圖書標籤: 分子進化 生物 生物信息 數學 Bioinformatics 進化 群體遺傳學 統計學
发表于2024-11-08
計算分子進化 pdf epub mobi txt 電子書 下載 2024
《復旦大學進化生物學叢書·計算分子進化》包含核苷酸置換和氨基酸置換模型、係統發育重建的常規方法及最大似然法與貝斯推斷法、分子鍾檢驗與物種分歧時間估計、適應性進化檢測以及分子進化模擬技術等章節,分子進化生物學是一門利用分子數據重建物種或基因間的進化關係並瞭解其進化過程與機製的學科,統計模型及算法則是分子進化研究中的主要方法論工具。
楊子恒,1964年生於甘肅通渭,1984年畢業於甘肅農業大學,1992年獲北京農業大學博士學位。曾在甘肅農業大學和北京農業大學畜牧係工作以及英美等國從事博士後研究。1997年起在倫敦大學學院(University College London)生物係任教(1997-2000年任講師,2000-72001年任副教授,2001年後任教授),2006年當選為英國皇傢學會院士(Fellow of the Royal Society)。
作為國際知名的統計進化生物學傢,楊子恒博士一直緻力於發展新的最大似然模型及計算機程序(PAML),1993年起在國際學術刊物發錶論文100餘篇;學術兼職包括Genetics、MoIecular Biology and Evolution、Journal of Molecular Evolution和Systematic Biology等刊物副主編。
在生物信息學這個領域,頂級的工作要麼是數據庫,要麼是軟件,我指的頂級,不是說雜誌影響因子的高低,而是指引用。比如,可以粗略劃分,>1萬次的算是頂級軟件,>1韆次的算是一流軟件,>100次的是二流軟件,>10次的算是三流軟件,再少瞭就不入流瞭。要是幾年都沒有人引用,這個這個,隻能說是純粹灌水瞭。
頂級軟件不多,比如BLAST, CLUSTALW這種軟件,賺個幾萬次的引用那真是太小意思瞭,並且,由於這類軟件一般實在是太有名,n年前就被寫教科書裏瞭,所以很多人其實是不引的。一流軟件也不算多,比如MEGA, Weblogo等等。這些軟件一般是細一點兒領域裏的主流工具,比如weblogo一般是用於序列分析這個小領域的,其他領域用的就不算那麼多。
很多年前,師兄就跟我講,好的軟件=好的名聲。最典型的例子就是那個在甘肅農大混完跑北京農業大學(現在的中國農大)混瞭個碩士,迴校繼續混瞭兩年不爽,又迴北京混瞭個博士。我很震撼的是,這哥們64年的人,讀本科要4年,碩士3年,工作2年,博士3年,讀瞭12年的書,拿到博士學位居然也纔28歲!考慮到那個年代,能上大學都是牛的不得鳥的人,能這麼摺騰到博士畢業,真是服瞭。所以說,早早念書有好處,年輕人火力足,摺騰的起。於是剛開始估計是留校當青椒,沒啥前途就開始周遊世界做博後,並且我很佩服的是,居然能轉悠個5年並且沒乾齣什麼像樣的事情。好吧,這些不是高潮,後來這哥們跑到倫敦大學繼續博後,34歲,看起來年齡不算大,是吧?好,反正來英國瞭,沒事就瞎轉悠吧,說不定當年砸瞭牛頓瞭蘋果這迴又冒齣來拍瞭這哥們一把,從此開始瞭一段傳奇的人生。這份簡曆我看瞭無數次,97-06,連頭帶尾也就10年,從博後做到英國皇傢科學院院士,這不能不說是奇跡。而且,其代錶工作就是開發瞭一個起初被無數大牛包括Nei等人鄙視到死,無論如何不肯將其方法加入MEGA中的ML算法,以及PAML軟件。剛查瞭一下PAML的引用,3韆左右吧。(來自薛宇的博客)
非常好的書被翻譯的一塌糊塗。 矩陣“正定”竟然被翻譯成矩陣“正定義”!!! 不知道這些翻譯的人和校對的人是做什麼的。讓入門的人看瞭不是毀人嗎!
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評分隻敢說我有這本書
評分做分子進化研究必讀~
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杨子恒N年磨一剑的书,计算的算法、理论的意义、生物的背景都叙述得非常好。 看了复旦的译本,可惜,翻译的非常的业余,建议看英文版!
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