{C}, ^{15} ext{N}, ^2 ext{H}$)是必不可少的。本书将涵盖如何利用特定的细胞培养条件或体外重组体系,实现对特定氨基酸残基或核苷酸的精确、高丰度的标记。讨论这些标记如何增强NMR信号、简化光谱解析,以及如何通过交叉极化技术(如TROSY)提高复杂大分子体系的检测灵敏度。 4.2 质谱联用技术:蛋白质组学与代谢流分析 在蛋白质组学和代谢组学中,标记策略用于鉴定和量化分子组分。讨论“轻/重”同位素标记(如SILAC或TMT)在相对定量分析中的应用,以及如何通过标记肽段来映射蛋白质的翻译后修饰(PTM)。阐述这些标记如何帮助区分细胞在不同生理状态下的分子表达差异。 五、 探针设计与生物相容性考量 任何成功的生物物理标记,其核心挑战在于探针的“生物相容性”——即标记过程本身不能显著干扰或改变目标分子的天然功能和行为。 5.1 标记效率与非特异性结合 深入探讨偶联化学的选择(如点击化学、胺反应),以确保标记反应的效率和目标特异性。讨论如何通过优化探针的尺寸、疏水性和电荷,最小化探针在活细胞环境中对膜通透性、酶活性或蛋白质折叠的影响。 5.2 信号-背景比的优化 成功的实验依赖于清晰的信号。本书将系统性地介绍如何通过选择合适的激发和发射波长、优化探测器的灵敏度,以及设计适当的对照组(如未标记的对照、淬灭对照),来最大化信号与背景的区分度,确保数据解读的可靠性。 结语 本书旨在弥合生物物理学原理与分子生物学实践之间的鸿沟。通过对标记方法学的细致梳理和对实际应用案例的深入分析,读者将能掌握利用先进标记技术去探究生命复杂性的能力,从而在自身的研究领域中取得突破。重点在于如何选择、如何实施以及如何解释由这些强大的标记技术所产生的数据。

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这本书的阅读体验非常“沉浸式”,仿佛有一位经验丰富的导师在我身边,耐心地指导我解构复杂的生物物理过程。我对其中关于蛋白质折叠动力学研究中如何运用时间分辨荧光技术的部分尤为感兴趣。作者没有停留在描述“如何做”,而是深入探讨了不同寿命的荧光探针如何影响对快速动力学事件的捕获,这种对实验细节的关注度,体现了作者深厚的实践经验。书中穿插了大量来自前沿期刊的经典实验数据作为佐证,这使得理论不再是空中楼阁,而是紧密联系着实际的科学发现。当我尝试用书中的方法设计一个新的生物传感实验时,发现书中的步骤描述得详尽而精确,几乎可以作为我的SOP(标准操作程序)的初稿。唯一的遗憾是,部分高级方法的最新进展,比如某些超分辨显微技术在最近一两年的突破,可能因为出版周期未能完全收录,但瑕不掩 দুর্গ,整体仍是该领域的权威参考。

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拿到这本书时,我的第一印象是它比预想的要厚实,这让我对内容的深度充满了期待。果然,深入阅读后发现,作者对各种生物物理标记方法的论述达到了教科书级别,信息密度非常高。书中对光谱学原理的讲解深入浅出,即便是复杂的能量转移机制,也能通过精心绘制的示意图得到直观的展示。我特别关注了其中关于近场扫描光学显微镜(NSOM)在活细胞标记中的应用部分,这块内容写得极为扎实,不仅涵盖了技术原理,还详细对比了不同探针在细胞膜定位上的优劣势。有一点让我印象深刻,那就是作者在讨论方法局限性时非常坦诚,没有一味地吹捧新技术,而是客观地指出了它们在信噪比、光漂白等方面的挑战,这对于指导我进行严谨的实验设计至关重要。总的来说,这本书更偏向于面向有一定基础的研究人员,它提供的知识深度足以支撑一篇高水平研究论文所需的背景知识储备。

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这本书的封面设计得相当精美,色彩搭配沉稳大气,蓝与白的撞色营造出一种专业而又不失活力的视觉感受。初次翻阅时,我被其清晰的排版和详尽的图表所吸引。作者在介绍基础理论时,并没有过多地陷入枯燥的公式推导,而是巧妙地结合了实际应用案例,使得即便是初学者也能快速跟上思路。尤其值得称赞的是,书中对各种荧光标记技术的发展脉络梳理得非常清晰,从早期的染料到后来的基因编码探针,每一步的技术演进都叙述得引人入胜。章节间的逻辑衔接自然流畅,仿佛在阅读一部关于分子生物学工具箱的编年史。对于那些希望系统了解标记技术如何从实验室走向实际生物学研究的读者来说,这本书无疑提供了一个极佳的起点。它不仅仅是一本教科书,更像是一份详尽的研究指南,为后续的实验设计打下了坚实的基础。我尤其喜欢它在某些关键概念后附带的“专家视角”小节,这些内容往往能提供比标准教材更深刻的见解。

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坦率地说,这本书的阅读难度不低,它要求读者对量子力学和基础的细胞生物学有基本的认知,但它的回报是巨大的。我发现它在探讨“特异性”这个核心问题上做得非常出色。作者详细对比了抗体标记、核酸适配体标记以及基因融合标签的特异性差异,并分析了在活体成像中,这些差异如何转化为不同的生物学信息。书中关于光激活和光开关探针的讨论尤其具有启发性,它展示了如何利用光照来精确控制标记的开启和关闭,从而实现对分子事件的时间和空间分辨率控制。这种对“操控”层面的深入探讨,让我对现有标记方法的潜力有了全新的认识。这本书的参考文献列表本身就是一份宝藏,我光是追踪书中的引文就已经找到了好几篇极具启发性的论文。它无疑是分子生物学领域中,关于“如何更精确地看见生命过程”这一主题的重量级著作。

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这本书的结构组织得非常巧妙,它不是简单地罗列各种技术,而是构建了一个知识地图。前半部分专注于基础的分子探针设计与合成化学,详述了如何通过化学修饰来调控荧光量子产率和细胞通透性;后半部分则聚焦于成像技术与数据分析。我特别欣赏作者在“信号解析”一章中对背景噪声去除和图像重建算法的介绍,这往往是许多入门书籍所忽略的关键环节。作者用了一种非常务实的口吻,强调了“好的数据始于好的标记”,将前期的化学工作与后期的物理测量紧密地联系起来。对于那些希望从头学习如何建立一套完整的分子标记-成像-分析流程的研究生来说,这本书提供了无缝衔接的路径。它成功地弥合了生物化学家与生物物理学家之间的知识鸿沟,使得跨学科合作变得更加顺畅。

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