Glycovirology Protocols

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出版者:Humana Pr Inc
作者:Surgrue, Richard J. (EDT)
出品人:
页数:205
译者:
出版时间:
价格:99.5
装帧:HRD
isbn号码:9781588295903
丛书系列:
图书标签:
  • 病毒学
  • 糖生物学
  • 病毒感染
  • 实验方案
  • 分子生物学
  • 生物化学
  • 免疫学
  • 细胞生物学
  • 糖病毒学
  • 研究方法
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具体描述

细胞信号转导的动态调控:从基础机制到临床应用 导言 细胞信号转导是生命活动的核心机制,它介导着细胞如何感知、解释并响应其内外部环境的变化。这一复杂而精密的网络,涉及信号分子的释放、受体的激活、信号级联的放大与整合,最终驱动着细胞的增殖、分化、凋亡或代谢重编程。本手册旨在系统性地梳理细胞信号转导领域的关键技术、经典模型以及新兴的研究方向,为生命科学研究者提供一套全面且实用的实验指南。 第一部分:信号转导的核心组件与基础实验技术 本部分聚焦于信号转导通路中的关键分子实体,并详细阐述了用于检测和量化这些分子活动的实验方法。 1. 受体酪氨酸激酶(RTKs)的激活与下游信号 RTKs是调控细胞生长和生存的关键受体。本章将详细介绍如何设计实验来捕捉RTK的配体结合、二聚化和随后的自磷酸化事件。 配体结合分析: 采用表面等离子共振(SPR)或生物层干涉(BLI)技术,精确测定配体与RTK之间的亲和力与动力学参数。对于细胞内的研究,可利用荧光标记的配体进行共聚焦显微成像,追踪受体内吞和再循环的路径。 磷酸化检测: 磷酸化是RTK激活的“开关”。我们将深入探讨如何使用高特异性的抗磷酸酪氨酸抗体,通过蛋白质印迹(Western Blotting)来监测特定位点的磷酸化水平。同时,对于需要高通量分析的场景,磷酸化特异性ELISA或基于质谱的磷酸化肽段谱分析将作为重要的定量工具被详细介绍。 下游分子相互作用: 一旦RTK被激活,它会募集和激活多种下游效应蛋白,如RAS/MAPK通路、PI3K/AKT通路等。我们将指导读者如何使用免疫共沉淀(Co-IP)技术,验证受体与适配蛋白(如Grb2, Shc)在特定刺激下的物理结合,并使用Pull-down实验来检测小GTP酶(如Ras, Rho)的活性状态(GDP/GTP结合)。 2. G蛋白偶联受体(GPCRs)的信号传导机制 GPCRs是最大的膜蛋白家族,介导了从嗅觉到情绪感知等多种生理功能。其信号转导机制的复杂性要求精细的实验设计。 受体活性监测: 传统的报告基因实验(如cAMP或钙离子报告)虽然经典,但在实时监测方面存在局限。本章将重点介绍BRET(生物发光共振能量转移)和FRET(荧光共振能量转移)技术在GPCRs激活和G蛋白结合事件中的应用,实现对信号启动的实时、活细胞观测。 G蛋白亚基激活分析: GPCR激活后释放的G$alpha$亚基和G$etagamma$二聚体需要被精确量化。我们将阐述如何利用基因工程改造的GTP酶激活报告系统(GEA assays)来测量特定G$alpha$亚基的交换活性。 受体偏向性(Biased Agonism)的解析: 现代GPCR研究的核心挑战之一是理解不同信号路径的选择性激活。本节将指导读者如何通过组合使用不同信号通路下游的特异性检测方法,来确定配体诱导的信号偏向性。 第二部分:信号整合与细胞命运决定 信号转导并非孤立的线性过程,而是高度整合的网络。本部分关注信号如何被整合并最终决定细胞的命运,特别是涉及核内转录调控的部分。 3. 信号通路间的串扰与交叉调节 信号通路间的“串扰”是细胞适应性的基础。本章将提供工具来解析这些复杂的相互作用。 激酶/磷酸酶网络的拓扑结构分析: 利用化学遗传学工具(如FKBP-DHFR系统)可以精确控制特定激酶的激活时间点,从而观察其对远端信号通路的影响。此外,基于siRNA/shRNA文库筛选结合高内涵成像,可系统性地敲除或过表达通路中的关键节点,绘制信号整合图谱。 蛋白质稳定性与降解: 许多信号分子(如I$kappa$B、p53)的活性受到泛素化和蛋白酶体的严格调控。我们将详细介绍泛素化捕获实验,包括E3连接酶的共价结合分析,以及使用靶向蛋白降解技术(PROTACs的应用)来研究特定信号蛋白的时空依赖性降解。 4. 细胞核内的信号接收与转录调控 信号转导的最终效应通常体现在基因表达的改变上。 转录因子易位检测: 许多转录因子(如NF-$kappa$B, STATs)在被磷酸化后会从细胞质转运至细胞核。利用活细胞荧光标记和时间分辨显微镜,可以量化转运速率和核内富集程度。 染色质重塑与表观遗传调控: 信号通路直接影响组蛋白修饰和染色质可及性。本部分将介绍ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)和ATAC-seq(可及性染色质免疫沉淀测序)的技术流程,用于解析特定信号刺激下基因组特定区域的动态变化。 第三部分:前沿技术与模型系统 本部分涵盖了当前信号转导研究中最具活力和挑战性的领域,强调对动态过程和复杂环境的模拟。 5. 活细胞成像与单分子分析 理解信号转导的随机性、自组织性和微环境依赖性,要求研究从群体平均水平走向单细胞、实时动态的视角。 光漂白技术在信号动力学研究中的应用: 利用FRAP(荧光恢复后漂白)技术,可以测量信号分子在细胞内的扩散速率和结合动力学,区分瞬时结合与稳定结合。 高分辨率显微成像: 针对信号分子在膜上聚集或形成纳米域的现象,我们将介绍STED或PALM/STORM等超分辨显微技术,用于解析分子在皮层下的空间组织。 6. 类器官与类器官芯片(Organ-on-a-Chip)中的信号建模 传统2D培养已无法完全模拟生理环境。本章侧重于在更具生理相关性的模型中研究信号转导。 三维类器官培养与分析: 详细描述如何利用特定生长因子组合构建特定器官的类器官(如肠道、肝脏),并利用组织透明化技术(如CLARITY)结合免疫荧光,对类器官内部的信号级联进行三维空间解析。 微流控芯片在信号转导中的应用: 介绍如何构建模拟血液流动、氧气梯度或机械应力的微流控平台,用于研究细胞如何对这些物理信号做出信号转导反应,例如应力对整合素信号的影响。 结论 本手册提供的实验技术和方法论覆盖了从分子相互作用到整体细胞反应的多个尺度。掌握这些工具,将使用户能够精确描绘细胞信号网络的动态图景,为理解疾病发生机制和开发新型干预策略奠定坚实基础。

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