女演員牧樹里所擁有的「命運的寶石」被怪盜小子看上，然而她在飛往函館的班機上竟遭人殺害！靠著柯南的推理，命案雖然真相大白，可是駕駛艙內卻受到這次事件的波及，發生緊急事態!!柯南一行人將面臨墜機的危機!?以北方天空為舞台，上演了壯大的空中驚魂劇！
