《明暗之间:近代中国狱制转型研究(理念更新与制度重构)》包括导论、主体内容的四章及尾章并代结语共六部分。导论部分首先明确了选题的意旨：着意于通过近代狱制转型的研究为当下中国的狱制建设提供某些有意义的借鉴，继而对于《明暗之间:近代中国狱制转型研究(理念更新与制度重构)》的题目作适当的解释：“‘近代中国”从时间上来看主要指清末新政至北洋政府时期，但由于制度的变迁往往是一个连续的过程，难于以时间来绝对界分，故《明暗之间:近代中国狱制转型研究(理念更新与制度重构)》的探讨仅以上述的时间范围为主，而又不能完全受制于这一范围；近代狱制转型实质即为从《明暗之间:近代中国狱制转型研究(理念更新与制度重构)》所界定的狭义监狱向最狭义监狱转化的过程；“明暗之间”则主要指出了近代中国狱制转型的内隐性的评价。国内外研究现状部分主要介绍了国内监狱史研究四方面的代表性成果，国外研究现状部分则着重介绍了福柯《规训与惩罚——监狱的诞生》的贡献，并简要评价了冯克的《犯罪、刑罚及近代中国的监狱改革：1895—1949》的写作特点与不足。最后简要指明了《明暗之间:近代中国狱制转型研究(理念更新与制度重构)》的研究方法与结构。

第一章为近代中国监狱理念的转型。监狱，从物质层面而言，作为一种器物，实为精神一气质层面改良之基础。故而，中国近代的狱制转型必始于监狱——作为一种国家营造物的改良，也即改良监狱自当以改良监狱建筑物为前提。本章首先梳理了近代以前有关监狱的各种不同的称谓，继而系统挖掘了传统监狱的代表——圜土之制的法律理念：中国传统刑罚不仅体现报复，更主要是为了恢复被破坏的秩序，天人合一。刑罚体现为一种“天”意，监狱的建筑自然也与“天”相关——监狱的外形即为天之体：圆形。因此，中国古代的“圆形监狱”的建筑形状实质即为“天人合一”的刑罚观念的体现。这一“宇宙和谐、天人合一”的观念，到亍清代则大为淡薄，由此才开始了近代中国的监狱转型。近代以来，国人游历西方，深感其狱制之美良，与清末中国监狱的黑暗、污浊相比，朝野上下、志士仁人皆意识到改良监狱乃为当务之急。光绪二十八年十一月十五日山西巡抚赵尔巽上奏《请各省通设罪犯习艺所折文》之后，遂开始了罪犯习艺所的设立，此为近代监狱转型之嚆矢；其后本章较为详细地介绍了新监建设中的代表——湖北、奉天及京师模范新监的建设过程及建筑图式，并深入挖掘了新监之“新”的多层含义——改善了囚人的生存环境；新监建筑所体现的监狱理念与传统的“圜土之制”迥然相异：新监的理念重在实现对于服刑人的有效监视；新监的建设开创了中国监狱建筑史的新纪元，监狱建筑学由此诞生；新监建设层次性发展的特征及其原因分析。因为少年监的建设集中体现了监狱的分类管理及教育刑理念，故本章最后一部分阐述了中国近代少年监的生成及启示。

第二章为监狱官的近代转型。首先概述了近代以前、讼狱一体的体制之下监狱官的设置、要求与待遇等，其后在“近代中国监狱官转型的序曲与奠基”之中，主要阐述了清末沈家本的主张：“养成监狱官吏与培养监狱专官”理论的提出及张之洞“监狱设专官”的实践。本章重点分析了民国初期监狱官的设置、选任、监狱官的待遇标准与薪俸、民初监狱招考看守的实践与意义。最后剖析了近代中国监狱官转型的一般规律——监狱官官僚体制的确立、监狱官素质与有效控制韵密切关系及这一转型过程中的经验与不足。总体而言，监狱官的近代转型也反映出形式重于实质，最终使得这一转型也仅仅处于“明暗之间”。

第三章主要分析了监狱管理的近代转型。从收监到释放所体现的程序法定；对于服刑人的给养与卫生的法律规定与实然状态；作为与教育刑理念相配套的制度——劳动与教诲在近代狱制转型过程中的实然状况，并指出了对于服刑人的管理理念由传统的儒家礼教、体恤到近代为了实现对于服刑人的感化教育的宗旨的转变。．

第四章以假释制度为核心考查了监狱行刑制度的近代化。这一部分首先梳理了假释制度由恩典到权利的历史演进，其后详尽分析了近代中国立法中假释制度确立的背景、过程及反映的价值观念。在详细分析了民初假释立法的前提下，《明暗之间:近代中国狱制转型研究(理念更新与制度重构)》主要以《奉天监狱档案》为线索考查假释在行刑实践中的具体运作及这一运作过程所体现的“严格依法”、“程序法定”、“悛悔有据”、“注重事后考查监督”的特点，并指出这些特点进一步所反映出的始于清末的近代中国转型时期，社会总体的尊卑观念还没有真正转变，个人仍然未能从家族之中获得彻底的“解放”，没有完成个人作为独立人格的自然人、“从身份到契约”的进化。转型时期的近代中国仍是或者更主要是一个“熟人社会”，基于“身份”的观念仍然在众多的社会领域中有所体现；通过假释效果的考查分析指出了近代假释实践的效益与不足，并进而阐明了虽然民国时期对服刑人实际适用假释，而且也取得了良好的效果，但是民众的法律情结更多的还停留于“报复惩戒”，而“教育刑”理念仍然未能深入人心。这同时也说明，制度的指令性运作也许能够实现，但法律观念、法律文化的转型实在是任重而道远。刑罚观念实质上是建立于社会心理基础之上的，而社会心理的转变是一个极其漫长的过程。因此，近代中国行刑制度的转型也必然是一个艰难而痛苦的过程。

全书的最后一部分——尾章并代结语，深入分析了近代狱制转型的动因及对于近代狱制转型的一些反思。前者主要分析了近代中国狱制转型的要因——国家层面的政治诉求、理论层面的哲学基础及监狱本身发展的必然结果等；后者对于近代中国狱制转型的反思主要关涉：行刑社会化与狱制转型、狱制转型与“人治”、狱制转型与科学技术的发展、经济因素的影响与社会的需要。如上几方面的问题也正是中国当下监狱发展与建设必须要特别关切的，同时也是《明暗之间:近代中国狱制转型研究(理念更新与制度重构)》通过近代中国狱制转型的研究对于现在监狱建设的一点贡献。