Proteome Bioinformatics

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出版者:Humana Press
作者:Simon J. Hubbard
出品人:
页数:403
译者:
出版时间:December 21, 2009
价格:$110.00
装帧:Hardcover
isbn号码:9781607614432
丛书系列:
图书标签:
  • 蛋白质组学
  • 生物信息学
  • 蛋白质分析
  • 基因组学
  • 生物技术
  • 数据分析
  • 计算生物学
  • 系统生物学
  • 生物医学
  • 蛋白质功能
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具体描述

The field of proteomics moves rapidly, as new methods, techniques, applications, standards, models and software appear almost on a daily basis. In Proteome Bioinformatics, expert researchers explore this ever-changing field, providing the reader with a mix of review and methodology chapters which address the fundamentals of analysis methods, algorithms, data standards and databases. Chapters include practical considerations for analyzing database search results, annotating genomes, speeding up searches, and responding to specific data processing challenges. As a volume of the highly successful Methods in Molecular Biology series, this work provides the kind of detailed description and implementation advice that is crucial for getting optimal results.

Comprehensive and ground-breaking, Proteome Bioinformatics is an essential guidebook for the novice and expert alike, covering topics that address a wide range of data analysis and management problems.

《生命蓝图的深度解析:蛋白质组学导论》 生命,作为宇宙中最令人惊叹的现象,其复杂性和精妙性至今仍让我们着迷。而在这幅宏大画卷中,蛋白质扮演着至关重要的角色,它们是执行细胞功能、维持生命活动的基本执行者。如果说基因组学为我们提供了生命的“蓝图”,那么蛋白质组学则为我们揭示了这张蓝图在特定时间、特定条件下是如何被“执行”的。本书《生命蓝图的深度解析:蛋白质组学导论》旨在带领读者深入了解蛋白质组学的核心概念、关键技术、研究方法及其在各个生命科学领域中的广泛应用,从而构建对生命分子机器运作机制的全面认知。 蛋白质组学,顾名思义,是对一个生物体、一个细胞、一个组织或一个细胞器在特定条件下所表达的全部蛋白质的集合进行系统性研究的学科。它不仅仅是对单个蛋白质的研究,更关注蛋白质之间的相互作用、修饰以及它们如何协同工作,共同完成复杂的生命过程。与基因组学相比,蛋白质组学具有更高的动态性和功能导向性。基因组是相对稳定的,而蛋白质的表达水平、修饰状态以及活性则会随着环境变化、疾病状态以及发育阶段而剧烈改变,这使得蛋白质组学成为理解生命活动最直接、最有力的工具之一。 本书的开篇,我们将从蛋白质组学的基本原理入手,阐述其在生命科学研究中的核心地位。我们将探讨蛋白质作为生命活动“主力军”的独特之处,它们的多样性、功能特异性以及复杂的调控机制。理解蛋白质的功能,离不开对其结构的基本认识。因此,我们会对蛋白质的一级、二级、三级和四级结构进行详细介绍,并强调结构与功能之间的紧密联系。此外,蛋白质的翻译后修饰(PTMs)是蛋白质组学研究的另一个重要焦点。这些修饰,如磷酸化、糖基化、乙酰化等,能够极大地扩展蛋白质的功能多样性,并且在信号转导、细胞代谢等关键生命过程中发挥着不可或缺的作用。本书将深入剖析常见的翻译后修饰类型及其生物学意义。 接下来,我们将聚焦于实现蛋白质组学研究的核心技术——蛋白质组学技术平台。高通量蛋白质组学数据的获取是开展深入研究的基础。质谱(Mass Spectrometry, MS)技术无疑是当前蛋白质组学研究中最为强大的工具。本书将详细介绍不同类型的质谱仪(如 MALDI-TOF, ESI-MS/MS)及其在蛋白质鉴定、定量以及翻译后修饰分析中的应用。我们将阐述质谱分析的基本原理,从样品前处理、肽段碎裂到数据解析,为读者构建一个清晰的技术流程图。除了质谱技术,二维凝胶电泳(2D-PAGE)作为一种经典的蛋白质分离技术,在早期蛋白质组学研究中扮演了重要角色,它能够有效分离大量蛋白质,并为后续的质谱分析提供样品。本书将介绍2D-PAGE的工作原理、优缺点及其在特定研究中的应用场景。 当然,大规模的蛋白质组学数据分析离不开强大的生物信息学工具和算法。原始的质谱数据需要经过复杂的生物信息学管道处理,才能转化为有意义的生物学信息。本书将重点介绍蛋白质鉴定和定量所依赖的关键算法,如肽段和蛋白质数据库检索算法(如 Mascot, Andromeda)。我们将深入探讨定量蛋白质组学(Quantitative Proteomics)的不同策略,包括标记定量(如 SILAC, iTRAQ, TMT)和非标记定量(如 label-free quantification),并分析它们的适用性和局限性。此外,蛋白质相互作用网络的构建是理解蛋白质如何协同工作、发挥功能的关键。本书将介绍预测和验证蛋白质相互作用的方法,如酵母双杂交(Y2H)、共免疫沉淀(Co-IP)与质谱联用,以及基于网络分析的生物学功能推断。 理论知识的传授与实际案例的分析是相辅相成的。本书将穿插大量具有代表性的研究案例,展示蛋白质组学技术如何在不同的生命科学领域发挥其强大的力量。例如,在疾病诊断与生物标志物发现方面,蛋白质组学能够识别与特定疾病相关的蛋白质标志物,为疾病的早期诊断、预后评估和疗效监测提供新的思路。我们将讨论如何通过比较健康个体与疾病患者的蛋白质组谱,筛选出潜在的诊断性或预后性生物标志物,并介绍临床转化的挑战与机遇。 在药物研发与靶点识别领域,蛋白质组学提供了发现新药靶点、评估药物作用机制以及监测药物毒性的有力工具。通过分析药物处理前后细胞或组织的蛋白质表达谱变化,我们可以揭示药物的作用通路,识别药物敏感性和耐药性的分子基础。我们将探讨如何利用蛋白质组学数据来加速新药的发现过程,并实现个性化用药。 发育生物学与细胞分化的研究同样受益于蛋白质组学的进步。在发育过程中,细胞会经历复杂的形态发生和功能分化,这一过程伴随着蛋白质表达谱的动态变化。蛋白质组学能够捕捉这些细微的变化,帮助我们理解调控发育进程的关键蛋白质及其相互作用网络。 微生物学与环境科学也是蛋白质组学研究的重要阵地。通过分析微生物在不同环境条件下的蛋白质组,我们可以了解微生物的代谢能力、适应性以及与其他生物的相互作用,这对于环境修复、生物能源开发以及病原体研究具有重要意义。 本书的最后部分,我们将展望蛋白质组学研究的未来发展趋势。随着技术的不断进步,如更高灵敏度的质谱仪、更智能的生物信息学算法以及更高通量的样品处理能力,蛋白质组学将朝着更全面、更精确、更动态的方向发展。我们将探讨单细胞蛋白质组学、空间蛋白质组学等新兴技术,以及它们将如何为我们揭示生命现象的微观细节和空间异质性。同时,整合多组学数据(如基因组学、转录组学、代谢组学与蛋白质组学)的研究策略,将是未来生命科学研究的重要方向,它能够提供更宏观、更全面的生命系统认知。 《生命蓝图的深度解析:蛋白质组学导论》不仅仅是一本技术手册,它更是一扇通往生命奥秘的窗口。通过本书的学习,读者将能够掌握蛋白质组学研究的核心知识,理解其前沿技术,并能够将其应用于自己的科研实践中。无论您是生命科学领域的学生、研究人员,还是对生命运作机制充满好奇的探索者,本书都将为您提供一次深入而精彩的认知之旅,帮助您更好地理解生命由蛋白质构成的复杂而精妙的“分子机器”。

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