Fundamentals of Molecular Evolution

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出版者:Sinauer Associates
作者:Dan Graur
出品人:
页数:481
译者:
出版时间:2000-1-15
价格:USD 77.95
装帧:Paperback
isbn号码:9780878932665
丛书系列:
图书标签:
  • Evolution
  • 生物学
  • MolecularEvolution
  • 生物信息
  • 专业书籍(英文)
  • ★数·物·计+生+社——分子演化/中性演化
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  • 进化计算
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具体描述

This textbook has been updated to incorporate the many advances in genomics, protein engineering, computational biology and bioinformatics. In the 2nd edition, the authors continue to explain evolutionary change at the molecular level in a way that can be understood without much prerequisite knowledge of molecular biology, evolution or mathematics.

好的,以下是一本名为《分子进化的基础》(Fundamentals of Molecular Evolution)的图书简介,旨在详细介绍该书的核心内容,同时避免提及您提到的具体书名或任何AI相关的措辞。 --- 《分子进化的基础》图书简介 探索生命演化的深层机制:从基因到物种的动态视角 在生物学的宏伟图景中,分子进化的研究正处于一个变革性的前沿地带。它不仅仅是对遗传物质变化的简单记录,更是理解生命多样性、适应性及共同祖先起源的关键钥匙。本书旨在为读者提供一个全面而深入的框架,用以解析驱动基因、蛋白质乃至整个基因组随时间演变的复杂过程与机制。 本书的结构设计旨在引导读者从最基础的分子生物学概念出发,逐步攀登至宏观的进化理论构建。我们相信,唯有扎根于对DNA、RNA和蛋白质结构与功能的基础认知,方能真正洞察进化力量如何在分子层面施加影响。 第一部分:理论基石与分子机制 本书的开篇部分致力于构建坚实的理论基础。我们首先回顾了现代进化生物学的核心原则,特别是自然选择、遗传漂变(Genetic Drift)以及突变在分子层面的具体表现形式。 突变的多样性与速率: 我们深入探讨了不同类型的分子突变——从点突变(单核苷酸多态性,SNP)到结构变异(如插入、缺失、重复和倒位)——它们如何在基因组中产生。重点分析了这些突变事件的随机性和非随机性选择压力,并详细阐述了分子钟(Molecular Clock)的校准方法、其适用范围以及局限性,这对于分子系统发育学的准确性至关重要。 分子替代模式: 核心章节将聚焦于对观察到的序列差异的量化分析。我们详细介绍了衡量选择强度的关键指标,如 $K_a/K_s$ 比率(非同义替换速率与同义替换速率之比)。通过对中性理论(Neutral Theory of Molecular Evolution)的详尽阐述,读者将理解在缺乏选择压力下,序列如何随机演化,并学会如何利用这一基准来识别受到正向选择或负向选择(纯化选择)的基因区域。这部分内容对于识别功能性重要基因至关重要。 基因与蛋白质的功能约束: 我们不仅关注序列的变化,更关注这些变化对生物学功能的影响。内容涵盖了蛋白质结构对进化路径的限制作用、密码子的简并性如何影响进化速率、调控元件(如启动子和增强子)的演化模式,以及非编码DNA区域(如内含子、基因间区)的演化动力学。 第二部分:从基因到基因组的进化动力学 在掌握了基础机制后,本书将视角扩展至基因组的宏观层面,探讨更高级别的进化事件及其对生物体适应性的贡献。 基因家族的扩张与收缩: 基因复制是物种间功能创新的重要驱动力。本部分详细分析了全基因组复制(WGD)和单基因复制事件的机制、后果,以及随后发生的基因对功能的分化(如新功能获得或功能丧失)。读者将学习如何利用序列比对和基因组结构信息重建这些复制事件的时间轴。 水平基因转移(HGT): 尤其在微生物世界,HGT扮演着加速进化的关键角色。我们探讨了HGT的常见机制(如转化、转导和接合),并提供了在基因组中识别和鉴定外源基因的统计学方法。这一部分对于理解抗生素耐药性、毒力因子传播等快速适应现象至关重要。 重复序列与基因组动态: 基因组中大量的重复序列(如转座子元件)是进化的“原材料”。本书剖析了转座子的活动机制(“跳跃”和“复制粘贴”)如何重塑基因组结构,影响基因表达的调控网络,并可能在短期内驱动宿主基因组的快速演化。 第三部分:系统发育学与群体遗传学的整合 分子数据最直接的应用体现在重建生命之树和理解种群内部的遗传结构。本部分将分子进化理论与群体遗传学模型相结合。 分子系统发育的构建与评估: 读者将学习如何选择合适的分子标记(如核糖体RNA、线粒体基因、特定核基因),如何处理复杂的序列数据矩阵,并掌握构建系统发育树的主要方法(如最大简约法、最大似然法和贝叶斯推断法)。特别强调了评估树拓扑学不确定性和进行分子系统发育检验的必要性。 种群遗传学的分子视角: 进化在种群内部发生。本书将群体遗传学的基本公式(如哈迪-温伯格平衡)与分子数据相结合,用于估算有效种群大小 ($N_e$)、衡量基因流强度、检测局域适应性以及识别选择的信号。我们将探讨异质性选择(Varying Selection)和基因组扫描(Genome Scans)在群体中的实施与解释。 第四部分:应用与前沿课题 最后,本书面向实际应用,展示了分子进化工具如何解决生物学中的重大难题。 适应性进化与疾病: 通过具体的案例分析,展示如何利用分子进化分析来追踪病毒(如流感病毒、SARS-CoV-2)的演化轨迹,预测其抗原漂移,并理解宿主因子如何对其施加选择压力。此外,我们也探讨了人类疾病相关基因的进化历史,例如,哪些人类特有基因在适应新环境或新病原体中起到了关键作用。 比较基因组学与功能预测: 利用多物种的基因组数据进行比较分析,是推断功能的重要手段。本书指导读者如何识别保守区域,推断基因的同源性,并利用进化速率的差异来预测新基因或新蛋白的功能潜力。 总结而言, 本书不仅是一本关于理论概念的汇编,更是一本操作指南,旨在培养读者批判性地分析分子数据、设计合理进化实验,并将其应用于解决复杂生物学问题的能力。它为研究生、研究人员以及任何对生命起源和多样性背后的深层分子机制感兴趣的专业人士,提供了一套不可或缺的知识体系。

作者简介

目录信息

读后感

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1960s兴起的分子演化浪潮中,以Kimura为首的一批经过数量训练的学者,推动分子生物学时代的演化理论。可以说没有中性理论,现代演化理论将变得像玄学,基因组学的发展也应失去主心骨而迷失。 华裔学者李文雄就是这场狂潮的领导之一,由他来写分子演化是无可非议的。 他的另一...

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1960s兴起的分子演化浪潮中,以Kimura为首的一批经过数量训练的学者,推动分子生物学时代的演化理论。可以说没有中性理论,现代演化理论将变得像玄学,基因组学的发展也应失去主心骨而迷失。 华裔学者李文雄就是这场狂潮的领导之一,由他来写分子演化是无可非议的。 他的另一...

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用户评价

评分

这本书的另一大亮点在于其对进化机制的详尽阐述。从碱基替换、插入、删除,到染色体易位、基因组复制,作者以一种非常系统的方式,将这些微观的分子变化如何累积并最终导致物种演化的宏观图景展现在读者面前。我特别欣赏他对“选择”这个概念的细致解读,不仅仅是简单的“适者生存”,而是深入剖析了不同类型的选择(如定向选择、平衡选择、净化的选择)在分子层面的具体表现和影响,这让我对进化的动态过程有了更全面的认识。

评分

总而言之,这本书是一部关于分子进化的百科全书式的著作,它不仅涵盖了该领域的核心概念和最新进展,更以其严谨的逻辑、清晰的语言和丰富的案例,为读者打开了一扇通往生命进化奥秘的大门。即使是那些对生物学并非专业出身的读者,也能从中受益匪浅,获得对生命世界更深层次的理解。我强烈推荐这本书给所有对生命演化感兴趣的人。

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我必须强调的是,这本书在介绍各种进化模型时,其严谨性和数学基础的严密性是我之前很少见的。作者并没有回避复杂的数学公式,而是以一种非常直观的方式,解释了这些公式是如何描述进化过程的,并且通过模拟实验的结果来验证这些模型的有效性。对于我这样一个对统计学和数学稍有基础的读者来说,这无疑是一次极大的精神享受,让我得以窥探分子进化研究的科学本质。

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在论述DNA序列变异时,作者巧妙地运用了大量的案例研究,从病毒的快速进化到哺乳动物基因组的比较,这些鲜活的例子不仅增强了说服力,也让抽象的理论变得易于理解和记忆。我常常会在阅读中停下来,思考这些案例背后所蕴含的进化逻辑,并试图将其联系到我所了解的其他生物学知识中,这种主动思考的过程让我的学习效率倍增,也让我对分子进化的理解更加透彻。

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在探讨基因家族的进化时,作者的叙述方式尤其精彩。他从一个基础基因出发,逐步展示了通过基因复制、突变、功能分化等一系列过程,如何形成庞大而复杂的基因家族。这种“由简入繁”的讲解方式,让我对生物多样性的起源有了更深刻的理解,也让我惊叹于生命进化的创造力。书中关于基因调控网络进化的讨论,更是让我看到了分子进化研究的前沿方向。

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这本书的装帧设计就足以吸引我,沉甸甸的质感,精美的封面插图,无不透露着内容的专业与深度。当我翻开第一页,那严谨的排版和清晰的字体就让我对接下来的阅读充满了期待。作者开篇便以一个引人入胜的例子,将复杂的分子进化概念与我们日常生活中能观察到的现象联系起来,瞬间拉近了理论与实际的距离。我尤其喜欢他对早期地球环境的描绘,那种混沌而充满生机的景象,为理解生命起源的分子基础提供了生动的背景。

评分

在阅读这本书的过程中,我发现作者对于生物大分子,尤其是核酸和蛋白质的结构与功能的关系有着非常深刻的见解。他不仅仅是罗列出那些抽象的化学式和三维结构图,而是通过大量的实验数据和理论推导,生动地展示了这些结构如何决定了分子的功能,以及这些功能又是如何受到进化压力的塑造。特别是关于基因重复和新基因产生的章节,我被作者严谨的逻辑和层层递进的论证所折服,仿佛亲身经历了一次发现新知识的旅程,每一个环节都那么扣人心弦。

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这本书在讲解基因组进化方面也做得非常出色。作者没有停留在单个基因的层面,而是将目光投向了整个基因组的动态变化。他详细介绍了基因组结构变异(如倒位、易位、大片段缺失或重复)在物种分化和适应性演化中的作用,并用清晰的图示和生动的语言解释了这些过程是如何发生的。我对作者关于基因组“沉默”与“激活”的讨论印象尤为深刻,这让我意识到,即使是看似“无用”的基因组区域,也可能在漫长的进化过程中扮演重要的角色。

评分

本书对适应性进化和中性进化的区分,可以说是对我理解进化驱动力的一个巨大提升。作者不仅清楚地解释了这两种进化模式的理论基础,还提供了大量的证据来支持各自的观点,并通过对比研究,展示了它们在不同物种和不同进化阶段中的相对重要性。我尤其对作者关于“分子适应性”的讨论很感兴趣,这让我开始思考,究竟是什么样的分子改变能够真正带来生存优势。

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作者在书中对于“分子钟”概念的阐述,让我对物种起源的时间线有了全新的认识。他详细介绍了不同分子钟模型的原理、假设以及它们在实际应用中的局限性,并通过大量的考古和地质证据来佐证这些模型的准确性。这种多学科交叉的视角,让我深刻体会到分子进化研究与古生物学、地质学等学科的紧密联系,也让我看到了科学研究的系统性和严谨性。

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作为分子进化入门很好的一本书。

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作为分子进化入门很好的一本书。

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作为分子进化入门很好的一本书。

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作为分子进化入门很好的一本书。

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作为分子进化入门很好的一本书。

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