《动物遗传育种中的计算方法》全面系统地介绍了在动物遗传育种中常用的主要计算方法,内容包括三大部分。第一部分是混合模型方程组的相关计算技术,包括加性遗传相关矩阵及其逆矩阵的计算,大型混合模型方程组的建立与求解,大型矩阵的储存与计算技术,用REML方法估计遗传参数的有关计算方法。第二部分是Monterlo方法,包括随机数的产生,Monte Carlo基本方法,Monte Carlo方法在统计学和动物遗传育种中的应用。第三部分是MCMC算法,包括贝叶斯推断和Markov链简介,Metropolis—Hasring抽样,Gibbs抽样,MCMC算法在动物遗传育种中的应用。
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我是一名刚从农学转向生物信息学的跨界人士,阅读体验可以用“痛并快乐着”来形容。这本书的价值在于它成功地架设了一座桥梁,连接了传统数量遗传学的美丽理论与现代高通量计算的冷酷现实。我最欣赏的是作者对于**生物学背景**的尊重。它并没有一上来就抛出计算机术语,而是先花了时间解释了为什么某种育种目标(比如提高抗病性)需要用特定的统计模型去拟合,这种“需求驱动”的叙述方式极大地降低了我的抵触情绪。但是,书中对于**软件环境配置**和**并行计算**的讨论略显不足。在当前的计算环境下,数据量动辄TB级别,如果不能高效利用GPU或者多核CPU进行加速,很多模型根本无法在合理的时间内跑完。我期望看到更多关于如何利用云计算平台或高性能计算集群来部署这些计算方法的内容,毕竟,在现实世界中,单机运行的时代已经过去了。希望未来的版本能够增加一个专门章节,探讨“大数据”背景下的计算优化策略。
评分说实话,这本书的内容对我来说,有点过于“硬核”了,我更偏向于实践操作,希望能快速上手解决一些日常育种中的实际问题,比如如何更有效地进行分子标记辅助选择(MAS)的效率评估。我以为它会提供更多现成的、可以直接复制粘贴到R或者Python脚本里的代码示例,但这本书似乎更专注于**算法原理**的阐述。比如,它花了大量篇幅去解释某个迭代算法的收敛条件和误差分析,虽然这对学术研究是必要的,但对于我这种需要快速产出效益的育种站技术员来说,信息密度有点过高了。我希望能看到更多关于**数据预处理**和**结果可视化**的实用技巧,而不是光盯着那些复杂的数学符号。书中确实提到了某些软件的使用,但介绍得比较简略,更像是一个引子,并没有深入到具体参数设置的“坑点”和“陷阱”中去。如果能加入一些真实的、带有具体情景的案例分析,比如“如何用这本书介绍的方法处理一个存在近交和遗传漂变的群体数据”,那就太完美了。目前来看,它更像是一本为未来的算法工程师准备的教材,而不是给忙碌的育种专家准备的速查手册。
评分这本书的论述结构非常严谨,如同一个精密的钟表,每一个齿轮(章节)都紧密咬合,推动着对计算方法论的整体理解。我特别关注其中关于**育种值估计的贝叶斯方法**的论述。作者对先验信息设定和后验分布采样的解释,展示了其深厚的统计学功底。不同于很多只谈论最大似然估计(ML)的书籍,这本书对贝叶斯方法(Bayes)的探讨提供了更加稳健和全面的视角,尤其是在处理那些难以建模的复杂遗传架构时。然而,我发现书中对**基因组选择(GS)**中不同模型的比较,如GBLUP与基于特定标记的模型(如Bayes-A/R/C),在计算复杂性和预测准确性之间的权衡分析还不够深入和量化。虽然原理都讲到了,但读者很难直观地感受到在实际数据集中,选择A算法与选择B算法在计算资源消耗和预测误差上的具体差异百分比是多少。这种缺乏直观对比的描述,让我在决策选择时,还是需要去查阅更多的外部文献来佐证。
评分收到您的要求,以下是五段模仿不同读者口吻对《动物遗传育种中的计算方法》这本书的评价,每段约300字,风格迥异: 这本书的排版和装帧给我的第一印象是相当专业和严谨的。我是一名在校研究生,正为我的毕业论文寻找可靠的计算模型支持,所以这本书的理论深度是我最看重的。初读几章,我发现作者在数据结构的组织和算法的逻辑推导上花费了巨大的心力。尤其是在描述如何将复杂的数量遗传学模型转化为可执行的计算流程时,那种层层递进的清晰感让人印象深刻。例如,它对混合线性模型(BLUP)的矩阵运算过程进行了非常细致的分解,这对于我理解软件背后的原理至关重要,而不是简单地把软件当成一个“黑箱”来使用。这种对数学基础的强调,使得这本书不仅仅停留在应用层面,更是对方法论的深度挖掘。虽然某些章节的公式推导确实需要读者具备扎实的线性代数基础,但一旦攻克,对未来研究方向的选择和模型的优化将大有裨益。我特别欣赏作者在讨论**计算效率**时的坦诚,指出不同算法在处理大规模群体数据时可能遇到的瓶颈,并提供了相应的优化思路,这对于我们未来进入实际育种公司工作会非常有帮助。总的来说,这是一本适合对计算生物学有较高追求,不满足于表面操作的进阶学习者的工具书。
评分我对这本书的评价主要集中在它的**历史脉络梳理**和**未来展望**上。作者不仅仅是在罗列计算公式,更像是在讲述一个学科的发展史。从早期的最小二乘法,到逐步引入迭代优化算法,再到如今的机器学习方法在育种中的渗透,整个过程的演进逻辑清晰可见。这对于理解我们现在所处的位置非常重要。我个人非常喜欢那种“回溯历史”的写作风格,它能帮助我理解为什么现在的标准方法会是现在这个样子,而不是盲目接受现状。不过,这本书在**新兴的深度学习模型在表型预测中的应用**方面,似乎略显保守或滞后。目前,深度神经网络在处理高度非线性关系方面展现出了巨大潜力,但书中对这些前沿计算工具的讨论还停留在概念层面,缺乏具体的实施案例或性能基准测试。我期待作者能用其一贯严谨的笔法,深入剖析深度学习在处理动物复杂表型预测时的计算优势与固有限制,这将极大地增强本书的前瞻性。
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