《生物多樣性監測技術手冊》對生物多樣性監測的相關技術與方法進行瞭匯總與編錄，共分六個篇章，具體內容包括生物多樣性監測概述、監測計劃、生境監測技術、物種監測技術、景觀分類與製圖技術、遺傳多樣性分析技術。《生物多樣性監測技術手冊》關注瞭生物多樣性的多個層次，即物種多樣性、景觀多樣性與遺傳多樣性，側重於對監測技術與分析技術的操作方法進行介紹，以期為製定生物多樣性監測計劃、實施生物多樣性監測活動提供方法參考與指導。
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