比较基因组学/Comparative genomics

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出版者:
作者:Bourque, Guillaume; El-Mabrouk, Nadia;
出品人:
页数:229
译者:
出版时间:2006-12
价格:474.60元
装帧:
isbn号码:9783540445296
丛书系列:
图书标签:
  • 基因组学
  • 比较基因组学
  • 生物信息学
  • 进化生物学
  • 基因组分析
  • 基因组进化
  • 系统生物学
  • 基因组数据
  • 生物多样性
  • 基因组
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具体描述

《分子生物学前沿:基因调控与信号转导》 简介 本书聚焦于当代分子生物学领域最前沿、最具活力的两大核心议题:基因的精细化调控机制以及细胞信号转导网络的复杂构建。它旨在为生命科学、生物医学工程、生物化学等相关专业的本科高年级学生、研究生以及科研工作者提供一套深入、系统且与时俱进的知识框架。本书摒弃了对基础分子生物学概念的冗余回顾,直接切入当前研究热点和难点,强调理论与实验方法的结合,力求展现现代生物学研究的前沿图景。 第一部分:基因调控的宏观与微观调控 本部分深入探讨了真核生物基因表达调控的复杂层次结构,从染色质的高级结构修饰到转录起始的精准控制,再到mRNA的命运决定。 第一章:染色质重塑与表观遗传学的新视角 本章不再局限于经典的组蛋白修饰标记(如H3K4me3和H3K9me3)的简单描述,而是着重分析了染色质可及性(Chromatin Accessibility)在决定基因激活窗口中的关键作用。详细阐述了SWI/SNF、ISWI等染色体重塑复合体(Chromatin Remodeling Complexes)如何通过ATP驱动的DNA滑移、组蛋白易位和核小体剥离,实时响应外部信号,构建出转录因子能够结合的“开放染色质区域”(ORs)。 深入讨论了表观遗传记忆的建立与维持机制。重点剖析了DNA甲基化(5mC、5hmC、5fC)在基因沉默和激活中的动态平衡。特别关注了非编码DNA区域的调控元件——增强子(Enhancers)和绝缘子(Insulators)的功能解析。通过Hi-C和ChIA-PET等高级技术,阐释了基因组环(Genome Looping)如何将远端调控元件与目标启动子精确地物理连接,形成“调控相View”(Topologically Associating Domains, TADs)的结构基础。 第二章:转录起始与延伸的分子机器 本章将RNA聚合酶II(Pol II)的工作流程视为一个高度协调的分子机器操作。详细拆解了通用转录因子(GTFs)在TATA盒或非TATA启动子上的组装顺序(PIC形成)。着重分析了Mediator复合体在桥接转录因子与Pol II之间的信号传递中的核心作用。 关于转录延伸,本书详述了转录伸长因子(P-TEFb、AFF1/4等)如何磷酸化Pol II的CTD(C-terminal Domain),这一关键事件如何决定Pol II从启动态转为有效延伸态。此外,深入探讨了转录终止的机制,特别是Polyadenylation信号的识别和切割过程如何影响mRNA稳定性和3’端加工的完整性。 第三章:RNA的命运决定与后转录调控 本章聚焦于mRNA的生命周期管理,这是决定最终蛋白质产量的关键步骤。 1. RNA剪接的复杂性: 详细解析了由Spliceosome执行的旁路剪接(Alternative Splicing)的分子基础。通过阐述SR蛋白家族和hnRNP蛋白家族对剪接体的定位影响,说明细胞如何通过调控这些剪接因子的活性,在不同发育阶段或应激条件下产生不同功能的蛋白质亚型。重点讨论了FDA批准的靶向剪接机制的药物开发案例。 2. 非编码RNA的监管网络: 不再将siRNA和miRNA视为孤立的分子,而是构建了它们共同参与的RNA诱导的沉默复合体(RISC)网络。详细介绍了miRNA生成(Drosha/Dicer通路)和靶点识别的精确度,以及piRNA在生殖细胞中维护基因组完整性的特殊作用。更前沿地,探讨了长链非编码RNA(lncRNA)的功能多样性,如作为染色质支架、RNA聚合酶的招募者或“海绵”(Sponges)调控miRNA浓度。 第二部分:细胞信号转导网络的动态整合 本部分从细胞外部刺激的接收开始,追踪信号如何在细胞内部放大、整合,并最终作用于基因表达或细胞生理状态的改变。 第四章:膜受体与细胞内信号的快速启动 本章详细比较了三大类主要的细胞表面受体——G蛋白偶联受体(GPCRs)、酪氨酸激酶受体(RTKs)和离子通道受体——在捕获外部信号时的结构动态。 1. RTK激活与下游级联: 集中分析了EGFR、Insulin Receptor等信号通路。详述了受体二聚化、自磷酸化以及招募磷脂酶Cγ(PLCγ)和磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)的分子过程。重点阐述了第二信使(如DAG、IP3)如何引发Ca2+的释放和PKC的激活。 2. MAPK通路的高级解析: 深入探讨了Ras-Raf-MEK-ERK(经典MAPK)通路。强调了Scaffold蛋白(支架蛋白)在防止信号“串扰”(Crosstalk)和确保信号保真度方面的关键作用。分析了不同细胞类型中,同一个受体如何通过调控激活下游激酶的“时空特性”(Temporal and Spatial Dynamics)产生截然不同的生物学输出。 第五章:核内信号整合与转录因子激活 本章关注信号如何跨越细胞膜和细胞核屏障,最终影响基因组。 重点解析了JAK/STAT通路和TGF-β通路。对于JAK/STAT,细致描述了细胞因子结合后JAK激酶的激活及其对STAT蛋白的磷酸化,以及STAT二聚体如何快速易位到细胞核并结合GAS元件。 对于TGF-β/Smad通路,阐述了其受体如何激活Smad2/3,以及Smad2/3如何与共同因子Smad4形成复合物,并与DNA结合蛋白(如Co-Smads)协作,调控细胞生长和分化基因。 第六章:信号网络的调控与失调 本章讨论信号转导的反馈抑制和交叉对话。 1. 负反馈回路: 详细剖析了负反馈在维持信号稳态中的必要性。例如,ERK通路激活后,如何诱导MKP(MAPK磷酸酶)的表达,从而关闭或减弱信号强度。 2. 信号串扰与整合: 强调了信号网络并非简单的线性通路,而是高度互联的网状结构。通过分析PI3K/AKT通路与MAPK通路之间的相互抑制和协同作用,解释了细胞如何整合来自不同受体的输入信号,做出适应性决策(如细胞增殖、凋亡或衰老)。 3. 疾病模型: 将理论知识应用于病理状态。分析了癌细胞中信号转导通路(如Ras突变、PTEN缺失)的持续激活如何导致失控增殖,并简要介绍了针对关键激酶的靶向治疗药物的设计原理。 本书特色: 本书内容高度侧重于近五年的研究进展,大量引用了基于高通量测序(ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq)和冷冻电镜(Cryo-EM)解析的最新结构生物学数据。每章末尾均附有“实验技术前沿”栏目,简要介绍理解该主题所需的前沿实验方法,旨在培养读者批判性阅读和设计实验的能力。全书结构逻辑严谨,论述深入,是理解现代生命活动调控核心机制的必备参考书。

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读后感

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这本关于基因组比较的著作,其行文风格简直是教科书级别的典范,每一个论述都建立在坚实的数据和引证之上,严密得让人找不到一丝可供质疑的空隙。我花费了大量时间去研究其中关于基因家族扩张与收缩的章节,那些数学模型和统计推断的呈现方式,极大地提升了我对生物信息学分析流程的认识。尤其值得称赞的是,作者没有回避那些复杂和前沿的技术难题,而是直接将其摊开来供读者审视,这种坦诚的态度非常难得。它更像是一份为资深研究人员准备的案头必备手册,而非面向大众的入门读物。如果你期待的是轻松愉快的阅读体验,那你可能需要调整预期,因为它要求读者具备一定的生物学基础和数据处理能力才能真正领略其精髓。

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这本书的内容组织逻辑性极强,从基础的序列比对到宏观的染色体结构重排,层层递进,构建起了一个清晰的知识阶梯。我注意到作者在阐述不同物种间基因组大小差异的章节时,运用了非常直观的视觉辅助工具,这对于理解生物演化上的“权衡取舍”至关重要。它不仅仅是在描述“发生了什么”,更深入地探讨了“为什么会这样”背后的驱动力。对于那些正在从事某一特定生物类群研究,希望将其研究成果置于更广阔演化背景下的学者而言,这本书提供的参照系价值无可估量。它就像一个高分辨率的显微镜,让你能看到生命蓝图中那些被时间磨损却依然清晰可见的刻痕。

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说实话,初次翻开这本书时,我差点被那些密集的专业术语和复杂的流程图吓退。然而,一旦适应了它的节奏,你会发现其中蕴含着一种古典的、扎实的科学美感。它叙述的重点似乎并不在于追逐最新的技术热点,而是致力于构建一个完整的、跨越时间维度的生物信息框架。我特别喜欢它对“基因组的保守性与变异性”这一核心矛盾的探讨,那种通过比较不同生物系统来反观生命本质的视角,极富哲学思辨的意味。虽然阅读过程需要不断地查阅背景资料,但这正说明了它内容的厚重——它强迫你主动去学习和思考,而不是被动地接受信息。这本书像是一位严厉的导师,逼迫你把知识点融会贯通。

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这本书最大的魅力在于其横向和纵向的贯穿能力。纵向上,它追溯了生命起源以来基因组的演化轨迹;横向上,它又对比了截然不同的生命形式(从细菌到高等真核生物)的基因组组织模式。我特别欣赏它对非编码区功能异质性的分析部分,这部分内容展现了现代基因组学研究的边界和挑战。它没有给出所有问题的标准答案,而是详尽地列出了当前科学界存在的争议点和待解决的难题,这种对科学边界的诚实描绘,比单纯的知识灌输更有启发性。它成功地做到了将海量的生物学数据,提炼成一套可以指导未来实验设计的理论框架,是值得反复研读的深度参考资料。

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这本书的深度和广度真是令人印象深刻,虽然我不是这个领域的专业人士,但那种清晰的逻辑和详实的案例分析,让我这个初学者也能窥见比较基因组学的迷人之处。作者似乎非常注重理论与实践的结合,书中大量的图表和跨物种的比较实例,使得抽象的基因组学概念变得生动起来。我特别欣赏它在方法论上的严谨,对于如何从海量数据中提取有意义的生物学信息,提供了非常扎实的指导。读完之后,我对基因组的演化过程和不同生物间功能基因的保守性有了更深层次的理解,感觉打开了一扇通往分子生物学宏大叙事的大门。它不是那种快餐式的科普读物,而是需要静下心来细细品味的工具书,每一个章节都像是在搭建一座精密的知识殿堂。

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