第一章為煉丹術研究的一些理論思考。中國古代煉丹術的研究曆程大體可以分為三個階段：20世紀20年代至建國以前、建國後至80年代以前以及80年代後至今。盡管不同階段的研究錶現齣不同特點，但總體而言三個階段均不脫早期西方科學史研究的巢窠，即過於偏重實證主義編史學方法。無論是對煉丹術曆史脈絡的梳理、煉丹典籍的考證分析，還是采用現代科技手段對煉丹過程進行模擬實驗，研究者主要以近現代科學為尺度來挖掘、證明煉丹術中的科技成就，而對煉丹術的社會性及其對當時社會經濟、科技、文化等因素的影響關照不足。隨著研究的深入，這種過度依賴實證主義的研究方式其嚴重弊端日益顯現，無論從科學史還是曆史學的角度而言均需要衝破藩籬。

首先，西方科學史在早期主要秉承實證主義編史學方法，一般稱其為“內史”。實證主義方法存在很大缺點，它往往過於注重羅列科學大事記而忽視經濟、政治、文化、軍事等社會因素對科學發展的影響作用。20世紀30年代之後“外史”方法以及內史中的思想史學派異軍突起，推動著科學史研究走嚮深入，科學的社會性以及曆時性得到重點關照。然而煉丹術研究未能及時吸收國外科學史研究的新方法，至今仍是內史占絕對主導地位，從而形成諸多研究盲點。

其次，西方科學史與曆史學相脫離的先天缺陷被帶入煉丹術研究，一方麵強化瞭實證主義在煉丹術研究中的地位，另一方麵則人為割裂瞭煉丹術與古代社會的有機聯係。與近代科學不同，煉丹術並非一種客觀理論與純粹技術，其形而下的“技”與形而上的神學密切結閤在一起，而且前者附屬於後者。麵對這種復雜對象，僅僅以科學史的手段易於割裂曆史對象之間的有機聯係，這對煉丹術與古代史的研究均産生瞭不利影響。

第二章提齣科學史研究的一種新策略。對以往煉丹術研究的反思錶明，煉丹術研究絕非單純的科學史研究，它既需要科學史的綜閤方法，又不能忽視其復雜特性，科學與曆史（非科學的文化）之間需要尋找一個恰當的平衡點。然而科學史研究中的“巴特菲爾德悖論”錶明，即使是在科學史內部要恰當地處理好移時與曆時的關係也存在相當大的睏難，那麼煉丹術研究如何對待科學與曆史、當下與古代的關係呢？在研究古代科學史時，學者往往通過變更科學定義等方式來容納非西方或近代以前的所謂“科學”，本書反其道而行之，提齣一種新的嘗試策略。實證主義觀念認為，作為人類智識的最高階段，科學是纍加而成的客觀真理，它是所有前科學與非科學文化的最終形態。然而僅就曆史存在而言，近代以前嚴格意義上的科學並不存在，尤其在中國，近代式的科學更不存在，相反倒是眾多不同於科學體係的分類標準及其知識體係在這裏已經繁衍、發展瞭數韆年。因此，不妨將科學還原至近代的、西方的初始位置上，所謂科學即近代以來的西方科學，並將其視為與所有非科學文化處於同等地位的知識。本書的“知識”指的是某種具有相對普適性的外嚮認識模式或範式，非少數人而是某個地域、國傢、民族、大型文化組織等的主體意識，它與科學具有相似的功能嚮度與價值嚮度，但其分類標準與量化尺度則允許與科學不盡相同，甚至相悖。根據這種定義，知識隻是一種與特定時代、特定群體相關的“客觀”認識範式，譬如說巫術之於原始群落，陰陽五行之於古代中國等，它與純粹作為行為準則的倫理、道德等不同，而且它僅僅指一種相對認識體係，彼此之間無關乎純粹的是與非。在近代科學産生之時，諸多不同的知識體係同時存在於科學之外，正如科學自身不斷發生變異而齣現所謂的“科學革命”類似，非科學的知識體係同樣存在變化，當一種知識被代之以另外一種知識時，知識斷裂便發生瞭。在斷裂前後，少數人的觀念可能保持不變，然而對一個比較獨立的社會群體而言，知識範式的改弦更張則不可避免。知識範式一經改變，處在不同範式中的人看到的將會是完全不同的世界，並進而決定人們對過去曆史的評價以及在當下社會中的行為。知識斷裂主要有三種發生形式：時間維度上的自身變異、空間維度中的彼此取代，以及不同知識相互間的化閤。

知識以及知識斷裂概念的提齣，意在為非西方文化的科學史研究提供一條有效策略，使得在以近現代科學作為理所當然的參照係的科學史研究中能夠兼顧考察對象的特性及其曆史閤理性。具體到煉丹術研究，以新知識觀來考察它的産生、發展與衰頹，我們可以將其歸結為“由丹而仙”觀念的興替過程。這裏的“由丹而仙”與科學同為一種知識範式，盡管煉丹術被視為近代化學的前身，但在曆史上“由丹而仙”與近現代科學是一種不同的知識存在形式，無論其生與息均非單純的主觀信仰現象，而有著深刻的理性與邏輯認識基礎。閤理認識“由丹而仙”現象，有助於從更深層次上把握煉丹術的存在本質及其技術轉移現象對古代社會多方麵産生的巨大影響等問題。

第三章考察瞭漢代神仙思想及活動的知識根源。早期神仙服食藥物與本草學的比較錶明，本草學的齣現相當程度上藉鑒瞭神仙服食的成果。反過來講，也即神仙服食活動在當時是一種具備理性認識的閤理現象，這是認識早期服食活動以及煉丹術齣現的一個重要基礎。服食與本草的這種密切關係在煉丹術齣現以後得到進一步繼承與發揚。

第四、五章分彆考察瞭“由丹而仙”觀念的形成過程及其在醫藥學與黃白術中的擴張。漢代服食黃金與煉丹術的興起是神仙服食知識進一步發展的結果。還丹觀念的齣現最終引起神仙方術的裂變。魏晉之際，最初由少數丹傢倡導的煉丹術成為仙術的最高形式，“由丹而仙”觀念逐漸超越道教。自晉至唐，煉丹活動愈來愈趨嚮於廣泛，它不再僅僅是一種道教現象，“由丹而仙”的知識已經成為一種相當普遍的社會意識。在這種知識範式中，人們進行瞭廣泛實踐，醫藥學領域與煉丹術相互融攝，特彆是仙丹醫用趨勢的齣現對醫學産生瞭重大影響。除此之外，大量被今人稱之為科學技術的內容也在這種廣泛實踐中産生與發展齣來。

最後兩章主要討論瞭宋代煉丹術的技術轉移現象及其影響。唐末五代至兩宋時期，由於外丹術的現實睏惑以及文化轉型兩種主要因素的製約，“由丹而仙”觀念受到普遍懷疑，盡管現實中的燒煉金丹黃白現象仍方興未艾，但作為一種知識範式它已經失去效用危機，也即唐代以降的金丹黃白活動已經不再是“由丹而仙”知識範式的有機組成部分。由於“由丹而仙”觀念的破産，以往道中秘寶紛紛齣世，更兼以宋代官方以及社會觀念的鼓勵與支持，金丹術與黃白術齣現大規模的民間應用現象，本書稱之為煉丹術的技術轉移。五代兩宋時期，醫學方麵的本草學與方劑學，冶金工藝等領域分彆對金丹術與黃白術進行大量融攝吸收，這種狀況一方麵錶明“由丹而仙”觀念的破産絕非金丹黃白術的立即否定，而應該是一個漸進過程；另一方麵又使我們看到知識範式轉換以後對社會所産生的巨大影響，煉丹術的衰落並非一個簡單的神話破滅現象。若再放眼宋元以後古代科技的發展狀況，“由丹而仙”觀念對古代科技的雙重影響更發人深省。